發生發票丟失情形時，應當於發現丟失當日書面報告稅務機關，並登報聲明作廢。
一、發票丟失後的準備工作
及時準備下列資料，並以書面的方式向主管稅務機關報告。
（一）丟失（被盜）發票原因書面材料，至少包括詳細說明丟失（被盜）發票的種類、數量、代碼、起止號碼、已使用份數、未使用份數及蓋章情況。並由法定代表人簽字，加蓋單位公章、代碼章。
（二）如果屬於被盜、被搶的，要由公安機關出具的報案證明。
（三）在符合要求的公開發行的報刊辦理登報掛失聲明。
二、發票丟失不同情形的稅務處理
（一）丟失空白增值稅專用發票
必須按規定程序向當地主管稅務機關報告。
納稅人應將丟失專用發票的納稅人名稱、發票份數、字軌號碼等情況，向主管稅務機關指定的報刊等媒介刊登公告聲明作廢（通常情況下，增值稅專用發票丟失被盜的，應當在《中國稅務報》登報聲明作廢），填報《發票丟失被盜登記表》，持IC卡、稅控盤等稅控設備、相關報紙、登報發票等資料到國稅主管機關辦理電子發票退回或作廢手續，並接受稅務機關按照管理辦法規定所作出的處罰。
（二）丟失空白普通發票
按規定程序以書面形式向當地主管稅務機關報告
並在轄區內的地級市報刊上刊登“丟失聲明”（如《深圳特區報》等），填報《發票丟失被盜登記表》，持IC卡、稅控盤等稅控設備、相關報紙、登報發票到國稅主管機關辦理電子發票退回或作廢手續，並接受稅務機關按照管理辦法規定所作出的處罰。
（三）丟失已開具的增值稅專用發票的處理
企業將已經填開的增值稅專用發票丟失，根據丟失發票的聯次和丟失時是否認證等情況，具體處理可以細分為下面幾種。
1、同時丟失已開具專用發票的發票聯和抵扣聯
1.1一般納稅人同時丟失已開具專用發票的發票聯和抵扣聯，如果丟失前未認證的，購買方憑銷售方提供的相應“專用發票記賬聯”複印件到主管稅務機關進行認證，認證相符的憑該“專用發票記賬聯”複印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關審核同意後，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。
1.2一般納稅人丟失已開具專用發票的發票聯和抵扣聯，如果丟失前已認證相符的，購買方憑銷售方提供的相應“專用發票記賬聯”複印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關審核同意後，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。
2、丟失已開具專用發票的發票聯
一般納稅人丟失已開具專用發票的發票聯，可將專用發票抵扣聯作為記賬憑證，專用發票抵扣聯複印件留存備查。
3、丟失已開具專用發票的抵扣聯
3.1一般納稅人丟失已開具專用發票的抵扣聯，如果丟失前未認證的，可使用“專用發票發票聯”到主管稅務機關認證，專用發票發票聯複印件留存備查。
3.2一般納稅人丟失已開具專用發票的抵扣聯，如果丟失前已認證相符的，可使用專用發票發票聯複印件留存備查。
4、納稅人丟失已開具專用發票記賬聯
如果發票開出後尚未寄出，開票單位可以將發票聯複印，作為記賬憑證；若已寄出，可使用專用發票發票聯複印件，與從金稅卡或稅控盤中重新打印一次的記賬聯，作為記賬憑證。
5、丟失專用發票全部聯次
納稅人在認證前丟失增值稅專用發票全部聯次，按丟失空白專用發票處理。
（四）納稅人丟失已開具的普通發票處理
普通發票丟失，關係到取得發票一方是否能稅前扣除的關鍵涉稅事項，必須依法處理。
1、納稅人丟失已開具的普通發票的發票聯
應於發票丟失當日或次日（節假日順延）書面報告主管稅務機關，並向主管稅務機關指定的報刊等媒介刊登公告聲明作廢。納稅人丟失發票辦理丟失聲明的，必須在具有全國報刊號的報紙上刊登。
2、開具發票一方丟失已填開的發票聯
應重新開具發票交對方入賬。重新開具發票時，應在備註欄填寫丟失發票的客戶名稱、發票種類代碼和號碼、金額，開票單位。開具發票方記賬時附上丟失發票的其他聯次作為合法入賬憑證。
3、取得發票一方丟失已填開的發票聯
應取得原簽發單位蓋有公章的證明，並註明原來發票號碼、金額和內容等，由經辦單位負責人批准後，才能代作原始憑證。
注意：發票複印件經提供原件的單位註明“此件是我單位提供，與原件相符”，加蓋公章後，方可作為原始憑證。
4、納稅人將在稅務局代開發票的發票聯或記賬聯丟失
可向開具發票的稅務機關申請出具開具發票證明，說明取得發票單位名稱、購貨或服務的單位數量、單價、規格、大小寫金額、發票字軌、發票編碼、發票號碼等的書面證明，或要求開具發票的稅務機關提供所丟失發票的存根聯複印件，經主管稅務機關審核後，可作為合法憑證入賬。
5、納稅人丟失存根聯或記賬聯的
應取得發票聯複印件，發票複印件經提供原件的單位註明“此件是我單位提供，與原件相符”，加蓋公章後，方可作為原始憑證。
6、納稅人丟失普通發票全部聯次的
按丟失空白普通發票處理。
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