世界上最早、最大的高棉式建筑群落——吴哥古迹

东南亚有着悠久的历史，早在远古时期，已经有原始人类在东南亚地区繁衍生息。旧石器时代早期的直立人和旧石器时代中晚期的智人化石在中南半岛地区和海岛地区都有发现。考古工作者在东南亚地区发现过许多旧石器时代的石器，如石锛、砍砸器和各种粗糙程度不同的石片，还有用动物骨骼制成的骨鱼叉、骨刀等。

大约距今1万年起，东南亚地区开始由旧石器时代向新石器时代过渡，从目前已知的考古发现来看，半岛地区新石器时代的发展要早于海岛地区。相对有代表性的有越南的和平文化、北山文化，泰国的仙人洞、班高文化，缅甸的勒班奇波文化和陶马贡文化。

泰国班青（乌隆府）国家博物馆精美陶器，制作于4000年前

在中南半岛和海岛地区广阔的地域范围内都出土过新石器时代的遗存，以磨制石器和各种陶器为标志，如石刀、石斧刃、石叉（猎叉、鱼叉）、石耙齿、石轮轴等磨制工具；在一些地区发掘原始洞穴时还发现了不少岩画、器型丰富的各类陶器等。此外，各类植物的遗存以及鹿、牛、猪、狗等动物骨骼化石也多有发现。在海岛地区的一些新石器时代遗址中发现大量的贝制工具，反映了海生贝类动物对当时人类生活的影响。在这些地区还发现过许多金石并用时代的青铜制品，其中包括东南亚原始社会末期最重要的代表性器物——铜鼓。东南亚新石器时代后期在印度尼西亚群岛和中南半岛出现的巨石文化，反映了东南亚原始民族的宗教崇拜和独具一格的工艺水平。

关于东南亚上述各时代的起讫时间，专家学者的意见不尽一致，但从考古人类学的证据来看，东南亚原始社会经历了旧石器时代、新石器时代、金石并用时代和某些地区的青铜时代是确凿无疑的。在东南亚半岛地区新石器时代大约持续了七八千年，大部分地区直到公元前1世纪仍处于新石器时代，海岛地区则更晚些。

菲律宾的尼格利陀人，摄于1899年

东南亚地区处于种族和民族迁徙的十字路口，数千年来，亚洲、大洋洲民族迁徙的浪潮，从不同的方向在不同的年代到达东南亚各地，形成了东南亚地区极其复杂的人种、民族。东南亚最早的人群是属于澳大利亚（土著）人种的尼格利陀人，也称“小黑人”，他们在东南亚史前文化的创造发展过程中起到了重要作用。随着移民浪潮来到东南亚的人群属于蒙古属系马来型，最初到来的是“原始马来人”，后来到达的被称为“新马来人”，他们带来了更为先进的新石器文化。“马来人”或与居住在主要岛屿沿岸的早期居民混合，或干脆取而代之，最终成为今天东南亚海岛地区的主要民族。

在公元前1世纪又有两个重要的族群——孟高棉系民族和起源于中国南方百越的越族群体（后逐渐演化成越南的京族和泰缅老等国的泰掸系民族）迁入中南半岛。公元前后，来源于中国古代的氐羌族群的藏缅系民族南迁中南半岛。这些从亚洲大陆上迁移来的民族慢慢成为东南亚各国历史的主角。因迁移时间及地理环境不同，中南半岛各族群不仅形成了各有特色的风俗习惯和语言，其社会发展也并不均衡。