北京信息科学与技术国家研究中心，在原清华信息科学与技术国家实验室十余年筹建工作的基础上，组织开展信息科学与技术的交叉前沿颠覆性创新基础研究。
北京凝聚态物理国家研究中心，以中国科学院物理研究为依托单位。
北京分子科学国家研究中心，依托于北京大学和中国科学院化学研究所。面向分子科学前沿，瞄准分子科学领域重大科学问题，开展基础性、前瞻性、多学科交叉融合的创新研究。
武汉光电国家研究中心，依托华中科技大学，是适应大科学时代基础研究特点的学科交叉型国家科技创新基地，是国家科技创新体系的重要组成部分。
沈阳材料科学国家研究中心，依托中国科学院金属研究所。定位于创建国际一流的综合性材料基础研究平台，在已经形成优势学科基础上，进一步交叉融合，开展材料科技领域的前瞻性、战略性、前沿性学科交叉基础研究。
合肥微尺度物质科学国家研究中心，以多学科交叉融合为指导思想，聚集微观尺度科学并产生重大原创性成果。
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