上世纪末和本世纪初，出于高校快速发展和体制改革的需要，中国大地上出现了一股高校合并和改名之风。由于专业学科性质和上海建设国际航运中心的需要，上海海运学院避免了被合并的命运，但更名是势在必行的事了！这主要有下列原因：
一是更名之风到处蔓延，海运学院不能免俗。在那段时期，不要说在上海与海运学院差不多性质和规模的学院都更名大学，如铁道学院改名铁道大学、机械学院改名华东工业大学、水产学院改名水产大学等等，就是同属交通部的四所老校，也都由学院升格为大学。在这种情况下，海运学院作为地处上海的百年老校，不更名就有落后时代或本身存有问题之嫌疑了。
二是更重要的是不及时更名就意味着办学层次低人一等。本来，无论在中国或是在外国，大学和学院没有本质区别，可能也就是专业面或办学规模有所不同。好的学院可能比一般大学还好。如北京著名的北京航空学院、北京钢铁学院等“八大”学院；上海的华东化工学院、华东纺织工学院等，再比如美国著名的麻省理工学院、加州工学院、英国的伦敦经济学院等。但在中国，在一窝风升格、更名的情况下，你如坚守，不仅得不到理解，学院师生员工有意见，而且，在中国当时的语境下和人们的潜意识中，学院就是比大学低一个档次。加之新建院校一般都冠名学院，如不及时更名，就会被社会误认为是新办高校，甚至是民办高校呢！
三是更名可以带来发展的契机。因为，当时教育部对学院更名大学，有一套评价指标，达到了才能更名。这就意味着，同意更名就等于学校上了一个新台阶。如条件暂不具备，正好可以以此为时机，向政府主管部门和社会争取资源，加速发展。在上海市和交通部的大力支持下，加上天时地利，学校的努力争取，上海海运学院终于于2004年5月，正式更名为上海海事大学。
上海海运学院（上海海事大学前身）
说起学校更名，还有两件往事值得一提，都是发生在上世纪八、九十年代中后期。一是把上海运学院改名为浦东大学。这是一部分思想活跃的老师的倡议。主要想法是呼应党中央浦东开发开放的重大决策，认为，上海的高校都集中在浦西，随着浦东开发开放，经济、文化和科技必将也有一个大的发展，因此，想仿照深圳建立深圳大学的做法，以上海海运学院为基础，设立浦东大学。一批中青年教师为此奔走呼号，四处游说，千方百计想促成此事。其中，当时外语系的左飙教授出力最勤。据说，此事已获得上海的高层领导的重视，但是，不知何故，最后无疾而终。我猜想，最大的原因可能是新区和特区的具体情况有别吧。另一件与更名相关的是，为了恢复曾经一度中断了上海高等航海教育，吴淞商船专科学校校友会，曾多次正式向交通部和上海市有关部门发函，要求将上海海运学院改名为吴淞商船大学，或者将学校的商船学院改称吴淞商船学院。不知何因，这个要求也未能实现。后来，新校落成后，吴淞商船专科学校，作为中国航海高等教育之源的纪念碑落成校园，学校的化学品运输多功能教学实验船命名“吴淞”号，也是对“吴淞”老校友的拳拳之心的补偿和慰藉吧！
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