纵观我国现阶段的每一所强校，基本都有过数次的合并历史，强强联合似乎成了大学做大做强的唯一捷径，许多好学校也因此在合并的过程中名存实亡，但还是有不少大学坚持自己的初衷，逃过了一次又一次的合并危机，比如南京医科大学。
在高校合并潮当中，许多省份的医科大学都纷纷被本省的985高校所合并，比如上海医科大学并入了复旦大学、湖南医科大学并入了中南大学、山东医科大学并入了山东大学等，也正由于医科大学的并入，这些985高校的综合实力才得以迅速增长！江苏省作为高等教育强省，985高校就有南京大学和东南大学两所，这两所高校的医学实力几年前都只能算作普普通通，那会两校都希望合并南京医科大学，来强化自身实力，奈何南京医科大学如今还是屹立在江苏省，下面就来看下几次差点被合并的情形。
第一次：1987年险被东南大学（南京工学院）合并
那会南京工学院作为四大工院之首，可谓是大学领域叱咤风云，国内声誉顶呱呱，有的领域清华北大都不敢与其争锋；随着实力日益增长和办学规模的扩大，总不能老叫“学院”吧，于是“东南大学”就提上了日程，南京工学院就计划着合并掉南京医学院（旧名），当时两校师生都非常乐意此举，而且那会两校学科也是互补，学校摊子也小，只要两校领导同意，省里基本也是秒批；奈何树大招风，最后卡在了教委那里了，好像是南京大学怕被东南大学抢风头，也有的说帝都那边要打压，于是就凉了。
第二次：2002年险被南京大学合并
南京大学引以为豪的历史则是没有合并过其他学校，其实不是南大不想合并，而是多次合并都以失败告终；要知道合并潮过后，浙大、北大、复旦等名校托医科大学的福，实力各个暴涨，都跑到了南京大学前面去了，于是省政府坐不住了，就极力推动南医嫁给南大，当时的南医全体师生也是对南大爱慕有加，赞成合并。
奈何那时的南大校长相当傲气，他的眼里只有东南大学才配得上被南大合并，其他学校还不够资格，南医、南农等都不是他的菜；可惜一步错步步错，中国高校看的不是小而美，而是综合实力，医学院每年自然基金拿到手软，贡献综合指标分分钟的事，现在的南大想靠自己实力发展医学院，实现弯道超车，太难了。
第三次：2011年险再次被南京大学合并
过了将近10年，南京大学终于认清了自己，合并东南已经无望，再加上各种社会排行榜带来的压力以及各种舆论的施压，南京大学又坐不住了，毕竟南大文科和理科都已经到了极致，医学还是短板，医学要快速发展还是只能合并南京医科大学，这次是南大主动找到南医，再辅以政府施压，南大觉得合并应该不难；奈何那时的师生已经觉悟了，坚决不做亡校奴，南大变强和他们没有半毛钱关系，而且南大合并还不能兑现保持原有教职工的级别，最后，南京医科大学效仿西南政法大学，闹啊闹，最后这事就黄了。
从南医的角度来看，坚决发展自己是对的，但从江苏省的教育格局来看，无论是东南大学还是南京大学，南医没有选择并入，这是有失偏颇的；毕竟单靠南医大或者南大医学院想要挺进全国前五，真的是很难！
南京医科大学的现状虽然学科齐全，规模大，但不是部属，也不是985/211，更不是双一流学科建设高校，院士、国重学科、国重实验室等重要办学指标和国内前十的医学高校或者医学院差距已经越来越大；试想当年浙江医科大学和南京医科大学平起平坐，如果浙医成就了浙大，自身也飞黄腾达，而南医还在独自奋战；显然，在国内高校要做强，小而精的道路或许很美好，但绝对不是最佳途径。
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