增值稅一般納稅人查補稅款及滯納金如何進行賬務處理，實務工作中發現不少財務人員處理不當導致多繳或少繳稅款的問題，下面就正確的賬務處理以及需要注意的問題做詳細介紹：
一、增值稅檢查賬務處理
增值稅一般納稅人檢查發現問題，需要進行賬務調整的按國家稅務總局《增值稅日常稽查辦法》（國稅發[1998]44號）規定進行處理：增值稅檢查後需要調整賬務，應設立“應交稅費——增值稅檢查調整”專門賬戶。
（一）增值稅一般計稅的賬務處理
凡檢查後應調減賬面進項稅額或調增銷項稅額和進項稅額轉出的數額，借記有關科目，貸記本科目；凡檢查後應調增賬面進項稅額或調減銷項稅額和進項稅額轉出的數額，借記本科目，貸記有關科目；全部調賬事項入賬後，應結出本賬戶的餘額，並對該餘額進行處理。
1.若餘額在借方，全部視同留抵進項稅額，按借方餘額數，借記“應交稅費——應交增值稅（進項稅額）”科目，貸記本科目。
2.若餘額在貸方，且“應交稅費——應交增值稅”賬戶借方無餘額，按貸方餘額數，借記本科目，貸記“應交稅費——未交增值稅”科目。
3.若本賬戶餘額在貸方，“應交稅費——應交增值稅”賬戶有借方餘額且等於或大於這個貸方餘額，按貸方餘額數，借記本科目，貸記“應交稅費——應交增值稅”科目。
4.若本賬戶餘額在貸方，“應交稅費——應交增值稅”賬戶有借方餘額但小於這個貸方餘額，應將這兩個賬戶的餘額衝出，其差額貸記“應交稅費——未交增值稅”科目。上述賬務調整應按納稅期逐期進行。
二、增值稅簡易計稅的賬務處理
國家稅務總局《增值稅日常稽查辦法》（國稅發[1998]44號）規定增值稅檢查後需要調整賬務，應設立“應交稅費——增值稅檢查調整”專門賬戶。該文件對一般納稅人一般計稅如何進行賬務處理作出了明確規定，對增值稅簡易計稅查補稅款如何進行賬務處理沒有具體規定，但實際上賬務處理的基本規則是一致的。
凡檢查後應調增增值稅簡易計稅貸方金額的，應借記有關科目，貸記本科目；凡檢查後應調減增值稅簡易計稅貸方金額的，借記本科目，貸記有關科目；全部調賬事項入賬後，應結出本賬戶的餘額，並對該餘額進行處理。
1.若餘額在借方，屬於多繳稅款 ，應辦理多繳退稅或用於以後期間抵減應納增值稅款。
2.若餘額在貸方，應補繳稅款。
注意事項：一般納稅人如果既有一般計稅，又有簡易計稅項目，涉及評估檢查補繳增值稅的，建議設置“應交稅費—增值稅檢查調整（一般計稅和簡易計稅明細科目，避免混淆）”
三、增值稅附加稅費的賬務處理
一般情況下，查補增值稅也會要求補繳城市維護建設稅和教育費附加。如果涉及調增以前年度增值稅銷項稅額或簡易計稅金額的，該事項如果影響以前年度損益的，要通過“以前年度損益”來核算，最終調整“期初未分配利潤”。如果是查補的當年增值稅，則直接記入本年相關資產或成本費用項目。
四、滯納金的賬務處理
對於稅收滯納金，計入“營業外支出”。實務中發現有納稅人誤將增值稅滯納金也記入“以前年度損益調整”中。
五、企業所得稅處理注意事項
根據《中華人民共和國企業所得稅法》及其實施條例規定，滯納金在計算應納稅所得額時不得扣除，故在年度申報企業所得稅時，應將該項支出做納稅調增處理。
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