面對準噶爾的入侵，尚在當雄的拉藏汗召集部下商議對策，一些官員認為應該立即退守拉薩，憑藉堅固的堡壘和城牆死守待援。而大將頗羅鼐則指出：“如果我大軍駐防拉薩，就如雪豬鑽洞一樣，不能發揮威力”，應當趁準噶爾軍現在人員物資眾多，行動緩慢之機，“首先攻打他們，然後再據情況而定。派王子蘇爾扎駐守拉薩，汗王親自率軍在此駐紮。那麼，進可攻，退可守了”。
兩軍交戰，勝負往往在雙方謀劃戰略之時就已經註定，作為軍事統帥，一念之差，就會喪師辱身。拉藏汗最後沒有聽從頗羅鼐的建議，率全軍退守拉薩等待救援。他知道，青海諸部的軍隊已經不可依靠，自己的援兵只能來自清廷。求援信是直接寫給康熙皇帝的：“懇求皇上明鑑，速發救兵並青海之兵，即來策應”。從西藏到北京，路途遙遠，拉藏汗並不嫌遠水不解近渴，他有信心固守到援軍趕來。然而，已經在藏民心中沒有了威望的他，是根本沒有固守拉薩的資源的。
11月，準噶爾軍兵臨城下，將拉薩城圍得水洩不通。拉藏汗沒有看到軍民據城死守的局面，而是陷入了全面的眾叛親離。未等開戰，“三大寺的僧侶帶著食物和武器彈藥，熱烈歡迎準噶爾人，許多年輕的僧侶武裝參軍，使準噶爾軍隊的人數大為增加了”。頗羅鼐見大勢已去，再次勸諫拉藏汗遣出拉薩，前往青海，等待時機東山再起。而拉藏汗雖然也知道勝利無望，但卻拒絕逃走。作為英雄顧實汗的子孫，他保持了最後的尊嚴。
月底，大策零頓多布指揮全軍攻城，拉藏汗的部分官員早已與準噶爾軍暗通，不時在拉薩城牆上放下梯子，北城門的守軍索性開門迎敵。一片混亂之中，拉薩陷落。
拉藏汗和部分隨從退入布達拉宮，這裡是黃教聖地，是曾祖顧實汗開國建業的所在，但無論是佛祖還是祖先，都無法保護他了。面對著如潮水般的敵軍，拉藏汗命所有隨從保護自己的兒子蘇爾扎突圍逃走，自己只帶了一個名叫羅桑曲沛的護衛衝出東門。
準噶爾軍很快發現了主僕兩個，緊追而來。拉藏汗與隨從“各盡平生之力，張弓搭箭，朝遠處之敵連連射擊，使他們不能近身，向衝到跟前的人，象連珠炮似地一陣砍殺，殺死了一些敵人”，最後，筋疲力盡的拉藏汗和隨從一起，被追兵所殺。
攻陷了拉薩的準噶爾軍並沒有如他們所說的沒有惡意，這些黃教信徒立即對這座黃教聖城進行了瘋狂劫掠。布達拉宮及各大寺院的所藏的珍寶、書籍、藝術品幾乎被洗劫一空，拉薩城遭到了前所未有的破壞。這簡直就是1204年，作為“捍衛上帝尊嚴之城”的君士坦丁堡被“章顯上帝榮耀之軍”的十字軍攻破遭到野蠻破壞的翻版。法國曆史學家勒內.格魯塞在他的名著《草原帝國》中評價兩個事件的相似時，也用了無奈的口氣：
“準噶爾人，這些虔誠的喇嘛教徒，洗劫他們自己的宗教聖城，而以掠奪來的寶物去裝飾固爾扎的喇嘛寺廟，然而，中世紀基督教世界的威尼斯人在亞歷山大堡和君士坦丁堡的行為不也是如此嗎？”
對於拉藏汗的死，西藏的僧俗百姓應該是滿心歡喜的。但這種歡喜很快就被悔恨所代替——準噶爾軍的所作所為，讓他們大失所望。而與策凌頓多布同時出發前往青海劫持格桑嘉措的那支小部隊因為清軍的警惕而未能成功，護送達賴喇嘛回藏的口號也成了謊言。
立國75年的和碩特汗國滅亡了，持教法王的歷史也隨之結束，準噶爾汗國因為暴行和失信，在黃教信徒心中已經是不共戴天的敵人。雖然這些敵人還會在西藏駐紮3年，但康熙皇帝在收到拉藏汗的求援信，得知西藏情況之後，便開始積極準備對西藏用兵。黃教不再需要持教法王，他們找到了更為妥帖的保護者——也是以佛爺自稱的清朝皇帝。
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