京都大學（きょうとだいがく，Kyoto University）是日本的一所國立大學。它的前身是1869年5日本京都大學月建立的第三高等學校。1897年第三高等學校的法學部及工學部變成京都帝國大學，第三高等學校改設大學預科。同年理工科大學、1899年法科大學以及醫科大學、1906年文科大學建立。(當時帝國大學不設學院而是下設分科大學)大約20年後這些分科大學改稱學部(學院之意)。在第二次世界大戰後的學制改革中，第三高等學校剩餘的部分(大學預科)併入京都大學。本部所在地圍左京區吉田本町。京都大學現共有10個學部，各學部所屬系科及附屬設施有文學部，含文學、史學、哲學及人際學4系，共51個講座，並設有文學博物館、中亞研究所等；教育學部，含教育學、社會學、心理學3系共14個講座。
京都大學是繼東京大學之後成立的日本第二所國立大學。1892年，23位國會議員在向國會提出的一個議案中提出，日本僅有一所東京國立大學，缺乏競爭，對辦學和學生的培養都不利，建議在當時的西京-京都建一所大學，1897年議案被通過，大學得以誕生，當時定名為京都帝國大學。
初建時整個大學只有一個理工科分科大學，共有6個專業21個講座，學生不到 500人，木下廣次為首任校長。數年之後，又增設了法科、醫科、文科等3所分科大學，這時全校已有5個分科大學。4年後新的大學令頒佈，分科大學改名為學部。法學部原有的法律學和經濟學分家，同時上升為學部。經過數年的努力，農學部和一些研究機構相繼成立，學校規模有了很大的發展，學生人數成倍增加，京都第三高中併入後，以此為基礎成立了人文學部，後發展成為今天的教養學部。
戰後，按照新的教育法，全部實行新制，削去帝國大學中的“帝國”二字，清除軍國主義對京都大學的破壞和影響，包括實行男女共學，清理教師隊伍，廢除一些不合時宜的講座，增設教育學部、藥學部和一些研究所，研究生的教育得到了長足發展，對外開放門戶。這樣，京都大學就成了在日本僅次於東京大學的學科齊全、規模宏大的國立綜合大學。
從機構的設置和科學研究的組織上可以充分看出京都大學的特色。有不少研究所和中心是全國獨一無二的，先進的儀器設備和優良的研究環境為科學研究準備了得天獨厚的條件，研究人員如魚得水，因而無論在研究課題和研究成果上在日本均很有影響。
在基礎理論研究方面，京都大學更是走在日本各大學的前面，影響最大的是以湯川秀樹為首任所長髮展至今的基礎物理研究所，現已成為世界基礎物理理論研究的中心之一，研究領域包羅了天體物理、基本粒子、原子核、宇宙、統計物理、物性等諸多方面。
在化學反應理論研究方面，福井謙一的量子化學邊界軌道理論已應用於化學工程，1987年獲得了諾貝爾獎。數理分析研究溝通了自然科學和社會科學兩大領域。藉助數學模型的方法已愈來愈普及到對許多理論問題的研究，並實現計算機處理的程序化。病毒的研究、癌的發生和遺傳理論也有所進展。
在人文科學的研究方面，京都大學同樣十分重視具有自己的特色，在京大歷史上也出現了不少世界著名的優秀學者，有的還得到日本文化勳章。如日本哲學宗師西田幾多郎，法學的佐佐木恣。研究中國史的貝冢茂樹，研究中國文學的吉川幸次郎等。
京都大學與東京大學雖為日本東西兩方齊名的國立大學，但它們的傳統與辦學目標迥然不同。東京大學以培養治國人才為主；京都大學則以培養科學家見長。在科學研究方面，人才和成果都不少，因而被人們稱為“科學家的搖籃”。
特別引以自豪的是，在1949～1987年的38年中，日本獲諾貝爾獎的7名得主中京都大學就佔4名（又有人說是四個半）。獲日本文化勳章和日本科學院獎以及其他方面獎勵的更是數不勝數，這些成就的取得同它的優秀傳統是分不開的。
京都大學一向注重於學術上的高標準，從創校以來就有理重於文的傳統，在全校的學部、研究所、教學與科研中心中理科明顯佔優勢，因而形成了富有特色的“京都學派”。
人們曾這樣形容“京都學派”：“即使在常人看來芝麻一樣的小事，京都大學教授也會饒有興趣，只要合乎學術道理的，就會義無反顧地去做”。這個學派最早是京都大學文學部著名的哲學家西田幾多郎以及他的弟子田邊元、三木清等人倡導發起的，原意是指他們對日本哲學的研究有獨到的見解，後來日本學術界引伸為京都大學畢業出來的“不問實際，只管求知”的一群人。正是他們這種“興趣”和“執著”才使京都大學成了科學家的搖籃。
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