惠能歸嶺南後，於唐高宗儀鳳元年（676年）正月初八到廣州法性寺。印宗法師在該寺內講《涅盤經》之際，“時有風吹幡動，一僧曰：風動；一僧曰：幡動；爭論不休，惠能進曰：不是風動，亦非幡動，仁者心動”。印宗聞之竦然若驚。知惠能得黃梅弘忍真傳，遂拜為師，併為之剃度。
次年，惠能到曹溪寶林寺（今廣東韶關南華寺），弘揚禪宗，主張“頓悟”，影響華南諸宗派，人稱“南宗”，在此傳法長達37年之久。當時，六祖惠能的同門師兄神秀，主張“漸悟”，在華北勢力頗盛，號稱“北宗”。神龍元年（705年），武則天和唐中宗即遣內侍薛簡往曹溪召其入京。惠能以久處山林，年邁風疾，辭卻不去。薛簡懇請說法，將記錄帶回報命。中宗因贈摩納袈裟一領及絹五百匹以為供養。並命改稱寶林寺為中興寺，由韶州刺史重修，又給予法泉寺額，並以惠能新州故宅為國恩寺。
惠能的禪法以定慧為本。他又認為覺性本有，煩惱本無。直接契證覺性，便是頓悟。他說自心既不攀緣善惡，也不可沉空守寂，即須廣學多聞，識自本心，達諸佛理。因此，他並不以靜坐斂心才算是禪，就是一切時中行住坐臥動作中，也可體會禪的境界。惠能又曰“先立無念為宗”，“佛法在世間，不離世間覺。”所謂無念，即雖有見聞覺知，而心常空寂之意。“自心歸依自性，是皈依真佛。自皈依者，除卻自性中不善心、嫉妒心、諂曲心、吾我心、誑妄心、輕人心、慢他心、邪見心、貢高心及一切時中不善之行，常自見己過，不說他人好惡，是自皈依。常須下心，普行恭敬，即是見性通達，更無滯礙，是自皈依。”
禪宗從達摩始百餘年間皆以《楞伽經》相印證，故亦稱為楞伽宗。達摩的三傳弟子道信開始兼以《金剛》等經為典據，到了惠能即以文句簡單的《金剛經》義代替了《楞伽經》，其目的在於擺脫名相煩瑣的思想束縛，而單刀直入求得開悟。
惠能主張教外別傳、不立文字，提倡心性本淨、佛性本有、直指人心、見性成佛，這是世界佛教史尤其是中國佛教史上的一次重大改革。惠能以後，禪宗廣為流傳，於唐末五代達於極盛。禪宗對中國文化的發展具有重大影響。禪宗特點在於其高度的理性化，幾乎完全沒有神學氣息。禪宗修持以定慧一體為特色。近代學者胡適在《荷澤大師神會傳》中曾有考證印度禪的這二十八祖的法脈是後人杜撰的。敦煌本《六祖壇經》沒有印度禪宗二十八祖法脈的記載。在梵文中也沒有印度禪宗二十八祖法脈的記載。近年來，中國大多數學者都認為《六祖壇經》的基本內容代表了惠能的思想，同時其中可能也有後人增益的成分。
唐玄宗開元二年（730年），在洛陽的明定南北總是非大會上，惠能弟子神會辯倒北宗，使得曹溪禪宗樹立了全國性的影響。
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