有機質是土壤的重要組成部分，通常看作是土壤肥力的代名詞，被認為是植物生長的荷爾蒙，是土壤中的萬金油，是醫治土壤各種問題的靈丹妙藥。但土壤有機質與礦物質不一樣，它們永遠在變動，永遠在消耗，其功效的基礎就在於為土壤微生物提供了食物來源。
自然土壤一旦被開墾，其有機物質的輸入量僅是很少部分的殘茬及根系，大為減少。同時，耕作使土壤上下土層充分混合，頻繁的乾溼交替及土壤通氣狀況的更為活躍，進一步加劇了土壤有機質的分解與轉化。由此，當自然土壤被人為轉化為農田後，土壤有機質會急劇減少，應當從以下兩個方面做好管理。
一、提高有機物質的輸入量
施用有機肥是提高土壤有機物質的前提條件。也就是必須不斷添加有機物質才能使土壤有機質，尤其是活性有機質部分保持在適當的水平。而目前農田土壤中最為缺乏的就是這種活性有機質，它們是微生物最喜歡吃的食物，而有機質功能的發揮恰恰離不開微生物對它們的利用。只有這樣既能保持土壤良好性能，又能不斷供給作物生長的養分。
我們可充分利用有機物料資源，如秸稈、堆肥、綠肥、糞便、餅肥、泥肥、漚肥、廄肥等。當然，施用這些有機物料時也要注意一些問題，如並非所有的秸稈都能還田，有的秸稈還田將產生嚴重的連作障礙問題；施用C/N比大的有機物料時應補償無機N肥；也要注意有機物料中有害物質汙染問題，如汙泥等。
二、調節土壤有機質的分解速率
把一片白菜葉子丟在土壤中，它不腐爛不分解，是發揮不了什麼作用的。有機物質進入土壤後必須要動起來才能發揮有機質的作用，但需要調節它們的分解速率，不能太大或太小，太大不利於有機質的積累或養分釋放太猛而引起作物倒伏，太小則不利於土壤結構的維持或作物養分的吸收。
可以通過調節土壤溫度、溼度、通氣狀況、土壤反應、施肥等因素影響土壤微生物活性，來調節土壤有機質的分解速率。具體的農藝措施可包括耕作強度（少耕、免耕）、土地利用方式（旱地或水田）、有機無機肥料配施、土壤覆蓋等。當然，調節土壤有機質分解速率的物質基礎還是土壤中要有合適比例的不同生物活性的有機質組分，讓它們各自發揮極不相同的作用，而要保證這種物質基礎就必須保證週期性的外源有機物質輸入。
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