建議恢復八路軍政治委員制度
第二次國共合作開始後，為適應國民黨編制的要求，根據1937年5月黨的蘇區代表會議關於組織問題決定的精神，八路軍取消了政治委員制度。
在此期間，黃克誠被任命為八路軍總政治部的組織部長。他的直接領導是政治部主任任弼時、副主任鄧小平。自從取消了政治委員制度後，黃克誠卻一直關注著這個問題，敏銳的洞察力讓他始終感到一種不安和憂慮。
適逢平型關戰鬥結束後，任弼時找到黃克誠，說道：“你到一一五師去檢查政治工作情況。 ”黃克誠到達部隊後，進行了一次深入細緻的調查，隨著調查的逐步深入，一些問題逐漸浮了上來。部隊取消了政治委員制度，從旅到連，各級只有正副軍事領導人，多增一個副職。僅僅幾個月的時間，部隊的作風就發生了很大的變化，政治工作顯著削弱，軍閥習氣如同一場瘟疫在滋長蔓延，一些基層幹部甚至模仿起了國民黨軍官的作風，大講排場。原有的紅軍傳統，黨的核心作用被嚴重削弱了。如此下去，部隊難免要面臨改變性質的危險。
黃克誠洞察到了這種危害。隨即在與師首長的交談中，黃克誠說出了自己的想法，“我建議恢復我軍的政治委員制度，開展反軍閥鬥爭，保持我軍的光榮傳統。 ”與師部首長統一觀點後，黃克誠立即將意見彙報給任弼時。
任弼時鼓勵地望著黃克誠：“這樣吧，你把部隊檢查的情況和建議，立即起草一份報告，以便上報。”沒多久，黃克誠便將一份題為 《目前軍事建設中的部隊政治工作》的報告交到了任弼時手中。黃克誠在報告中認為：歷史教育我們，我黨要保持對軍隊的絕對領導，非依靠政治委員不可；特別是在今天民族敵人與其他方面危害分子嚴重威脅破壞根據地，與軍隊分散隔絕，上級領導不易集中等情況下，就更顯得尤為重要了。 “政治工作的建設是目前軍事建設的重要組成部分。離開了政治工作建設，則軍事建設是不完備的，甚至軍事建設本身將受到嚴重的損失。 ”
這份報告得到了任弼時的認可，隨即這份報告便以朱德、彭德懷、任弼時3個人的名義上報給黨中央。
毛澤東接到報告後，曾一連幾天，窯洞裡的燈光徹夜不熄，很顯然毛澤東也意識到了這個問題的緊迫性。
不久，中共中央軍委便宣佈恢復了八路軍的政治委員制度。從那時起到如今，中國共產黨所領導的軍隊儘管幾經易名，卻再未更改過部隊中軍政各有一個主官主持工作的制度。
在恢復政治委員制度的同時，又乘勢在全軍展開了整頓軍閥殘餘作風的運動，一批卓越的政治領導人，如聶榮臻、關嚮應、鄧小平等走上了領導崗位。黃克誠本人也被任命為第115師344旅政治委員。
建議開展反摩擦鬥爭
黃克誠繼1937年建議恢復八路軍的政治委員制度後，又於1940年初，向中央提出開展反摩擦鬥爭的建議。由於此建議提醒得及時、準確，使八路軍的鬥爭方略取得成功，鞏固了根據地。
1939年，正當我軍革命力量日益發展壯大之時，國民黨頑固派的反共活動也日益頻繁加劇起來，反共頑軍不斷地向抗日根據地軍民尋釁滋事，肆意妄為，製造反共摩擦事件，妄圖削弱我軍實力，進而徹底將我軍消滅。1939年底和1940年初，反共摩擦活動達到了高峰。國民黨背信棄義、肆無忌憚。在西北，胡宗南部向我陝甘寧邊區進犯，佔領我部縣城，並覬覦延安。在山西，閻錫山向抗日新軍和八路軍進攻，摧毀抗日民族政權。隨後，蔣介石又調集10萬軍隊向太行、太嶽、冀南、冀魯豫抗日根據地大舉進犯。其中以國民黨頑軍石友三、朱懷冰等反共最為突出，妄圖襲擊我八路軍總部。
面臨如此嚴峻緊張的形勢，黃克誠憂心忡忡，相機待變。此時，彭德懷從延安經西安、洛陽進入晉東南地區。他只帶了少數警衛和電臺，走山路過來，快到平順時，黃克誠連忙趕去迎接。一見面，別的什麼也沒顧上談，就直接向他彙報了國民黨軍隊向我部摩擦的情況。一路上兩個人邊走邊談，邊分析局勢，邊談應敵策略。一到旅部，彭德懷的作戰方案已經成竹在胸，立即下令調動部隊準備打朱懷冰。彭德懷打仗歷來都是堅決果斷。但這次是要打與紅軍有統戰關係的國民黨軍隊，又難免是一個大仗。黃克誠思前想後對彭德懷說道：“老總，這麼大的事情，你不先請示延安就動手，怎麼行啊？”“來不及了！”彭德懷果斷地說道。於是，他一面派人發電報調動部隊，一面同時報告延安。
在彭德懷和129師首長的指揮下，反摩擦戰役很快就打起來了。首先將石友三部打垮，緊接著將朱懷冰、鹿鍾麟、張蔭梧等部打垮。至此，徹底打退了國民黨掀起的第一次反共高潮，鞏固了太行革命根據地。值得一提的是，鹿鍾麟在林縣被黃克誠部第344旅活捉，黃克誠得知後隨即將他放走，從而確保了統戰政策的連續性。
建議進軍華中開闢蘇北根據地
黃克誠在抗戰中的第三次進言更是具有歷史意義。那是一條良策，使八路軍跨越隴海路，打通了八路軍和新四軍的聯繫，僅此一舉，就使華中我黨的抗日根據地連成一片，極大地推動了抗日救國戰爭的進程。
1940年4月，黃克誠奉命離開太行山赴冀魯豫，率領第344旅和縱隊直屬隊越過平漢路，到冀魯豫與新二、新三旅會合。到達冀魯豫和楊得志會合後，奉命組建了冀魯豫軍區和軍政委員會，黃克誠兼任軍區司令員及軍政委員會書記。
這段時間，第二縱隊已發展到兩萬餘人。黃克誠考慮到冀魯豫集中這麼多部隊，不利於大部隊的活動和發展，迴旋餘地也不大，遂根據中央提出的“鞏固華北，發展華中”的戰略部署精神，向中央和總部建議將第二縱隊分成兩部分，由黃克誠和楊得志各帶領一部分，一面堅持冀魯豫鬥爭，一面越過隴海路，向華中發展。
黃克誠的建議，得到了中央軍委的高度重視，於4月17日電示黃克誠：新二旅及第344旅共1.2萬多人，由太行山出發，在冀魯豫邊界，設法消滅石友三部後，準備隨時調往隴海路南，配合彭雪楓部行動。
5月，黃克誠率部殲滅進犯冀魯豫根據地的叛逆頑軍石友三部主力後，即奉命率八路軍第二縱隊主力一部1.2萬餘人挺進華中。 6月20日，南下的先頭部隊到達豫皖蘇邊區新興集，與彭雪楓率領的新四軍6支隊會合。 6月27日，中央軍委電示與彭雪楓部合編為八路軍第四縱隊。彭雪楓任司令員，黃克誠任政委。
隨後根據中央的戰略意圖，黃克誠將第344旅（欠687團）留在彭雪楓部，自己則率領新二旅的第五、六團和第344旅的第687團及部分兵力，離開豫皖蘇，越過津浦鐵路，向皖東北挺進。開闢、建設了蘇北敵後抗日根據地，創建了擁有4萬多平方公里的土地和800多萬人口的蘇北解放區，他所率的新四軍3師也由開始組建時的2萬餘人發展到7萬餘人。
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