縱觀我國現階段的每一所強校，基本都有過數次的合併歷史，強強聯合似乎成了大學做大做強的唯一捷徑，許多好學校也因此在合併的過程中名存實亡，但還是有不少大學堅持自己的初衷，逃過了一次又一次的合併危機，比如南京醫科大學。
在高校合併潮當中，許多省份的醫科大學都紛紛被本省的985高校所合併，比如上海醫科大學併入了復旦大學、湖南醫科大學併入了中南大學、山東醫科大學併入了山東大學等，也正由於醫科大學的併入，這些985高校的綜合實力才得以迅速增長！江蘇省作為高等教育強省，985高校就有南京大學和東南大學兩所，這兩所高校的醫學實力幾年前都只能算作普普通通，那會兩校都希望合併南京醫科大學，來強化自身實力，奈何南京醫科大學如今還是屹立在江蘇省，下面就來看下幾次差點被合併的情形。
第一次：1987年險被東南大學（南京工學院）合併
那會南京工學院作為四大工院之首，可謂是大學領域叱吒風雲，國內聲譽頂呱呱，有的領域清華北大都不敢與其爭鋒；隨著實力日益增長和辦學規模的擴大，總不能老叫“學院”吧，於是“東南大學”就提上了日程，南京工學院就計劃著合併掉南京醫學院（舊名），當時兩校師生都非常樂意此舉，而且那會兩校學科也是互補，學校攤子也小，只要兩校領導同意，省裡基本也是秒批；奈何樹大招風，最後卡在了教委那裡了，好像是南京大學怕被東南大學搶風頭，也有的說帝都那邊要打壓，於是就涼了。
第二次：2002年險被南京大學合併
南京大學引以為豪的歷史則是沒有合併過其他學校，其實不是南大不想合併，而是多次合併都以失敗告終；要知道合併潮過後，浙大、北大、復旦等名校託醫科大學的福，實力各個暴漲，都跑到了南京大學前面去了，於是省政府坐不住了，就極力推動南醫嫁給南大，當時的南醫全體師生也是對南大愛慕有加，贊成合併。
奈何那時的南大校長相當傲氣，他的眼裡只有東南大學才配得上被南大合併，其他學校還不夠資格，南醫、南農等都不是他的菜；可惜一步錯步步錯，中國高校看的不是小而美，而是綜合實力，醫學院每年自然基金拿到手軟，貢獻綜合指標分分鐘的事，現在的南大想靠自己實力發展醫學院，實現彎道超車，太難了。
第三次：2011年險再次被南京大學合併
過了將近10年，南京大學終於認清了自己，合併東南已經無望，再加上各種社會排行榜帶來的壓力以及各種輿論的施壓，南京大學又坐不住了，畢竟南大文科和理科都已經到了極致，醫學還是短板，醫學要快速發展還是隻能合併南京醫科大學，這次是南大主動找到南醫，再輔以政府施壓，南大覺得合併應該不難；奈何那時的師生已經覺悟了，堅決不做亡校奴，南大變強和他們沒有半毛錢關係，而且南大合併還不能兌現保持原有教職工的級別，最後，南京醫科大學效仿西南政法大學，鬧啊鬧，最後這事就黃了。
從南醫的角度來看，堅決發展自己是對的，但從江蘇省的教育格局來看，無論是東南大學還是南京大學，南醫沒有選擇併入，這是有失偏頗的；畢竟單靠南醫大或者南大醫學院想要挺進全國前五，真的是很難！
南京醫科大學的現狀雖然學科齊全，規模大，但不是部屬，也不是985/211，更不是雙一流學科建設高校，院士、國重學科、國重實驗室等重要辦學指標和國內前十的醫學高校或者醫學院差距已經越來越大；試想當年浙江醫科大學和南京醫科大學平起平坐，如果浙醫成就了浙大，自身也飛黃騰達，而南醫還在獨自奮戰；顯然，在國內高校要做強，小而精的道路或許很美好，但絕對不是最佳途徑。
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