土元雌、雄異體，雌性生殖系統位於消化道的背面、側面和腹面，包括一對由中胚層起源的卵巢和與之相連的側輸卵管，後者通入由體壁內陷而成的中輸卵管，最後以陰道開口於第7腹節板後緣腹產卵瓣基部。在陰道兩側各有一不規則的葉狀生殖副腺
(1)卵巢每側都含8條卵巢管，卵巢管為典型的無滋式，基部粗，端部細，端部為一端絲，並集合為一懸帶，藉此將卵巢懸於體腔壁或背隔上，端絲下方連著
逐漸增大的卵室，卵室直接同卵巢萼相連，再由卵巢萼通向側輸卵管
(2)側輸卵管側輸卵管左右各一條，由消化道的背面延伸到兩側，最後達到消化道下方，匯合成一條中輸卵管
(3)中輸卵管中輸卵管位於消化道腹面，約相當於第7腹節處。黑冀地鱉的中輸卵管雖短，但仍較明顯，由中輸卵管通到陰道。中華真地鱉無中輸卵管，是由側輸卵管直接通向陰道
(4)陰道亦稱生殖腔，向外以生殖孔開口於腹部產卵瓣基部
(5)副性腺位於陰道兩側，左右各一，不規則葉狀，開口於陰道。當雌蟲產卵時，能分泌黏性物質，使卵黏結成卵莢
(6)產卵瓣屬外生殖器，由第8和第9腹節的附肢演變而來，分腹產卵瓣、內產卵瓣和背產卵瓣三對。因為在土內穴居生活，已大為退化，但保留其構造，隱於肛上板和下生殖板之間，以中華真地鱉的產卵瓣骨化較強。
土元雄性生殖器官在消化道背方左右各一個精巢，它由若干條小管組成，能夠產生精子。與精巢相連接的是輸精管，其末端膨大成貯精囊，是暫時貯存精子的地方。兩條輸精管與一條射精管相連，而射精管聯結陽莖，與生殖孔相通。此外，在射精管的上端與能分泌黏液的副性腺相連，黏液有保護精子的作用。
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