面对准噶尔的入侵，尚在当雄的拉藏汗召集部下商议对策，一些官员认为应该立即退守拉萨，凭借坚固的堡垒和城墙死守待援。而大将颇罗鼐则指出：“如果我大军驻防拉萨，就如雪猪钻洞一样，不能发挥威力”，应当趁准噶尔军现在人员物资众多，行动缓慢之机，“首先攻打他们，然后再据情况而定。派王子苏尔扎驻守拉萨，汗王亲自率军在此驻扎。那么，进可攻，退可守了”。
两军交战，胜负往往在双方谋划战略之时就已经注定，作为军事统帅，一念之差，就会丧师辱身。拉藏汗最后没有听从颇罗鼐的建议，率全军退守拉萨等待救援。他知道，青海诸部的军队已经不可依靠，自己的援兵只能来自清廷。求援信是直接写给康熙皇帝的：“恳求皇上明鉴，速发救兵并青海之兵，即来策应”。从西藏到北京，路途遥远，拉藏汗并不嫌远水不解近渴，他有信心固守到援军赶来。然而，已经在藏民心中没有了威望的他，是根本没有固守拉萨的资源的。
11月，准噶尔军兵临城下，将拉萨城围得水泄不通。拉藏汗没有看到军民据城死守的局面，而是陷入了全面的众叛亲离。未等开战，“三大寺的僧侣带着食物和武器弹药，热烈欢迎准噶尔人，许多年轻的僧侣武装参军，使准噶尔军队的人数大为增加了”。颇罗鼐见大势已去，再次劝谏拉藏汗遣出拉萨，前往青海，等待时机东山再起。而拉藏汗虽然也知道胜利无望，但却拒绝逃走。作为英雄顾实汗的子孙，他保持了最后的尊严。
月底，大策零顿多布指挥全军攻城，拉藏汗的部分官员早已与准噶尔军暗通，不时在拉萨城墙上放下梯子，北城门的守军索性开门迎敌。一片混乱之中，拉萨陷落。
拉藏汗和部分随从退入布达拉宫，这里是黄教圣地，是曾祖顾实汗开国建业的所在，但无论是佛祖还是祖先，都无法保护他了。面对着如潮水般的敌军，拉藏汗命所有随从保护自己的儿子苏尔扎突围逃走，自己只带了一个名叫罗桑曲沛的护卫冲出东门。
准噶尔军很快发现了主仆两个，紧追而来。拉藏汗与随从“各尽平生之力，张弓搭箭，朝远处之敌连连射击，使他们不能近身，向冲到跟前的人，象连珠炮似地一阵砍杀，杀死了一些敌人”，最后，筋疲力尽的拉藏汗和随从一起，被追兵所杀。
攻陷了拉萨的准噶尔军并没有如他们所说的没有恶意，这些黄教信徒立即对这座黄教圣城进行了疯狂劫掠。布达拉宫及各大寺院的所藏的珍宝、书籍、艺术品几乎被洗劫一空，拉萨城遭到了前所未有的破坏。这简直就是1204年，作为“捍卫上帝尊严之城”的君士坦丁堡被“章显上帝荣耀之军”的十字军攻破遭到野蛮破坏的翻版。法国历史学家勒内.格鲁塞在他的名著《草原帝国》中评价两个事件的相似时，也用了无奈的口气：
“准噶尔人，这些虔诚的喇嘛教徒，洗劫他们自己的宗教圣城，而以掠夺来的宝物去装饰固尔扎的喇嘛寺庙，然而，中世纪基督教世界的威尼斯人在亚历山大堡和君士坦丁堡的行为不也是如此吗？”
对于拉藏汗的死，西藏的僧俗百姓应该是满心欢喜的。但这种欢喜很快就被悔恨所代替——准噶尔军的所作所为，让他们大失所望。而与策凌顿多布同时出发前往青海劫持格桑嘉措的那支小部队因为清军的警惕而未能成功，护送达赖喇嘛回藏的口号也成了谎言。
立国75年的和硕特汗国灭亡了，持教法王的历史也随之结束，准噶尔汗国因为暴行和失信，在黄教信徒心中已经是不共戴天的敌人。虽然这些敌人还会在西藏驻扎3年，但康熙皇帝在收到拉藏汗的求援信，得知西藏情况之后，便开始积极准备对西藏用兵。黄教不再需要持教法王，他们找到了更为妥帖的保护者——也是以佛爷自称的清朝皇帝。
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