一、企業兼營、無法劃分：根據《財政部 國家稅務總局關於全面推開營業稅改徵增值稅試點的通知》規定：適用一般計稅方法的納稅人，兼營簡易計稅方法計稅項目、免徵增值稅項目而無法劃分不得抵扣的進項稅額，按下列公式計算不得抵扣的進項稅額：不得抵扣的進項稅額＝當期無法劃分的全部進項稅額×（當期簡易計稅方法計稅項目銷售額+免徵增值稅項目銷售額）÷當期全部銷售額。如果能劃分的話也可按相對應進項來確定進項稅額
二、發票失控、發票異常：失控發票：防偽稅控企業丟失被盜金稅卡中未開具的發票以及被列為非正常戶的防偽稅控企業未向稅務機關申報或未按規定繳納稅款的發票。根據《國家稅務總局關於建立增值稅失控發票快速反應機制的通知》規定：認證時失控發票和認證後失控發票的處理辦法 認證系統發現的‘認證時失控發票’和‘認證後失控發票’經檢查確屬失控發票的，不得作為增值稅扣稅憑證。
異常憑證：走逃(失聯)企業存續經營期間發生下列情形之一的，所對應屬期開具的增值稅專用發票列入異常增值稅扣稅憑證(以下簡稱“異常憑證”)範圍。1.商貿企業購進、銷售貨物名稱嚴重背離的;生產企業無實際生產加工能力且無委託加工，或生產能耗與銷售情況嚴重不符，或購進貨物並不能直接生產其銷售的貨物且無委託加工的。2.直接走逃失蹤不納稅申報，或雖然申報但通過填列增值稅納稅申報表相關欄次，規避稅務機關審核比對，進行虛假申報的。增值稅一般納稅人取得異常憑證，尚未申報抵扣或申報出口退稅的，暫不允許抵扣或辦理退稅；已經申報抵扣的，一律先作進項稅額轉出；已經辦理出口退稅的，稅務機關可按照異常憑證所涉及的退稅額對該企業其他已審核通過的應退稅款暫緩辦理出口退稅，無其他應退稅款或應退稅款小於涉及退稅額的，可由出口企業提供差額部分的擔保。
三、發票逾期：增值稅一般納稅人發生真實交易但由於客觀原因造成增值稅扣稅憑證未能按照規定期限辦理認證、確認或者稽核比對的，經主管稅務機關核實、逐級上報，由省國稅局認證並稽核比對後，對比對相符的增值稅扣稅憑證，允許納稅人繼續抵扣其進項稅額。憑海關進口增值稅專用繳款書抵扣進項稅額的納稅人更應注意，申報前需關注稽核比對情況，對稽核比對結果為相符的海關繳款書，納稅人應在稅務機關提供稽核比對結果的當月納稅申報期內申報抵扣，逾期的其進項稅額不予抵扣。
四、虛開發票的後果：受票方利用他人虛開的專用發票，向稅務機關申報抵扣稅款進行偷稅的，應當依照《中華人民共和國稅收徵收管理法》及有關規定追繳稅款，處以偷稅數額五倍以下的罰款；進項稅金大於銷項稅金的，還應當調減其留抵的進項稅額。利用虛開的專用發票進行騙取出口退稅的，應當依法追繳稅款，處以騙稅數額五倍以下的罰款。在貨物交易中，購貨方從銷售方取得第三方開具的專用發票，或者從銷貨地以外的地區取得專用發票，向稅務機關申報抵扣稅款或者申請出口退稅的，應當按偷稅、騙取出口退稅處理，依照《中華人民共和國稅收徵收管理法》及有關規定追繳稅款，處以偷稅、騙稅數額五倍以下的罰款。
閱讀更多 老三會計 的文章
