1644年，明朝滅亡，清朝建立了全國統治。 清初，西藏地區處於蒙古和碩特部的軍事控制之下，在蒙古軍隊的支持下，15世紀開始創建的格魯派(黃教)，此時已在西藏各教派中取得了絕對優勢。清朝政府從當時的西藏實際出發，一方面敕封和碩特蒙古領袖固始汗為“遵行文義慧敏固始汗”，讓他以汗王身份代表清朝中央管理西藏地方；另一方面則給予黃教領袖以崇高的榮譽，先後敕封阿旺洛桑嘉措(即五世達賴)為“西天大善自在佛所領天下釋教普通瓦赤喇怛喇達賴喇嘛”，敕封羅桑益西(即五世班禪)為“班禪額爾德尼”從此確定了“達賴”、“班禪”兩系傳承的名號和他們的宗教領袖地位。 蒙藏上層統治集團之間的紛爭，引起清朝中央對西藏地方的密切關注。
1709年，清廷認為“西藏事務不便令拉藏汗獨理”，遣待郎赫壽赴藏“協同拉藏辦理事務”，這是清朝直接管理西藏事務的開端。
藏傳佛教，俗稱喇嘛教，其中宗喀巴創立的格魯派亦稱黃教，在蒙藏地區有著廣泛的影響。有清一代，滿族貴族為了加強和鞏固對蒙藏地區的統治，採取利用黃教的政策，尊崇其領袖人物達賴喇嘛、班禪額爾德尼、哲布尊丹巴、章嘉四大活佛，使他們分掌西藏、蒙古等地區黃教事務。這是清代政治、宗教生活中的重要特徵。
冊封達賴、班禪 是清朝鞏固對西藏統治的重要手段。
四大活佛
一、達賴喇嘛
清代的達賴喇嘛，從五世到十三世，共有九位，即五世羅桑嘉措（1617-1682），六世倉央嘉措（1683-1706），七世格桑嘉措（1708-1757），八世強白嘉措（1758-1804），九世隆朵嘉措（1805-1815），十世楚臣嘉措（1816-1837），十一世克珠嘉措（1838-1855），十二世成烈嘉措（1856-1875），十三世土登嘉措（1876-1930）。
清政權還在關外時，因外藩蒙古惟喇嘛之言是聽，皇太極為了解決漠北蒙古歸附問題，便派使者到西藏，往召五世達賴喇嘛。清朝定都北京後，順治帝為了穩定蒙古地區的形勢，又多次派人往召五世達賴喇嘛。順治九年十二月十六日（1653.1.15），五世達賴喇嘛到達北京，順治帝在南苑親自迎接。順治十年四月，五世達賴喇嘛離京返藏，途經代噶（今內蒙古自治區涼城縣）時，清政府派禮部和理藩院官員前往齎送金冊金印，冊印上用漢、滿、蒙、藏四種文字刻寫著清政府對五世達賴喇嘛的封號：“西天大善自在佛所領天下釋教普通瓦赤喇怛喇達賴喇嘛”。此後，歷輩達賴喇嘛轉世，都要經過清政府冊封，並延續上述封號。
康熙年間，一度出現了“真假達賴喇嘛”之爭，產生了三位六世達賴喇嘛，這和當時西藏動盪的局勢有關。原來，康熙二十一年（1682）五世達賴喇嘛圓寂後，他生前委任的第巴桑結嘉措秘不發喪，並私立倉央嘉措為六世達賴喇嘛。統治西藏的和碩特蒙古貴族首領拉藏汗不予承認。康熙帝后來也稱倉央嘉措為“假達賴喇嘛”。康熙四十五年（1706），倉央嘉措在解京途中，病死於青海。拉藏汗襲殺第巴桑結嘉措後，在康熙四十六年立意希嘉措為六世達賴喇嘛，得到了康熙帝的認可，卻遭到黃教上層僧侶和青海蒙古首領的反對。康熙四十九年，他們以格桑嘉措為倉央嘉措的轉世靈童。此後，康熙帝冊封噶桑嘉措為“弘法覺眾”第六世達賴喇嘛，而意希嘉措則被送往內地。噶桑嘉措圓寂後，乾隆四十六年（1781），乾隆帝封他的後世強白嘉措為第八世達賴喇嘛。這就意味著，清政府承認了倉央嘉措為第六世達賴喇嘛，噶桑嘉措是第七世達賴喇嘛。
十三世達賴喇嘛曾經受到清政府的冊封和貶黜。光緒五年三月二十一日（1879.4.12），清政府准許十三世達賴喇嘛用前輩金印，延續“西天大善自在佛所領天下釋教普通瓦赤喇怛喇達賴喇嘛”封號。光緒三十年七月十一日（1904.8.21）暫行革去名號，後又恢復。光緒三十四年十月初十日（1908.11.3），清政府加封十三世達賴喇嘛為“誠順贊化西天大善自在佛”。宣統二年正月十六日（1910.2.25）詔奪名號，黜為齊民。十三世達賴喇嘛的受封和遭貶，反映了帝國主義勢力侵入西藏後，西藏地方和清朝中央政府的複雜關係，以及清政府對西藏的政策。
二、班禪額爾德尼
清代的班禪額爾德尼，從四世到九世，共有六位：四世羅桑確吉堅贊（1570-1662），五世羅桑益西（1663-1737），六世班丹益西（1738-1780），七世羅桑丹貝尼瑪（1782-1853），八世丹白旺秋（1855-1882），九世羅桑確吉尼瑪（1883-1937）。
五世達賴喇嘛及其所立的第巴桑結嘉措，反對清政府平定吳三桂等叛亂活動，這使康熙帝認識到，必須對黃教採取“眾建以分其勢”的政策，以限制達賴喇嘛的權勢。於是，康熙三十四年（1695），康熙帝遣使冊立五世班禪為班禪胡圖克圖。康熙五十二年正月三十日（1713.2.24），又如達賴喇嘛例，頒滿、漢、藏三體文字金冊金印，冊封五世班禪為“班禪額爾德尼”，註明札什倫布寺等地方，屬班禪額爾德尼管轄。從此，歷輩班禪轉世，都要經過清政府冊封，並且延襲“班禪額爾德尼”封號。
六世班禪生活在乾隆時代。他維護清朝統一，曾對到西藏的英國人說：西藏屬中國領土，一切要聽從中國大皇帝的命令辦事。乾隆三十年（1765），清政府賜六世班禪金冊金印。四十五年，又另賜滿、蒙、漢、藏四體字玉冊玉印。乾隆四十五年是乾隆帝的七十壽辰，為了鞏固對蒙藏地區的統治，乾隆帝邀請六世班禪在這一年前來內地，並在承德興建了“須彌福壽之廟”作為他的居住之所。六世班禪很快就做好了準備。乾隆四十五年七月二十一日（1780.8.20），六世班禪抵達承德。在避暑山莊，乾隆帝用藏語和六世班禪交談；還親自去須彌福壽之廟看望六世班禪。八月二十四日，六世班禪一行離開承德，九月初二日到達北京，住在五世達賴喇嘛住過的黃寺。乾隆帝回到北京後，又親自去黃寺看望班禪。不料，因患天花，六世班禪在十一月初二日（11.27）下午在黃寺圓寂，靈塔於乾隆四十六年八月二十一日（1781.10.8）供奉在西藏札什倫布寺。
三、哲布尊丹巴
清代的哲布尊丹巴，從一世到八世，共有八位，即一世羅布藏旺布札勒三（1635-1723），二世羅布藏丹必棟密（1724-1757），三世伊什丹巴尼瑪（1758-1773），四世羅布藏圖巴坦旺舒克（1775-1813），五世羅布藏楚勒都本齊克墨特（1815-1842），六世羅布藏巴勒墊丹拜佳木粲（1842-1848），七世阿旺吹濟旺渠車拉嘉木磋德（1850-1868），八世阿旺羅布藏吹嘰呢瑪丹增旺楚克（1870-1924）。
康熙二十七年（1688）春，漠西蒙古準噶爾部噶爾丹率眾進犯漠北蒙古。七月，一世哲布尊丹巴遣使向康熙帝告急，仰祈速賜救援。九月，戰敗的漠北蒙古各部在一世哲布尊丹巴率領下，紛紛南遷，投靠清政府。康熙三十年，通過多倫會盟，清政府鞏固了對漠北蒙古的統治。康熙三十二年，清政府封一世哲布尊丹巴為“大喇嘛”。這以後，清政府在加強對漠北蒙古和漠西蒙古的統治中，一世哲布尊丹巴都起了重要作用。康熙五十七年（1718），清政府正式冊封一世哲布尊丹巴為漠北蒙古地區黃教教主。康熙六十一年，康熙帝病死，一世哲布尊丹巴以90歲高齡，從庫倫前來北京弔喪。雍正元年正月十四日（1723.2.18），一世哲布尊丹巴因病在北京圓寂。兩天後，清政府以金冊印封一世哲布尊丹巴為“啟法哲布尊丹巴喇嘛”。此後，歷輩哲布尊丹巴轉世，都要經過清政府冊封，並延襲了這一封號。
四、章嘉活佛
清代的章嘉活佛，從二世到七世，共有六位，即二世阿旺洛桑卻丹（1642-1715），三世若必多吉（1716-1786），四世業希丹畢堅贊（1787-1846），五世業希丹畢呢瑪（1849-1875），六世業希丹畢嘉索（1878-1888），
七世歷迎葉錫道爾濟（1891-1958）。
康熙三十二年，康熙帝授二世章嘉札薩克達喇嘛之職，掌管京師地區黃教事務。康熙三十六年，二世章嘉奉命出使西藏，主持六世達賴喇嘛坐床事宜，穩定了西藏和蒙古地區的形勢。康熙四十四年（1705），清政府賞二世章嘉胡圖克圖名號，並以金印敕書封為“灌頂普善廣慈大國師”，駐多倫諾爾，掌管漠南蒙古地區黃教事務。此後，歷輩章嘉轉世，都要經過清政府冊封，並延襲上述封號。
雍正十二年至十三年間，三世章嘉曾奉命前往泰寧，迎送七世達賴喇嘛返藏。這對清朝加強對西藏和蒙古地區的統治有重要意義。乾隆二十一年（1756），清政府在平定阿睦爾撒納叛亂過程中，漠北蒙古發生了青袞雜卜撤驛之變，二世哲布尊丹巴亦有所動搖。在關鍵時刻，三世章嘉致信二世哲布尊丹巴，對撤驛之變的迅速平息起了重要作用。
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