按照菌種的不同，酸奶可分為兩大類，一是普通酸奶，僅含有兩種法定的乳酸菌(保加利亞乳桿菌和嗜熱鏈球菌)；二是益生菌酸奶，除了含有上述菌種外，還含有其他乳酸菌，如嗜酸乳桿菌和雙歧桿菌等，這種酸奶的價格往往也偏高。
保加利亞乳桿菌和嗜熱鏈球菌是“一過性”的保健菌，也就是說，這些菌絕大多數不會進入大腸，不能起到“調整腸道菌群”的作用。而添加到益生菌酸奶中的嗜酸乳桿菌、雙歧桿菌，還有一些乳酪乳桿菌的菌株，以及其他一些菌株如鼠李糖乳桿菌等，經過長期篩選和科學研究，證明其保健作用比較強，如雙歧桿菌在人體腸內發酵後可產生乳酸和醋酸，促進鐵和維生素D的吸收；嗜酸乳桿菌能協助蛋白質消化，在此過程中還產生乳酸、抗生素、及B族維生素等。所以，從理論上來說，這種酸奶可能利於調節人體腸道微生物的平衡。
但益生菌酸奶對身體的好處有多大，尚無法評價。並且益生菌一定要達到足夠的活菌數，才能起到足夠的保健作用。從研究報告來看，益生菌的數量要達到106甚至108以上，才能有足夠的保健活性。現在，並不是所有的益生菌酸奶都會標明其中的益生菌數量，這一點，消費者在選擇時要特別留意。需要注意的是，雖然普通酸奶沒有特殊的益生菌，但其營養價值也不能被忽視。如果僅想獲得蛋白質、鈣和多種維生素，促進消化吸收功能，直接購買普通酸奶即可。
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