证监会清明假期前夜“空袭”华大基因，根据4月4日晚间其收到中国证券监督管理委员会深圳监管局行政监管措施决定书的公告显示，华大基因存在订单型收入确认依赖的系统存在漏洞，相关收入核算不规范，部分项目型收入核算与会计政策不一致，相关收入核算不规范，规范运作程度不高。
证监会指出其存在关联方员工参与公司研发、审批和项目跟进工作的情形，如深圳华大生命科学研究院的博士宋某，参与了 2017年和 2018 年你公司的“非小细胞肺癌 ctDNA 检测试剂盒(NGS)注册申报项目”和 “结直肠癌早筛多重甲基化 PCR 技术开发项目”，且作为第一个项目研究成果中 一项专利的第一发明人。以及公司向关联方预付款项金额超过合同约定的情形等问题。
此外，证监会指出其子公司深圳华大基因生物医学工程有限公司与关联方深圳华大智造金额为1.28 亿元合同，合同约定付款方式为“100%预付”，但实际在合同签订后华大基因支付了1.59 亿元。
部分项目型收入核算与会计政策不一致，相关收入核算不规范，使得公司 2017 年多计收入 1,327. 94 万 元、净利润 1,244.94 万元。
对此，4月7日下午，华大基因再次发布公告，称此类情况系延迟确认收入所致，公司不存在虚增收入或利润的情形。迟延确认收入主要是出于谨慎的角度，由于相关收入核算与会计政策存在不一致，因此存在收入确认的跨期问题。
公司已经在全力严格按照深圳证监局的要求采取切实有效的措施积极整改，并将于 30 日内完成整改，向深圳证监局提交书面整改报告。
针对关联方交易的质疑，公告回应称，向关联方华大智造预付款超过合同金额，因2017 年其与关联方华大智造签订多个采购合同。公司与关联方华大智造签订合同编号13100-600086 号采购合同，合同金额为 1.28 亿元;同时公司与华大智造还签订 了合同编号 13100-600121 号采购合同，合同金额为 1.64 亿元。公司向华大智造支付的 1.59 亿款项，包含公司 600086 号合同金额 0.84 亿元以及公司 600121 号 合同金额 0.75 亿元。
以往发生的日常关联交易与 2019 年度日常关联交易预计事项主要系向关联人采购商品、采购固定资产、采购服务、提供测序服务、房屋租赁等日常经营性交易，为符合企业生产经营需要而发生的正常交易事项，有利于公司与关联人发挥双方在业务上的互补协同效应，提高各自的经营效益，关联交易遵循诚实 信用、等价有偿、公平自愿、合理公允的基本原则，依据市场价格和成本加成的原则，协商定价、公平交易，不存在损害公司及中小股东利益的情形。
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