棉花生理病害是由不適宜的生態環境所引起的非侵染性病害的總稱，各產棉區都有發生，個別年份發生較重。
常發生的棉花生理病害主要有三類：一是由肥水失調等綜合因素引起的棉花紅(黃)葉枯病，俗稱紅葉莖枯病；二是典型的缺素症；還有一種是由藥害引起的畸形症。
一、棉花紅(黃)葉枯病一般多在初花期開始發病，棉花盛花期至結鈴期發生普遍且嚴重。在棉花生長中，病葉從外向內發展，脈間葉肉成淡黃色，但葉脈保持綠色，以後葉色變為紫紅色或紅褐色，皺縮，繼續發展則全葉呈紅褐色。嚴重時，葉柄基部變軟，失水乾縮，形成莖枯，引起大量落葉，終至全株枯死。剖開莖杆維管束並不變色。引起這類病害的原因主要與土壤、營養、肥水、氣候和栽培管理密切相關。
二、缺素症。常見的缺素症有：
（1）缺氮素植株弱小，葉色發黃；嚴重時幼葉呈黃綠色，以後由黃變紅，最後變褐色乾枯。
（2）缺磷則根系發育不良，植株生長緩慢，株型矮小，莖稈細脆，葉色暗綠，並有紫紅斑塊。
（3）缺鉀時葉片自下而上出現症狀，即先從下部葉片葉脈間的葉肉褪綠變黃轉褐，出現似感染黃萎病的“花西瓜皮症狀”，但其維管束不變色，嚴重時植株葉片呈紅(黃)褐色。
（4）缺鎂則葉片失綠，網狀脈紋十分明顯，有時葉片產生紫紅斑塊。
（5）缺硼則葉片深綠，生長緩慢，下部葉片萎蔫下垂，生長點易枯死，生殖器官生長受阻，現蕾少。
此外在碳酸鹽含量較多的土壤中，鐵鹽常變為不能被植物吸收的狀態，也常引起葉片失綠。錳、鈣、硫、鋅等元素的缺乏，也會引起葉片變色、抑制正常生長。
總之，棉花缺素，不論缺大量元素，還是微量元素，它們都是植株生長髮育必不可少的物質，不能相互替代。某一元素的缺乏，必然會導致其生理代謝的紊亂或破壞，從而出現缺素症。
三、畸形。正常生長的棉田突然出現大片植株葉色發黃、葉形變細、變長、皺縮、扭曲、似“雞爪”狀葉片，植株生長也明顯受抑制。這類症狀多與棉田附近施用除草劑危害有關。
四、萎蔫。在高溫期久旱之後大水漫灌，棉田中也常發生“生理性萎蔫”，這是因高溼環境導致厭氧細菌大量繁殖，它們所產生的硫化氫、甲烷等對棉花產生毒害作用所致。
生理病害的種類很多，要控制其發生，必須首先查明病因。若是缺素症則根據缺什麼補什麼的原則，對症處理；若是藥害，則通過調節劑種類、嚴格按照操作規程處理，即可通過改善土壤及肥水條件來控制病害發生。若是紅（黃）葉枯病，因病因比較複雜，則主要通過改善土壤及肥水條件來控制病害發生。
1.改良土壤。如擴種綠肥，棉花與苜蓿輪作、深耕和稻棉輪作等，都可改善土壤結構狀況，減輕病害發生。
2.平衡施肥。如施足底肥、輕施苗肥、巧施蕾肥、重施花鈴肥、補施蓋頂肥，氮磷鉀合理配合施用。缺鉀棉田應在發病初期噴施1%~2%的氯化鉀、硫酸鉀或硝酸鉀。噴施1.5%尿素，也可減輕病害發生。地膜棉田易發生後期早衰，更要注意花鈴肥的施用。
3.加強管理。棉田應精耕細作，及時中耕，及時灌水，促弱控旺，增強棉株行間通風透光，多雨季節要注意及時開溝排水，都有助於減輕紅（黃）葉枯病的發生。
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