5月7日，俄偵查委員會消息人士表示，根椐對機組人員調查，蘇霍伊-100客機在失事前，飛行員擅自打開側窗，使飛機增加空氣阻力側翻，並使強氣流直接入艙，導致尾部外燃燒明火燒穿隔層進入艙內。
目前，飛行員操縱錯誤被定為客機失事主導版本。
據視頻記錄的數據，飛行員在自動駕駛儀被系統自動關閉的情況下，必須手動操作，並排放煤油，當時發動機完好，
在空中堅持幾個小時並無大礙。此外，在著陸過程中，機組成員表現出不良的技能，未能正確降落在著陸點。結果，飛機砸向混凝土，使起落架崩潰，飛機側翼的油箱被損壞，航空煤油濺在引擎上並被點燃，導致飛機後部被火焰燒穿。
死裡逃生的乘客奧列格·莫爾查諾夫表示，砸在跑道上的客機內艙像塑料杯一樣快速燒燬，
死者集中在第12行之後，幾乎沒有人活了下來。奧列格·莫爾查諾夫說，飛機第一次撞擊砸在跑道上後，機艙內的婦女開始躺在在過道上大喊大叫，沒有見到任何一位空乘人員疏導和幫助，大部分人被瞬間喪失意識。
根椐立案程序，俄聯邦偵查委員會正對俄羅斯航空公司技術、機務、飛行、乘務等相關部門進行檢查，主要關注失事客機飛行員、乘務員是否接受過緊急情況下的訓練，培訓是否符合既定標準。
根椐技術要求，飛行員每月必須通過模擬器上的故障飛行課目。
椐調查，失事客機機長43歲的丹尼斯.埃夫多基莫夫，在蘇霍伊-100飛機上有1,500個飛行小時，副駕駛36歲的馬克西姆·庫茲涅佐夫同類飛機上飛行了600個小時。
在謝列梅捷沃事件發生前3天，這名機長進行了3次飛行，飛行約10個小時。
俄航空專家指出，飛行員操縱錯誤版本實際上表明瞭俄羅斯航空的系統性問題。在飛行安全方面，俄羅斯甚至落後於非洲國家。根據國際航空運輸協會2018年的統計數據，
獨聯體國家每100萬次飛行中重型事故為1.19％，比例為世界之最。2010年以來，俄羅斯發生了12起定期和包機客機墜毀事故，其中兩起完全是由於技術原因造成，剩下的災難的原因是人為因素。
專家認為，2018年俄主要航空公司俄航和勝利航空飛行員培訓幾平崩潰，公司不得不用重金聘僱外藉飛行員，因為俄藉飛行員對本國飛機和從外航購買的舊飛機沒有安全信心。
俄藉飛行員熱衷去亞洲地區的航空公司應聘，薪水比俄航高兩倍以上。
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