無論是在水族箱內種植水草還是飼養熱帶魚，水質調節都是非常重要的，若想水草的熱帶魚生少得好就必須有一個好的水質，然而這個好的，優越的水質不是隨便輕輕鬆鬆就有的，它必須根據當地的水質條件進行調節才能獲得。 中國北方水的硬度偏高，這對一般的水草和喜歡軟水的熱帶魚是不利的，降低水硬度的方法有兩種，一咱是使用離子交換樹脂，另一種方法是使用軟水劑。軟水劑的原理是將溶解於水中的鈣、鎂離子轉化成不溶於水的沉澱物，並由過濾器加以濾除，軟化水並不是越軟越好，而是達到水草和熱帶魚所需的程度即可，過軟的水會導致水草的缺素症。
大多數的水草和某些熱帶魚喜歡微酸性的水，而自來水是中性至微鹼性的，使用PH調低劑可以降低水的PH，優質的PH調低劑緩衝性能好，也就是說，當水族箱的水調整好所需的應該注意，調整PH時切不可一次到位，要循序漸進，每天或每隔一天調整一次，每次調整的範圍在PH零點一以內，大幅度的PH變化會給水草和熱帶魚帶來傷害。
中國北方水的硬度偏高且呈微鹼性，在新設立的水族箱加滿新水後，水往往會呈灰白色，看上去霧一樣式，叫白濁。這是由於水中存在的懸浮微粒，它們都帶有負電荷，表現出互相排斥，不能聚集在一起形成的大的顆粒而沉澱。遇到這種情況，可以使用水質澄清劑，水質澄清劑分為混凝劑和絮凝劑兩種作用機理，混凝劑是一種帶有正電荷的物質，它可以中和微粒表面的負電荷並使之相互凝集而沉入缸底，使用混凝劑後，我們可以在缸底盾到有一層白色的顆粒，另一種為絮凝劑，它在兩個或多個微粒間起橋樑作用，將這些懸浮於水中的微粒連在一起形成絮狀物，這兩種作用機理並不是截然分開的，有的藥劑既有混凝作用又有絮凝作用。
在水中缺乏二氧化碳的情況下，某些皇冠草類，金魚草類及蜈蚣草的草呆上會出現一層白霜——鈣垢。這是因為二氧化碳是水草進行光合作用時的碳源，在二氧化碳極度缺乏的情況下，一些生命力強的水草便會重碳酸鹽中直接吸收二氧化碳，這時重碳酸鈣便分解成碳酸鈣而沉積在水草葉面上。
解決的方法是向水族箱中充入二氧化碳氣體，這時沉積在葉面上的碳酸鈣又會形成重碳酸鈣，從而鈣垢自行消失。水草葉面上形成一層鈣垢，不僅僅是有礙觀看，一些適應能力差的水草，長期在二氧化碳缺乏或是極度缺乏的情況下會變黃，枯萎，死去。
水族箱在運用了一段時間以後，由於殘餌、糞便的分解作用，底砂會逐漸變黑，淘洗耳恭聽底砂是一項又髒又累的體力活兒，而且也破壞了原來的造景，添加光合細菌可以在幾天之內使底砂潔淨如初，並且還會使水質更加晶瑩剔透。
水族箱中孳生藻類是一件非常頭痛的事情，藻類依據形態可分為浮游藻類和著生藻類兩種。浮游遊藻類的個體非常的小必須藉助顯微鏡才能看清它的面目，孳生在水族箱中的浮游藻類主要有藍藻和綠藻，它可以使水變綠變混而且還有味道，是腥臭味，孳生的原因是因為水族箱中放養成的魚類過多，過量的殘餌糞造成了水體的富營養化，防治的方法是控制養殖魚類的數量和投餌量。
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