1758年，乾隆皇帝在位的第23年，清軍進入新疆天山南路，平定了大小和卓叛亂，維護了邊疆的穩定和統一。

新疆地區的地形大體上可以概括為“三山夾兩盆”，從北往南的三大山脈阿爾泰山、天山、崑崙山，將新疆分為南北兩部分。兩盆是我國最大的兩個盆地：塔里木盆地（53萬平方公里）和準噶爾盆地（38萬平方公里）。

1757年，清軍經過兩次征伐新疆伊犁地區，先後平定準噶爾首領達瓦齊和輝特汗阿睦爾撒納的叛亂。乾隆皇帝總算搞定了讓他們祖孫三代都頭疼的準噶爾問題，維護了祖國統一，算是大功一件，被列入乾隆皇帝十全武功。但是，乾隆皇帝還面臨新的問題，那就是天山南路的大小和卓也造反了。

清代對新疆天山南路，亦稱“回部”，與天山北路的準部並稱“南迴北準”。大致範圍為天山以南，崑崙山以北，帕米爾高原以東的南疆地區。面積雖大，但是這裡有我國最大的沙漠，面積約33萬平方公里的塔克拉瑪干沙漠。

在準噶爾部勢大的時候，為了控制天山南路，大小和卓被準噶爾當作人質軟禁在伊犁。清朝平定準噶爾達瓦齊叛亂後，將大小和卓釋放，並護送大和卓返回葉爾羌（今新疆莎車），統領舊部。留在伊犁的小和卓野心比較大，阿睦爾撒納叛亂時，他也趁機起事，返回葉爾羌，於1757年自立為巴圖爾汗，公開反叛清朝。

1758年二月，乾隆皇帝任命兵部尚書雅爾哈善為靖逆將軍，統兵萬餘人，從吐魯番出發，進軍天山南路征討大小和卓。大軍一路長途跋涉、風餐露宿三個月後抵達庫車（今新疆阿克蘇庫車縣）。小和卓霍集佔率3000人馬，從葉爾羌（今新疆莎車）出發，經阿克蘇、沙雅爾（今新疆沙雅），前來救援庫車城。

雙方在庫車城南短兵相接，一番激戰後，霍集佔大敗，率殘部約800人，逃入庫車城。霍集佔見清軍勢強，偷偷帶著幾百人逃出庫車城。清軍圍城幾個月，最後得了座空城，雖然沒有打敗仗，但這在乾隆看來，據有優勢兵力卻不知進取、貽誤戰機，無疑和敗仗沒什麼區別。

主將雅爾哈善悲劇了，被革職拿問，乾隆詔令定邊將軍兆惠率兵南下平叛。前有雅爾哈善之鑑，兆惠自然不敢怠慢，僅率數百精兵輕裝從伊犁出發，迅速抵達阿克蘇。不等各路清軍匯合完畢，先率四千人馬兵臨葉爾羌城下。叛軍據城而守，此時已經進入十月了，天氣越來越冷，若不盡快行動，局勢必將對勞師遠征的清軍越來越不利。

兆惠決定率千餘騎兵誘敵出城，結果剛準備渡河的時候，被衝出城外的一萬五千叛軍包圍。幾番突圍均未能成功，兆惠只好下令就地挖掘壕溝，搭建營寨，固守待援。

清軍主將被圍困，對叛軍來說無疑是個大好消息。大和卓自然不甘落後，親率五千兵馬從喀什噶爾（今新疆喀什）趕到葉爾羌，加強了圍攻清軍的兵力。

兆惠的處境兇險萬分，好在也等來了從烏魯木齊趕來增援的定邊副將軍富德，以及所率5000兵馬。叛軍被成功突圍後的兆惠打敗，退回葉爾羌城中負隅頑抗。寒冬臘月，清軍連續作戰，過度疲累，不適合再戰，遂退回阿克蘇休整。

叛軍趁清軍撤退，佔據和闐（今新疆和田）。和闐地理位置十分重要，東接青海，西接布魯特，南接衛藏。我們知道藏區按方言劃分，可以分為衛藏、康巴、安多三個藏區。衛藏是以拉薩為中心向西輻射的高原大部。當年準噶爾名將策零敦多布奇襲西藏，就是從和闐南部翻越崑崙山，出其不意滅了控制青藏高原的和碩特部勢力。

如此重要的地方被叛軍所佔，對西藏也有很大威脅，清廷自然不會輕易放過。第二年六月，乾隆再次派清軍再次出征，兵分兩路討伐大小和卓。定邊將軍兆惠和定邊右副將軍富德各領一萬五千人馬，攻克和闐，而後直撲葉爾羌。

叛軍見清軍如此勢大，棄城而逃。清軍窮追不捨，三戰三捷，叛軍主力損失殆盡。大小和卓率殘部逃往巴達克山（在今阿富汗境內），被巴達克山汗素勒坦沙擒殺。

至此，大小和卓的叛亂被平定，新疆天山南北都重歸平靜，被完全控制在清朝統治之下。