北京信息科學與技術國家研究中心，在原清華信息科學與技術國家實驗室十餘年籌建工作的基礎上，組織開展信息科學與技術的交叉前沿顛覆性創新基礎研究。
北京凝聚態物理國家研究中心，以中國科學院物理研究為依託單位。
北京分子科學國家研究中心，依託於北京大學和中國科學院化學研究所。面向分子科學前沿，瞄準分子科學領域重大科學問題，開展基礎性、前瞻性、多學科交叉融合的創新研究。
武漢光電國家研究中心，依託華中科技大學，是適應大科學時代基礎研究特點的學科交叉型國家科技創新基地，是國家科技創新體系的重要組成部分。
瀋陽材料科學國家研究中心，依託中國科學院金屬研究所。定位於創建國際一流的綜合性材料基礎研究平臺，在已經形成優勢學科基礎上，進一步交叉融合，開展材料科技領域的前瞻性、戰略性、前沿性學科交叉基礎研究。
合肥微尺度物質科學國家研究中心，以多學科交叉融合為指導思想，聚集微觀尺度科學併產生重大原創性成果。
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