目前菌肥仍沒有被大面積推廣施用，根本原因在於普遍農戶思維陳舊對菌肥認知度明顯不足，再有就是菌肥市場不夠規範！對於菌種真假難辨！如對菌肥之功效、養分含量、施肥方法的掌握較生疏，就很難達到理想的效果。
下面咱們就談談菌肥的正確施用和相關問題：
菌肥有什麼作用
增強作物抗病抗逆能力
菌肥中部分菌種具有分泌抗菌素和多種活性酶的功能，抑制或殺死致病真菌和細菌；大量的田間試驗證明，菌肥的應用可以降低病蟲害發生率及增強作物的抗逆性能。
菌肥還有明顯的抗旱、耐寒、抗倒伏、抗鹽鹼的效果，增強作物的抗病性，從而有效預防作物生理性病害的發生。
提高產量、改善品質
使用微生物肥料可以提高農產品中的維生素C、氨基酸和糖分的含量，有效降低硝酸鹽含量，使生產出來的農產品好吃又好看，賣個好價錢。可不同提高作物產量20-30％。
改善土壤養分供應狀況
菌肥主要通過各種菌劑促進土壤中難溶性養分的溶解、釋放。
菌劑在代謝過程中釋放出大量的無機有機酸性物質，促進土壤中微量元素硅、鋁、鐵、鎂、鉬等的釋放及螯合，有效打破土壤板結，促進團粒結構的形成，使被土壤固定的無效肥料轉化成有效肥料，改善了土壤中養分的供應情況、通氣狀況及疏鬆程度。
使用菌肥注意事項
1、見殺菌劑就死亡，所以不能與殺菌劑混合使用
2、見紫外線就死亡，所以要避光；
3、高濃度的化學物質對菌肥裡的微生物有毒害作用，所以化肥用量不能過大。
4、不宜將多種生物菌肥同時使用
生物菌肥要發揮作用，需要有益微生物大量繁殖才能發揮作用。而微生物與微生物之間存在互生、共生和對抗三類關係，其中對抗關係又包括拮抗、寄生、競爭、捕食等多種類型。
5、注意溫度過高，過低，乾旱條件下會影響菌肥活性。
6、不要衝施，因為水會衝散菌群，影響菌肥效果。
此外，強降雨也會讓菌肥效果降低。大多數微生物菌肥中的菌都是有氧細菌，需要有氧呼吸。如果土壤積水時間過長，會影響菌肥效果，必須及時排幹積水。此外，過多的積水會讓菌懸浮到水中一部分，被沖掉，從而影響菌肥效果。
用量及混用
土壤中施入較多的菌肥，雖然不會出現燒根燒苗現象，但也並不是施得越多就越好。盲目大量施用生物菌肥，會增加肥料投入成本。
因此，應根據不同作物的需要和土壤養分狀況，科學地確定生物菌肥施肥量，才能達到增產增收的目的。
菌肥不會直接提供植物營養，而是經過分解和轉化才能為作物所用，所以不要指望菌肥能給作物提供大量營養！最後施用菌肥，一定不要忘了補充有機質！
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