企業代扣代繳員工個人所得稅時，可以從稅務機關取得個人所得稅總額2%的手續費返還，企業如果不知道就虧大了，當然當中又涉及到財務人員該如何賬務處理與稅務處理。
一、什麼是“三代”手續費
《關於進一步加強代扣代收代徵稅款手續費管理的通知》（財行【2005】365號）規定，可申請手續費返還的範圍包括：代扣代繳、代收代繳和委託代徵的手續費。
“三代”手續費具體範圍如下：
代扣代繳：是指稅收法律、行政法規已經明確規定負有扣繳義務的單位和個人在支付款項時，代稅務機關從支付給負有納稅義務的單位和個人的收入中扣留並向稅務機關解繳的行為。
代收代繳：是指稅收法律、行政法規已經明確規定負有扣繳義務的單位和個人在收取款項時，代稅務機關向負有納稅義務的單位和個人收取並向稅務機關繳納的行為。
委託代徵：是指稅務機關根據《中華人民共和國稅收徵收管理法實施細則》有利於稅收控管和方便納稅的要求，按照雙方自願、簡便徵收、強化管理、依法委託的原則和國家有關規定，委託有關單位和人員代徵零星分散和異地繳納的稅收的行為。
《辦法》規定，所稱稅務機關，是指縣以上（含本級）稅務局。所稱代徵人，是指依法接受稅務機關委託、行使代徵稅款權利並承擔《委託代徵協議書》規定義務的單位或人員。
在企業所得稅、增值稅等納稅範圍中，只要企業屬於法定的扣繳義務人，履行了代扣代繳、代收代繳稅款義務之後，都可以按照規定申請手續費返還。其中代扣代繳個人所得稅的手續費，幾乎是每家企業都會涉及，都可以申請的。
二、手續費返還申請的特殊情況
1、《國家稅務總局關於印發的通知》（國稅發【1995】65號）的規定，第四條 扣繳義務人向個人支付下列所得，應代扣代繳個人所得稅：
（一）工資、薪金所得；（二）對企事業單位的承包經營、承租經營所得；（三）勞務報酬所得；（四）稿酬所得；（五）特許權使用費所得；（六）利息、股息、紅利所得；（七）財產租賃所得；（八）財產轉讓所得；（九）偶然所得；（十）經國務院財政部門確定徵稅的其他所得。
因此，個人合夥企業個人投資者按照 “個體工商戶生產、經營所得”繳納的個人所得稅不屬於代扣代繳的範疇，不得申請手續費返還。
2、根據國家稅務總局《個人所得稅代扣代繳暫行辦法》（國稅發【1995】065號）的規定，由稅務機關查出，扣繳義務人補釦的個人所得稅稅款，不向扣繳義務人支付手續費。
3、代扣代繳的城市建設維護稅屬於“稅”，在申請範圍之內；而教育費附加不屬於“稅”，屬於“費”，不在申請範圍之內。
三、“三代”手續費的涉稅事項
1、企業所取得的手續費返還是否需要繳納增值稅。根據國家稅務總局口徑，國家稅務總局12366納稅服務平臺2017年01月17日答疑：
問：企業代扣代繳個人所得稅取得的2%手續費返還是否繳納增值稅？
回覆：按照目前營改增政策相關規定，納稅人代扣代繳個人所得稅取得的手續費收入應屬於增值稅徵稅範圍，應繳納增值稅。
由此，三代手續費均是按照代理經紀服務徵收增值稅，小規模企業3%，一般納稅人6%。
但各省份口徑不同，比如深圳、內蒙古、福建、廈門、大連、安徽、遼寧國稅出的指導文件，就規定“代扣代繳個稅的手續費返還應按照“商務輔助服務-經紀代理服務”繳增值稅”；而湖南、湖北國稅明確，個稅手續費返還，不繳增值稅。因此在實際操作上，參考各地稅務機關的規定，如果企業所在的省市稅務機關沒有政策明確是否徵收增值稅，此時要按照國家稅務總局口徑以徵稅為準。
2、根據《中華人民共和國企業所得稅法》和《中華人民共和國企業所得稅法實施條例》有關規定：企業代扣代繳個人所得稅取得手續費收入應繳納企業所得稅。
3、個稅返還手續費用來獎勵給個人免交個人所得稅。
根據《關於進一步加強代扣代收代徵稅款手續費管理的通知》（財行[2005]365號）文第六條第六款規定，單位所取得的手續費收入應該單獨核算，計入本單位收入，也可以適當獎勵相關工作人員。
簡而言之就是：企業收到的個稅手續費返還處理方法有兩種，一種是可以計入企業當期收入，如實繳納流轉稅即可；一種是獎勵給財務工作人員，那獎勵給財務人員是否需要計入當月工資繳納個稅呢？根據《關於個人所得稅若干政策問題的通知》（財稅【1994】20號）第二條規定，下列所得，暫免徵收個人所得稅：（五）個人辦理代扣代繳稅款手續，按規定取得的扣繳手續費。
因此，辦理代扣代繳手續的相關人員獲得個稅手續費返還獎勵的，無需交個稅。如果公司將此款項改變用途，獎勵給非相關人員則應併入員工當期工資薪金計徵個稅。
四、個稅手續費返還的賬務處理
1、企業收到個稅手續費返還計入其他業務收入，用於獎勵辦稅人員則計入其他業務支出。
（1）企業收到個稅手續費
借：銀行存款
貸：其他業務收入
應交稅費-增值稅（銷項稅）
（2）用於獎勵辦稅人員
借：其他業務支出
貸：銀行存款/現金
2、當然有些企業直接掛往來，不確認收入，發放時候直接沖銷往來，適用於不需要繳納增值稅的省份。
（1）企業收到個稅手續費
借：銀行存款
貸：其他應付款
（2）用於獎勵辦稅人員
借：其他應付款
貸：銀行存款/現金
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