大約公元1世紀前後，西藏古代歷史開始有了一些模糊的輪廓。這是由先民一代一代口耳相傳，然後被吐蕃王朝的史家記載在典籍上面的。
據說當時高原上出現了大大小小的氏族部落，藏族史書稱"十二小邦"或"四十小邦"。"各小邦地方，各有小城寨"。經過多年的和、戰，又集結成若干個部落聯盟，其中以山南河谷的雅隆部落聯盟、阿里地區的象雄王國和雅魯藏布江以北的蘇毗部落聯盟最為雄強。
在同一歷史階段，拉薩河的古名"吉曲"已經出現，被稱為"吉曲考"（拉薩河流域）的地方已經為人所知，現在拉薩所在地，已經被人稱為"吉雪沃塘"（吉曲河下游的肥沃壩子）了。 根據藏族史書記載，一千三百多年前，大昭寺所在地周圍是一片沼澤，沼澤中心有一湖泊，這一帶被稱為吉雪臥塘，是一片人煙稀少、野羊出沒的荒僻之地。人們把臥塘稱為“惹薩”，但當時的漢譯把“惹薩”譯成了“邏些”，從此漢文史書便把“邏些”作為拉薩的前稱記錄下來。於是，臥塘就成為了拉薩的前身。
那時吉曲河流域先後屬於蘇毗部落聯盟中的達甲沃和赤邦松兩個王族統治。公元7世紀初，雅隆部落首領朗日松贊率兵北上，渡過雅魯藏布江，在赤邦松王族下面的娘氏家族等的策應下，佔領赤邦松領地，一舉成為整個吉曲（拉薩）河流域的主宰。朗日松贊把營盤設在墨竹工卡的甲瑪崗山溝，在這條長長的南北走向的山溝中，建造了幾座宮堡，他的兒子、吐蕃王朝締造者松贊干布，公元617年出生在甲瑪溝的強巴明久林宮堡中。
松贊干布13歲的時候，雅隆部落聯盟爆發內訌，父系和母系臣民心懷怨怒，所屬各部公開叛變，父王朗日松贊被進毒而死，政權幾近解體。松贊干布繼位於危難之秋，率領部屬立即東征西討，誅戮叛臣，降伏達布、工布、娘布、蘇毗等部，完成高原統一大業，建立吐蕃王朝，遷都吉曲沃塘，也就是今天的拉薩，被各地首領和群臣尊為"松贊干布"，意為"剛毅深沉之王"。
傳說這位少年王子征戰路過吉雪沃塘時，時值盛夏，日麗風和，他解下戰袍，在吉曲河（拉薩河）沐浴時，抬頭觀望吉雪臥塘這片土地，發現在這水草豐盛、景色優美的平原上，布達拉和藥王山突兀而起、巍然相對，地形十分險要，很有戰略地位。適逢這時，在雅礱河谷的吐蕃舊都，盤踞著王朝的舊貴族，時刻圖謀不軌。而高原北面的吐谷渾、西面的象雄等部落都對吐蕃虎視耽耽，這內憂外患促使松贊干布決定放棄南方的舊都瑪明久林，轉而佔據這片戰略要地吉雪臥塘。恰巧當時有個傳說，說是松贊干布的祖先普賢的化身拉妥妥日聶贊曾在高峻的紅山（布達拉）上隱居修行，這裡是聖化之地，後世可在此創基立業。於是松贊干布大力傳播這個神話作為遷都的根據。
公元633年，松贊干布率大臣、部屬從墨竹工卡西下吉曲沃塘，這片亙古以來荒涼沉寂的平野，立刻變得熱鬧而繁忙。松贊干布經過仔細勘察，決定截斷吉曲河的北河道，使河水傍著山南渲洩，紅山周圍顯露出一大片平野。他在這裡建宮堡，修寺廟，營造軍民住房。據說沃塘平野第一座建築是紅山堡寨，也就是布達拉宮的前身，這座巨石壘成的宮堡，兀立紅山之巔，氣勢非常雄壯。
公元641 年，松贊干布迎娶唐朝文成公主入藏，才高德重的文成公主進藏後，給臥塘帶來了迅速的繁榮和發展，使這個草灘沼澤之地建成了聞名的邏些——惹薩。傳說文成公主夜觀天象、日察地形，發現吐蕃地形狀似仰臥的羅剎女，極不利於藏王立國，而臥塘措則是羅剎女的心臟，湖水是羅剎女的血液，應該在此建寺廟來鎮住妖魔的邪氣，又根據五行相承相剋的道理，決定用白山羊背土填湖。於是，浩大的工程開始了，一座空前規模的建築矗立在臥塘之上，成為都城的象徵，這就是大昭寺。
公元648年，雄偉的大昭寺建成，文成公主和松贊干布的第一位妻子尼泊爾的赤尊公主將各自帶來的佛像請進了大昭寺，從此，各地的善男信女不遠萬里地來到這裡朝拜，漸漸，以大昭寺為中心的八廓街漸具雛形，聞名中外的高原古城初步形成文成公主篤信佛教，在她的感召下，松贊干布也加深了對佛教的信仰，可謂是“跳下戰馬，放下戰刀”。西藏各地的寺廟增加，並有出家人奉佛。唐朝和天竺等各地的僧人也到邏些朝拜，大昭寺香火日益旺盛。人們心中的邏些成為了神聖之地，“惹薩”漸成為“拉薩”（“拉”，藏語意為神，“薩”意為土地，拉薩就是神聖之地的意思。）
建立近200年的吐蕃王朝各種矛盾開始激化，王族與宦族、宦族與僧俗、佛教勢力與反佛勢力之間的衝突，達到水火不相容的地步。先是反佛勢力誣陷殺害了掌政僧侶缽闡布·章迦貝雲，接著弒殺藏王赤熱巴巾，擁熱巴巾之兄朗達瑪為藏王，掀起第二次禁佛運動。禁佛從拉薩開始，大昭寺被查封，釋迦佛像被埋藏在地下，僧人被趕出寺廟，強迫他們還俗，命令其殺牛宰羊或上山打獵。朗達瑪在位五年後被密咒僧人拉隆·白吉多吉弒殺。
郎達瑪死後，留下維松和雲丹兩位王子，維松為次妃所生，雲丹為長妃所養，朝政落入妃黨和貴族集團手中，雲丹據拉薩，稱為"大派"，維松避居山南，稱為"小派"，兩派互相討伐，歷時二十餘年，最後引發整個西藏高原的平民大暴動，吐蕃王朝從此解體。作為王朝首邑的拉薩城，也隨著吐蕃的瓦解而衰落。布達拉宮早在赤松德贊時期遭到雷擊火焚，這次又遭兵燹，逐漸淪為廢墟，雄宮坍塌，殿宇破敗，荒草萋萋，烏鴉亂落，一片淒涼景象。
西藏從公元9世紀中葉開始的分裂割據時代，整整持續了400年，直至公元13世紀中期，以藏傳佛教薩迦派為首的西藏各教派領袖歸順元朝，西藏從此由分裂走向統一，正式納入中國版圖。
在薩迦、帕竹和仁蚌巴政權時期，政治中心分別轉移至薩迦、乃東和日喀則。 薩迦王朝的首府在後藏薩迦地方。帕木竹巴王朝的首府是山南乃東。藏巴第悉政權時期，首府是日喀則。
藏傳佛教經過百餘年的沉寂之後，在公元10世紀前後相繼復興。戒律從阿里古格和青海丹底先後傳入衛藏，佛法之火又在拉薩及其周圍重新燃燒，史稱藏傳佛教後弘期。此後很長一段時間，蔡巴萬戶成為拉薩的主宰。幾代蔡巴萬戶長都被元朝皇室封為司徒，授予管理拉薩和拉薩河流域的權利。他們對拉薩城進行了長期有效的管理，組織力量修築和加固河堤，疏通市區水道，營造民房，整修八廓街，多次修葺大昭寺、小昭寺，保護布達拉宮廢墟上遺存的古建築，管理各個寺院和佛事活動場所，組織講經佈道活動，建立密宗院，編纂歷史和宗教著作。後人懷念他們的功績，將萬戶長拉傑果瓦奔的塑像供奉在大昭寺神殿諸佛之中。 其周邊也興建不少寺廟，如楚布寺、止貢梯寺等，但失去了作為國都的地位。蔡巴萬戶長拉傑果瓦奔因對大昭寺維護增拓貢獻巨大，大昭寺現還存有他的塑像。
雖然八百年間拉薩並未處於西藏權力的中心，但是它一直是西藏最古老最神聖的城市。15世紀初，拉薩三大寺建成，格魯派形成。此前蔡巴對大昭寺、拉薩街道進行維修。1409年，在帕竹闡化王扎巴堅讚的支持下，宗喀巴舉行了拉薩大昭寺祈願大法會，使拉薩的宗教地位得以強化。
公元16世紀前後統治西藏的帕木竹巴政權已經衰敗，仁蚌巴、第悉藏巴勢力相繼在後藏地區崛起，曾經盛極一時並且支持格魯派的柳鄔宗家族被第悉藏巴消滅，代之而起的吉雪第巴（拉薩河下游長官）也是格魯派的強有力的施主。
藏巴汗時期，拉薩河下游總管吉雪第巴接替帕竹王朝柳鄔宗本（哲蚌寺的主要施主）掌管拉薩。吉雪第巴管理著從曲水到墨竹工卡之間的拉薩河谷，歷任第巴為拉薩城區修橋築路，加固河堤，建造房屋宮室，做了大量功德。稍早的時候，西藏傳奇式的苦行僧湯東傑布，還在拉薩河上修架了鐵索橋，大大改善了拉薩的交通以及與外界的聯繫。但是，新興的格魯派遭到以日喀則為首邑的第悉藏巴（藏巴王）的敵視和壓制，從17世紀開始，前後藏不斷髮生爭戰，拉薩是他們反覆爭奪的地區，已經習慣和平生活的拉薩居民，又陷於一片驚恐和混亂痛苦之中，飽受戰火的蹂躪。特別是1617-1637年間，支持噶瑪噶舉的後藏藏巴汗與支持格魯派的吉雪第巴及蒙古和碩特部在拉薩展開了20年的激戰。拉薩面目全非。
激戰的結果是五世達賴喇嘛在拉薩建立了甘丹頗章政權，使拉薩再度成為西藏政治、經濟、文化中心。
1645年，五世達賴下令對僅存五法洞和觀音殿的布達拉宮進行重修。1647年，白宮建成，成為達賴的居所和辦公場地。1690年，第司桑結嘉措建紅宮，歷世達賴喇嘛的靈塔均安置於此。此後，大量的政府辦公場地、兵營、官邸、活佛府第、宮殿、商肆、民宅、作坊等建成。以大昭寺為中心的三條轉經道構成了拉薩城的最初佈局。這一範圍也即現在拉薩的舊城所在。
公元1727年（雍正五年），清朝中央政府在西藏派駐駐藏大臣，衙署最早設在拉薩衝賽康。公元18世紀末在魯布柳林西側新建駐藏大臣衙門，拉薩市民稱"朵森格"（石獅子）。清朝中央還在西藏派駐軍隊，軍營設在拉薩北郊的扎什地方。
公元1757年七世達賴喇嘛圓寂後，乾隆皇帝在西藏實施攝政制度，即在前一輩達賴喇嘛圓寂至後一輩達賴喇嘛親政之前，任命一位大活佛代行達賴喇嘛的職權，俗稱攝政王。德穆活佛、策墨林活佛、熱振活佛、功德林活佛，都曾出任過攝政王。他們先後在拉薩修建了高大雄偉、華美壯觀的家廟。與此同時，歷輩達賴喇嘛的家庭，大小僧俗貴族的府邸，也競相在拉薩城區動工興建。西藏商人，內地商人，不丹、尼泊爾、印度諸國商人，紛紛雲集拉薩經商，衝賽康、鐵奔康、堅布康、旺堆辛嘎、八廓街成為拉薩五大市場。伊斯蘭教信徒聚居城東河壩林一帶，大都以屠宰磨面為職業。漢族居民多住城南，種菜、配酒者居多。這一二百年是拉薩第四次大規模建設時期，也是甘丹頗章政權的全盛時期。
西藏和平解放後，拉薩建設大大加快。1954年12月，川藏、青藏公路開通後，拉薩城的建設進入了最為迅猛的階段。1960年建市，1964年後開始新城建設。1978年後，拉薩成為歷史文化古成，古蹟保護和重修高潮開始。1984年援建工程開始，市政設施得以全面改觀。1989年維修布達拉宮。
城市規劃和配套日趨完善。特別是1991年以後，隨著援藏大政方針，西部大開發實施，特別是2006年青藏鐵路建成通車後，拉薩迎來大發展大繁榮時期。現在大量項目建設，拉薩已經發展成為現代化城市。
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