在民国期间，川军军纪之差，是闻名全国的，都是号称两杆枪，一手步枪，一手烟枪，战斗力很差。
清末新政期间，驻藏大臣张荫桓曾提出，从四川调一千五百名川军进入西藏，加强对西藏的控制，对冲英国在西藏的渗透。清廷一开始没有答应。后来张荫桓被调走，改由满人联豫担任驻藏大臣，也在西藏搞了一点改革，同时清廷同意调川军一千五百名入藏，统领为钟颖，以保卫国防。
川军还没入藏，十三世喇嘛正在从青海返藏途中，就听到了消息，就表示反对。但川军仍然在清廷支持下进藏。进藏后，川军因为纪律差，在当地造成的影响很不好，引起藏民反对。在新年后的传召法会上，川军与当地僧人发生冲突，拉萨谣言四起，说川军要进攻布达拉宫，十三世喇嘛逃往印度。
辛亥革命发生的时候，西藏川军并不知情，但袁世凯政府发表钟颖为西藏督军。一个月后，西藏川军才从英国人在江孜办的报纸说得到消息。川军内部的袍哥组织以革命的名义，包围了联豫的驻藏大臣府邸，推钟颖为驻藏川军统领。联豫不得已，只好偷偷召三大寺的僧兵协助以自卫，由此就造成了三大寺僧兵与西藏噶厦下属的藏军对抗川军的局面，最后将川军包围起来。
消息传到内地以后，当时的四川督军尹昌衡和云南省督军蔡锷联名致电中央，要求出兵西藏，救援川军，同时夺回西藏的控制权。袁世凯一开始的时候表示同意，川滇联军分别出兵，连战皆捷，藏军步步后退。但就在形势一片大好的时候，英国人介入了，出面进行干预，向袁世凯施压。袁世凯当时正在为称帝做准备，很希望得到英国支持，因此就同意停战。
同时，作为条件，在西藏被包围的川军最后也达成了一个解决方案，这就是，川军实际上向藏军缴械投降，然后经印度回到内地。此后，中央在西藏就再没有驻军了，一直到解放军进藏，才重新将西藏完全纳入控制范围。也是在此战之后，西藏地方政府才在所谓的英国调停下，与中央进行谈判，也就是西姆拉谈判，后来的西姆拉协议。中印之间的边境争议就是这次会议上的麦克马洪线留下的历史问题。
在川西，一直和西藏地方政府有管辖权纠纷。西藏自1913年之后就逐步脱离中央管辖，加上当时北洋政府忙着内斗，所以也顾不上西藏，西藏就一直这么放着。在清朝时期，中央政府逐步越过金沙江，把和西藏的界线向西推进，尤其是赵尔丰时期，加强了对川西地区的控制，为下一步建立西康省做准备。
但到了民国时期，川军忙着内斗，西藏反而在十三世喇嘛的领导下，搞了一些类似清末新政的改革，变法自强。所以，后来西藏和川军刘文辉部发生冲突，刘文辉部反而被西藏地方军队击败了。由此，西藏噶厦将边界线一直推进到了金沙江一线，川军也无如之何。到抗战期间，国民政府迁都重庆，对西藏也没有什么办法。
反观青海的马步芳，在西藏不服从中央命令，强行要求西藏与国民政府交往，必须通过外交处的情况下，出兵进入青海和西藏的边界地带，也就是格尔木一带，西藏地方政府立刻低头服软。其实马步芳当时就出动了一千人左右的骑兵，就达到了效果。再对照川军和西藏打交道的历史，就知道川军当时战斗力差到什么地步了。
此外，四方面军长征到川西北后，当时四方面军只有三四万人，田颂尧号称有八万人的军队，在围攻四方面军的时候，却被四方面军消灭了五万多。徐向前更是在回忆录里说，当地四川男人不怎么干活，还普遍吸毒，所以在当地扩红很不容易，反而是当地妇女参加红军更积极。因为当地妇女日常不仅要在家伺候男人，还要下地干活，受压迫比较深。也是因此，四方面军成立了红军历史上唯一一个妇女团。
因为川军纪律差，所以川军在抗战开始后开赴前线，各战区对川军都不信任，只是用川军当炮灰，来消耗日军。除了少数川军在部分战役中表现突出之外，甚至也出现过一些力战而死的将领，如王铭章等人，但大多数川军在抗战时的表现都很糟糕，尤其是因为纪律性差，容易溃散，更是在各战区都遭到吐槽。
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