佛教在中國的發展到了隋唐兩代達到成熟而進入八宗分立的輝煌時期。開元寺創建於唐武則天朝，到玄宗朝得到發展，許多佛教宗派大多有寺僧傳佈過。淨土宗是以稱念阿彌陀佛往生極樂世界為終極目的的宗派。
相傳唐垂拱二年 “郡儒”黃守恭的桑園因有桑樹開白蓮花，獻地予僧匡護建“蓮花道場”，名“蓮花寺”。桑樹開白蓮花的傳說是為了說明其宗派的法力之高。蓮花象徵淨土，說明蓮花寺屬於弘傳淨土信仰的道場。
而在當時流行彌勒淨土、阿彌陀淨土、琉璃淨土等，至於蓮花寺是否屬於淨土宗有待進一步探討。據載：“極樂院在寺之西，宋淳熙間，高僧了性與其徒守淨創是院，專祀西方大聖，故俗呼‘彌陀殿’。”說明宋代淳熙年間開元寺的下屬極樂院屬於淨土宗。明崇禎年間，淨土宗第九代祖師蕅益大師曾一度駐錫於開元寺中弘法 ；天台宗是以《法華經》為主要依據經典的宗派，開元寺於唐宣宗朝有天台宗僧人駐錫。
據記載可知，大中二年法華宗僧令言於開元寺西創支院“西羅漢院”居之，傳《法華》、《上生》二經，“二經學者坋集其門”。天祐年間刺使王延彬於開元寺西北側創支院，“居法師省權，以權善《法華》”，因名“新法華院”。 兩宋此宗仍有流傳。
據記載，開元寺僧釋宗已“理教俱邃”。 釋有朋，從宗已習法華等， 後改習禪宗。 可見從唐大中二年至宋代開元寺流行過天台宗；華嚴宗是唐武則天朝的法藏創立的以《華嚴經》為主要立宗依據經典的宗派。唐大中元年至六年間，華嚴宗僧莆田人行標法師一度駐錫於開元寺弘傳華嚴宗；唯識宗創於玄奘，完成於窺基，以《成唯識論》為主要立宗依據的經典。
據記載，唐代寺僧叔端曾“出遊吳越，遍習諸經。教海源底，靡不洞達。” 乾符年間歸隱山中，因王延彬延請出山住開元寺清涼精舍。後來，晉江人釋道昭從叔端“學上生、唯識，悉臻其奧”。
可見叔端的唯識宗理論功底之深。五代時，唯識宗僧道昭居羅漢閣，治“唯識學”，“號唯識大師”；律宗是傳持戒律的宗派。
據記載，寺僧“宣壹，……教授四分、俱舍、涅槃。鹹究通之，乃為二眾依止，檢身以律，皎如冰霜，一室晏如，惟清水楊枝而已。……閩副帥王審知奏置壇福唐，選師臨壇，凡得戒者三千人。”可見，宣壹不僅是一位“檢身以律”的律宗僧，而且長於律學，教授《四分律》，臨壇傳戒。
又據《泉州開元寺志》載：“釋弘則，溫陵（即今泉州市）人，……鹹通三年受具上都‘興善’，遂如‘薦福’，傳總律師四分，……天祐二年王延彬為創院居之，名曰：‘建法’。使授毗尼，學者鹹會……”。其弟子良苑，再傳弟子洛彥、本敷等於律學研究方面“俱有聲”。 泉州東律袒膊院的神僧袒膊和尚“世以律傳”；密宗是由“開元三大士”的金剛智、善無畏和不空創立的修持密法的宗派。
據《泉州開元寺志》記載：“紫雲大殿，唐垂拱二年僧匡護建，……玄宗改額‘開元’，仍賜佛像。後毀。乾寧四年，檢校工部尚書王審珪重建，塑四像，中尊是先有御賜像。”
就是說，泉州開元寺大殿原先佛像僅供一尊，後因大殿遭毀，乾寧四年重建，除原先的佛像尚存外，又增塑四尊分列兩旁，從而構成了“五方佛”。
而寺院供奉“五方佛”是密宗的規制。說明當時開元寺流行密宗。
泉州開元寺在宋代還雕造陀羅尼經幢。 佛頂尊勝陀羅尼經幢是密宗的產物。表明開元寺在宋代還流行密宗；禪宗是以參究的方法徹見心性本源為主旨的宗派。
禪宗分為南嶽和青原兩大系，自晚唐起又自立門派，形成溈仰宗、臨濟宗、曹洞宗、雲門宗和法眼宗五家。
據記載，僧行瑫於本寺受業，後得法於雪峰義存。南唐保大末，開法於福州仙宗院。義存的再傳弟子清豁構支院上方院以居，後移錫漳州保福院。行瑫和清豁都屬於禪宗青原行思禪系。臨濟宗在宋代分黃龍與楊歧兩派。黃龍派為慧南開創，曾出家於本寺的子琦為慧南的得法，先在蘄州開元寺傳法 ，後移錫回閩，受請為泉州崇寧寺第一代住持。有朋為其法嗣。
宋元豐二年，泉州太守陳樞延請有朋居泉州開元寺尊勝院。楊歧派為方會禪師所創。至元二十三年秋，楊歧派的虎丘昭隆——破庵祖先一系的雪峰可湘禪師之徒妙恩受請為開山，“禪風遠播，衲子竟集。復得契祖繼之，垂四十年，“食常萬指”。契祖“善說法語，渾然天成”。此後，這一系的禪師還有如炤在開元寺傳法；曹洞宗為洞山良价與曹山本寂創立的。
明洪武三十一年，曹洞宗名僧正映禪師奉詔從南京移錫前來開元寺住持，“不數載寺為之中興”。 曹洞宗中興宗匠元賢於崇禎八年冬住泉州開元寺。 “開法紫雲”， 四眾雲集。崇禎十五年再度移錫泉州開元寺。雲門宗是雪峰義存的得法弟子文偃創立的。據寺志記載：“釋有評，越天衣懷之嗣，主棲隱。”“棲隱禪院，……先皆甲乙住持。宋為州者改為十方禪院。自然、有評二禪師皆主是剎。”
前則引文中的“天衣懷”即“天衣義懷”。天衣義懷是雲門宗僧雪竇重顯的法嗣。 可見有評為雲門宗僧。其後又有本州資壽院雲門宗捷禪師的法嗣可遵主尊勝院。
說明開元寺在宋代曾一度流行雲門宗。顯然，開元寺在佛教八宗中除了三論宗、禪宗五家七派中除了溈仰宗、法眼宗是否有僧人弘法尚待探討外，其他宗派都曾有僧人在寺弘傳。真可謂各派名彥蜂至而紛立!
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