北宋靖康元年（公元1126年），金兵攻破东京汴梁城（今属河南开封），掠走徽钦二帝，包括传国玉玺在内的皇室大量珍宝同时被劫掠，此后，传国玉玺下落不明。
元至元三十一年（1294年），消失了近七十年的传国玉玺忽然出现在大都（北京）的集市上，有人公然叫卖。
丞相伯颜闻知消息，立即命人将玉玺买了回来。
伯颜曾将收集到的历朝印玺全部磨平，分发给王公大臣作私人印章，有学者怀疑，传国玉玺极有可能被伯颜给毁掉了，但是却没有史料可以证实，是伯颜毁掉了传国玉玺。
明朝时期，蒙古瓦剌部首领也先声称自己得到了传国玉玺。
也先，生年不详，全名为绰罗斯•也先，其父亲绰罗斯•脱欢统一了漠北东部地区，成为瓦剌部首领。
明正统四年（1439年），也先继承了瓦剌部首领之位，一度向明廷朝贡，受封敬顺王，同时被蒙古帝国大汗脱脱不花封为太师。
也先统治瓦剌部时期，一度征服了女真部族，势力达到了朝鲜半岛北部。
部落逐步强盛，也先开始目无朝廷，以明廷拒绝贸易为由，开始大举南侵。
正统十四年（1449年），土木堡之战，瓦剌军大败明军，俘虏了明英宗，因围攻不下，只好释放了明英宗。
景泰四年（1453年）八月，也先击败大汗脱脱不花，僭称“大元田盛大可汗”，以其子为太师，改元“添元”。
《万历野获编》记载：也先派遣使者向明廷贡马时，自称“大元田盛大可汗”，其中的“田盛”意思是“天圣”，因为汉语没整明白，所以称号弄得不伦不类，贻笑大方。
也先给朝廷的奏疏中狂妄地写道：“往者元朝受天命成为之主，今我已得其位，拥有国土和人民，并得传国玉玺，敬请遣使修好……”
这段文字的意思是：
以往元朝顺应天命，成为夷夏的共主。现在我已经拥有了大汗的地位，拥有土地和人民，而且还得到了代表正统的传国玉玺，这就是天意啊！敬请大明帝国遣使修好，并向太上皇（明英宗）问好，末尾称天元元年。
景泰帝召集大臣商议，决定称呼也先为“瓦剌可汗”，同时设宴款待使者，并给予厚赏。
当时的也先气焰嚣张，双方“几同敌国”，所以没有提及奉送传国玉玺。
天顺元年（1457年），明英宗复位，也先手下的太师孛来、知院阿哈剌派遣使者，表示愿意向朝廷进献传国玉玺。
明英宗命使者转达口谕：“尔欲献传国宝，此意可嘉，但此宝已失真，即真亦秦始皇所造不祥之物。我朝自有祖宗相传之宝，亦不用此，其进与否，任从尔便。”
——尔等打算把传国玉玺献给朝廷，心意可嘉，但是传国玉玺目前真假难辨。即便是真的，也属于秦始皇制造的不祥之物。我朝自有祖宗世代相传的国宝玉玺，朕也不会使用尔等所谓的传国玉玺，进献与否，你们随意吧！
也先与手下的心拔凉拔凉，此后不再拿传国玉玺说事儿了。
早在永乐皇帝在位时期，就曾发生过类似的事情。永乐八年（1410年），永乐帝就对瓦剌首领、北元太师阿鲁台说过：“尔言元氏子孙已绝……”
——你说元朝皇室后裔已经绝嗣，瓦剌倘若没有诚心归附，是不会进献传国玉玺的。传国玉玺有什么啊？想当年尧、舜、禹、商汤、周文王、周武王这些君主在位的时候，根本没有传国玉玺，不是一样统治天下吗？如果说传国玉玺果真是宝物，大元朝应该万世永存啊，咋就衰败成今天这个样子了呢？
宣德九年（1434年），瓦剌部顺宁王脱欢弑杀阿鲁台，得到了传国玉玺，派遣使者进献给明宣宗朱瞻基。
明宣宗传口谕给顺宁王脱欢：“王克绍先志，遣人进马……”
你顺宁王遣使贡献马匹，朕看到了你的诚意，你进献传国玉玺，朕也明白你的意思，然而国家是否万世永存，跟传国玉玺没一毛钱关系，既然你顺宁王得到了，你就留着自己用吧！
明朝几代皇帝对待传国玉玺一事不温不火，态度出奇地一致，足可见明代皇帝的血管里，都流淌着先祖朱元璋无比强大、坚不可摧的自信基因。
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