工藤新一从第一集就遭到了黑衣组织的暗算，然后变成了现在的小学生模样，面对黑衣组织的作风，只要自己的事情暴露，绝对会对这个人灭口，琴酒让他吃下了这个药物，当时并不确定工藤新一已经死亡。
不过后期的剧情中，黑衣组织对于这个高中生好像已经淡忘了，他们只关心背叛组织的雪莉，还记得当时新一变小的时候阿笠博士是怎么警告他的么？
“如果说你的身份曝光了，那么你身边的人和你的家人都会遭到危险”，
这么说的话其实并非夸张，黑衣组织的实力大家都是有目共睹的，当时琴酒仅凭一根头发就可以确定这个人是雪莉（小哀），可以说他们觉对是不会放过任何一点蛛丝马迹的，此刻的新一更是为了身边的人不会暴露身份，黑衣组织他的目光暂时也不再工藤新一的身上。
就在剧情马上要一千集的时候，新一居然大摇大摆的出现在小兰身旁，并且在光天化日之下秀恩爱！没错就是在人群很多的旅游景点，当时园子还把这一幕发给了她们同班同学，并且把她们两个在英国表白的事情也说了出去，我的意思并不是说园子八卦，而是现在的新一越来越胆大了，他就真的不怕那些黑衣组织的人员吗？
之前也有过新一恢复成原来的模样去见小兰，可是当时知道的人并不多，而这一次新一则是太胆大了，我都觉得他是想要全世界都知道，果然恋爱的魅力才是最大的。
当时小哀刚脱离组织的时候，每次出去都会戴着口罩，虽然身体现在是小学生模样，但是她还是很担心被那些黑衣组织发现，就连解药也很少给柯南（新一），现在则是口罩也不戴了，帽子也不戴了，并且还多次给柯南（新一）解药让他撩妹，话说黑衣组织是真的把他们给忘记了吧。
当时新一秀玩恩爱后还顺手解决了一个案件，结果却是被旁人给发到了网络上面，当时就已经让黑衣组织的人再次提高了警觉了，虽说新一的老爸老妈在第一时间解决了发帖的事情，并且让那个人改口说自己看错了。
可是此时已经晚了，可以从朗姆发给波本的短信看出来，本来组织就已经差不多淡忘了这个高中生侦探，没想到他却自己跑了出来，因此可以推理出，工藤新一的事情是由他全面负责的，至于琴酒无非就是打下手解决后事。
其实工藤新一在这段时间已经被黑衣组织给漫迷淡忘了，最终却因为自己作死大意再一次的让黑衣组织注意到了他，今后小兰可能就会有危险了，不知新一会怎么办。
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