在民國期間，川軍軍紀之差，是聞名全國的，都是號稱兩杆槍，一手步槍，一手煙槍，戰鬥力很差。
清末新政期間，駐藏大臣張蔭桓曾提出，從四川調一千五百名川軍進入西藏，加強對西藏的控制，對沖英國在西藏的滲透。清廷一開始沒有答應。後來張蔭桓被調走，改由滿人聯豫擔任駐藏大臣，也在西藏搞了一點改革，同時清廷同意調川軍一千五百名入藏，統領為鍾穎，以保衛國防。
川軍還沒入藏，十三世喇嘛正在從青海返藏途中，就聽到了消息，就表示反對。但川軍仍然在清廷支持下進藏。進藏後，川軍因為紀律差，在當地造成的影響很不好，引起藏民反對。在新年後的傳召法會上，川軍與當地僧人發生衝突，拉薩謠言四起，說川軍要進攻布達拉宮，十三世喇嘛逃往印度。
辛亥革命發生的時候，西藏川軍並不知情，但袁世凱政府發表鍾穎為西藏督軍。一個月後，西藏川軍才從英國人在江孜辦的報紙說得到消息。川軍內部的袍哥組織以革命的名義，包圍了聯豫的駐藏大臣府邸，推鍾穎為駐藏川軍統領。聯豫不得已，只好偷偷召三大寺的僧兵協助以自衛，由此就造成了三大寺僧兵與西藏噶廈下屬的藏軍對抗川軍的局面，最後將川軍包圍起來。
消息傳到內地以後，當時的四川督軍尹昌衡和雲南省督軍蔡鍔聯名致電中央，要求出兵西藏，救援川軍，同時奪回西藏的控制權。袁世凱一開始的時候表示同意，川滇聯軍分別出兵，連戰皆捷，藏軍步步後退。但就在形勢一片大好的時候，英國人介入了，出面進行干預，向袁世凱施壓。袁世凱當時正在為稱帝做準備，很希望得到英國支持，因此就同意停戰。
同時，作為條件，在西藏被包圍的川軍最後也達成了一個解決方案，這就是，川軍實際上向藏軍繳械投降，然後經印度回到內地。此後，中央在西藏就再沒有駐軍了，一直到解放軍進藏，才重新將西藏完全納入控制範圍。也是在此戰之後，西藏地方政府才在所謂的英國調停下，與中央進行談判，也就是西姆拉談判，後來的西姆拉協議。中印之間的邊境爭議就是這次會議上的麥克馬洪線留下的歷史問題。
在川西，一直和西藏地方政府有管轄權糾紛。西藏自1913年之後就逐步脫離中央管轄，加上當時北洋政府忙著內鬥，所以也顧不上西藏，西藏就一直這麼放著。在清朝時期，中央政府逐步越過金沙江，把和西藏的界線向西推進，尤其是趙爾豐時期，加強了對川西地區的控制，為下一步建立西康省做準備。
但到了民國時期，川軍忙著內鬥，西藏反而在十三世喇嘛的領導下，搞了一些類似清末新政的改革，變法自強。所以，後來西藏和川軍劉文輝部發生衝突，劉文輝部反而被西藏地方軍隊擊敗了。由此，西藏噶廈將邊界線一直推進到了金沙江一線，川軍也無如之何。到抗戰期間，國民政府遷都重慶，對西藏也沒有什麼辦法。
反觀青海的馬步芳，在西藏不服從中央命令，強行要求西藏與國民政府交往，必須通過外交處的情況下，出兵進入青海和西藏的邊界地帶，也就是格爾木一帶，西藏地方政府立刻低頭服軟。其實馬步芳當時就出動了一千人左右的騎兵，就達到了效果。再對照川軍和西藏打交道的歷史，就知道川軍當時戰鬥力差到什麼地步了。
此外，四方面軍長征到川西北後，當時四方面軍只有三四萬人，田頌堯號稱有八萬人的軍隊，在圍攻四方面軍的時候，卻被四方面軍消滅了五萬多。徐向前更是在回憶錄裡說，當地四川男人不怎麼幹活，還普遍吸毒，所以在當地擴紅很不容易，反而是當地婦女參加紅軍更積極。因為當地婦女日常不僅要在家伺候男人，還要下地幹活，受壓迫比較深。也是因此，四方面軍成立了紅軍歷史上唯一一個婦女團。
因為川軍紀律差，所以川軍在抗戰開始後開赴前線，各戰區對川軍都不信任，只是用川軍當炮灰，來消耗日軍。除了少數川軍在部分戰役中表現突出之外，甚至也出現過一些力戰而死的將領，如王銘章等人，但大多數川軍在抗戰時的表現都很糟糕，尤其是因為紀律性差，容易潰散，更是在各戰區都遭到吐槽。
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