一、律師意見：
1、司法實踐中，很多企業是不規範的，根本沒有對員工進行考勤管理，即便有考勤也會有很多手寫的方式考勤，沒有註明具體的時間，這就造成加班時間無法核實的情況，加班費也無法核實具體數額，這種情況對勞動者和用人單位都存在法律上的風險。
2、關於加班費舉證的問題，原則上是“誰主張、誰舉證”，但考慮到用人單位的強勢地位、考勤工作的義務承擔主體是單位、考勤資料的保存義務主體是單位，所以法律和地方的規定都折中作出一定的規定，例如兩年內的加班事實由單位承擔舉證責任，兩年外的加班事實由勞動者承擔舉證責任，這樣也算是平衡利益，即對單位不規範考勤工作作出了警示和負面評價，也是對勞動者在工作中保持舉證意識作出了提醒。
3、除了加班費舉證責任的分配，仲裁委或法院也會綜合案件的證據作出綜合判斷，例如工資是否是浮動的，有無同崗位員工的證言，考勤記錄是否有勞動者的簽名等。
二、法律依據：
1、廣東省高級人民法院、廣東省勞動爭議仲裁委員會關於適用《勞動爭議調解仲裁法》、《勞動合同法》若干問題的指導意見第29條規定：“第二十九條 勞動者主張加班工資，用人單位否認有加班的，用人單位應對勞動者未加班的事實負舉證責任。用人單位以已經勞動者確認的電子考勤記錄證明勞動者未加班的，對用人單位的電子考勤記錄應予採信。勞動者追索兩年前的加班工資，原則上由勞動者負舉證責任，如超過兩年部分的加班工資數額確實無法查證的，對超過兩年部分的加班工資一般不予保護。”
2、《中華人民共和國勞動爭議調解仲裁法》第6條規定：“發生勞動爭議，當事人對自己提出的主張，有責任提供證據。與爭議事項有關的證據屬於用人單位掌握管理的，用人單位應當提供；用人單位不提供的，應當承擔不利後果。”
3、舉證責任按照《最高人民法院關於審理勞動爭議案件適用法律若干問題的解釋（三）》第九條：“勞動者主張加班費的，應當就加班事實的存在承擔舉證責任。但勞動者有證據證明用人單位掌握加班事實存在的證據，用人單位不提供的，由用人單位承擔不利後果。”
4、江門市中級人民法院、江門市勞動人事爭議仲裁委員會關於審理勞動人事爭議案件若干問題的座談會紀要第9條規定：“勞動者主張兩年前的加班工資的，舉證責任按照《最高人民法院關於審理勞動爭議案件適用法律若干問題的解釋（三）》第九條“勞動者主張加班費的，應當就加班事實的存在承擔舉證責任。但勞動者有證據證明用人單位掌握加班事實存在的證據，用人單位不提供的，由用人單位承擔不利後果。”；勞動者主張兩年以內加班工資的，舉證責任按照廣東省高級人民法院、廣東省勞動爭議仲裁委員會《關於適用、若干問題的指導意見》第二十九條規定“勞動者主張加班工資，用人單位否認有加班的，用人單位應對勞動者未加班的事實負舉證責任。
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