茄果類蔬菜死棵發生較多，在茄果類蔬菜中，茄子多采用嫁接栽培，根部病害發生較少，椒類和西紅柿上發生較多，高發的根部病害主要有腐皮鐮孢根腐病、疫黴根腐病和枯萎病等。
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腐皮鐮孢根腐病
腐皮鐮孢根腐病易在主根、較大側根發生，病株的根莖部及根部皮層呈淡褐色及深褐色腐爛，極易剝離，露出木質部，橫切莖觀察，可見維管束變褐色。腐皮鐮孢根腐病後期病部往往變糟，留下絲狀維管束，病株很容易被拔起。蔬菜得病後表現為白天萎蔫，傍晚到第二天早上恢復，這樣反覆十幾天後整株死亡。
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疫黴根腐病
疫黴根腐病多為莖基部到主根發病。病株從莖基部出現小黑點後發展成黑斑，皮層呈黑褐色溼腐、縊縮。將植株拔出以後可以發現，病株的根部也呈水浸狀腐爛。
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枯萎病
枯萎病初發病時，先是下部葉片枯黃，並大量脫落，與地表接觸的莖基部皮層呈水浸狀腐爛，地上部莖葉迅速凋萎；有時病部只在莖的一側發展，形成縱向條狀壞死區，後期仍全株枯死。剖檢病株地下部根系也呈水浸狀軟腐，皮層極易剝落，木質部變成暗褐色至煤煙色。
根部病害不像莖葉部病害，出現病斑後就可以看到，等到根部病害表現出症狀時，植株根系往往已經大部分甚至全部死亡，再用藥防治就晚了。通過觀察，若是棚內有少數幾棵植株出現萎蔫，往往就是根部病害發生的前兆，要提早檢查確診。
防治根部病害，藥劑灌根是一項行之有效的措施，一定要根據根部病害的發生部位，選擇合理的灌根方法。莖基部病害直接噴淋莖稈即可；根腐病、枯萎病等則要注意方法，確保藥液到達病部，可以通過挖穴灌根或者專用工具灌根。根部病害可用氰烯菌酯、惡黴靈、普力克等藥劑殺菌，配合甲殼素、海藻酸等促進生根，減少根系周圍的病原菌，促進根系再生。
化學藥劑持效期短，根部病害發生後，土壤中病原菌數量多，還要充分發揮生物菌劑的作用，提升有益菌數量。病害發生後追肥時可將菌肥用量加倍，也可使用太抗枯草芽孢桿菌、哈茨木黴菌等微生物農藥灌根。
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