政治日益腐敗
由於歷史條件和階級條件的侷限，大順領導集團進人北京城以後，有的滋長了嚴重的驕傲自滿情緒，有的開始腐化變質，政治上日益腐敗。李自成身居金壁輝煌的深宮高殿，對軍國大事缺乏全盤考慮，沒有采取鞏固勝利的果斷措施，甚至連“均田免糧”的重要政策也置之一旁，而整天忙於慶祝勝利，改定官制，籌備登極的事宜，被封建主義思想和地主階級生活方式腐蝕。這時明朝降官乘機投其所好，阿諛奉迎，深得大順政權的寵信，如李自成起用明降官梁兆陽為大順國兵政府侍郎，楊觀光為禮政府侍郎。
生活蛻化變質
李自成等農民將領在推翻明朝的鬥爭中，尚能保持農民階級的樸素勤儉作風，得到人民的愛戴和擁護。但隨著時間的推移，李自成身居宮中，與世隔絕，經常召聚牛金星、劉宗敏、宋企郊、李過等將領，酣飲宮中不出，大順領導者忘記了取天下之不易、守天下更難的道理。李自成對勞苦功高的劉宗敏、田見秀、李過.、劉芳亮、谷英、張鼎、袁宗弟七侯大加賞賜。
劉宗敏聽說吳三桂愛妾陳沅是江南名妓，故“系襄索沉”，“拷掠酷甚”。牛金星儼然以太平宰相自居，招攬降官作門生，隨意出人宮廷，趾高氣揚，出門“大轎門棍，酒金扇上貼內閣字，玉帶藍袍園領，往來拜客，遍請同鄉”。三番五次勸說李自成早日登極。認為天下太平，大功告成，飲酒作樂，歌舞不休。
軍紀松馳敗壞
大順國的廣大農民軍，基本上是農村小生產者，飽嘗了明朝的殘酷剝削和壓迫，為了生存下去，跟隨李自成東拼西殺，付出了鮮血與生命，建立了不朽的功績。初人城以後，農民軍逐漸地雄長了貪圖安逸、追求享樂思想，革命意志衰退，思鄉厭戰，軍紀鬆弛，戰鬥力削弱，一些人貪汙腐化中飽私囊，甚至任意搶掠作惡。
大順軍的驕奢淫逸，使人民群眾產生反感和怨恨，逐漸失去了民心。農民軍在山海關一失利戰後，“心膽消喪，大隊入城，全無紀律，人馬盡憊矣”。由於清軍跟蹤追擊，遂於4月30日、焚燬宮殿與九門城樓，載輜車，離京西走，屢戰屢敗。
內部自相殘殺，李自成聽信讒言，錯殺功臣
農民軍內部不團結，互相殘殺，是李自成失敗的又一重要因素。崇禎九年（1636）,盩至（陝西周至）之戰，高迎祥中了埋伏，不幸被俘犧牲，全國農民軍十三家降死殆盡，惟剩下李自成與張獻忠兩支農民軍。但二人意見不合，不能一致對敵，反而經常發生磨擦，削弱農民軍力量，給予敵人各個擊破的機會。
農民軍第一次東征，粉碎了明軍的反動圍剿，攻克中都鳳陽，因李自成與張獻忠意見不合，在鳳陽“合歡大飲”三日，便分道揚鑣了。崇禎十四年（1641），明總兵左良玉在信陽大敗張獻忠，張“僅隨數百人，奔河雒，欲附李自成。自成有眾五十萬，方自雄長，欲屈獻忠，獻忠不為下，自成怒，謀殺之”。
崇禎十六年（1643），農民軍節節勝利，李自成號稱“奉天倡義文武大元帥”；羅汝才號稱“代天撫民德威大將軍”，李自成善攻，羅汝才善戰，二人緊密合作，如同左右手，形成一股強大的力量。
但不久，二人卻發生了矛盾，一是因為二人在生活作風上差距較大，“自成不好酒色，脫粟粗糲，與其下共甘苦。汝才妻妾數十，被服執綺，帳下女樂數部，厚自奉養，自成嘗嗤鄙之”。二是因為在兩人戰略決策上意見不一。
李自成最終竟輕易殺害了患難與共十二年的農民首領羅汝才和革裡眼（賀一龍）。崇禎十七年（1644），李自成又錯殺了李巖。李巖無論在起義過程中以及在農民軍進駐北京以後，均給李自成提過許多寶貴建議，使農民軍取得了很大的勝利。
總之，李自成進城後，居攻自傲，偏聽牛金星讒言，錯殺了功臣李巖與李牟，犯下了歷史性的錯誤，給農民政權帶來了嚴重損失。從此，“文武不和，軍士解體”。李自成“遂不能復戰而席捲歸秦矣”。農民軍內部產生了裂痕，使革命形勢急轉直下，李自成屢戰失利，終於犧性於湖北通縣九宮山。
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