二戰中，美國人親自“領略”了日軍拼死頑抗的“戰鬥精神”，他們不太明白日軍為何在戰場上不懼死亡，於是，美國開始研究日本。1945年，美國陸軍部下令拍攝了一部名為《認識你的敵人日本》的影片，影片解說道：“對於日本人，最高的榮譽就是戰死後被供奉在靖國神社，因為連天皇也會去俯首參拜，所以日本人與其投降不如選擇戰死。”
美國國立公文館保存著一份1944年的美國國務院“戰後計劃委員會”的機密檔案。檔案中寫道：“靖國神社等神社並非我們所認為的宗教。它們崇拜軍國主義分子，培育了攻擊性的國家主義精神，這樣的神社違反信教自由，應當關閉……”
麥克阿瑟
100名美國大兵開進靖國神社
1945年8月15日，日本宣佈無條件投降。麥克阿瑟作為盟軍最高司令官入駐日本。此時的麥克阿瑟對日本軍國主義恨之入骨，他一到任就下令解除日本武裝，逮捕戰犯。隨後，美國公佈了“戰後初期對日政策”，表明美軍將在日本實施宗教信仰自由，但禁止日本人打著宗教的旗號，搞極端國家主義和軍國主義組織及運動，矛頭直指靖國神社。
美國政府、宗教界等就靖國神社的處置問題提出了各種方案，有的認為應該變成“國營紀念碑”，有的主張改為“無宗教色彩的追悼設施”，等等。然而在駐日美軍軍官眼中，這實在是太便宜日本人了。一些美軍將領，尤其是盟軍總司令部(以下簡稱盟總)對敵諜報部的軍官們，強烈建議麥克阿瑟放一把大火燒燬靖國神社，從精神上徹底解除日本的武裝。這個建議打動了麥克阿瑟，很快，100名美國大兵開進了靖國神社。
日本人想把靖國神社偽裝成娛樂一條街
美軍的行動讓日本軍國主義分子陷入極度驚慌，他們馬上展開了積極活動。靖國神社權宮司(負責人)橫井時常考慮到，因為人們都認為靖國神社是戰爭的中心，原封不動保留是不可能的。於是，橫井想出一個花招：利用盟總尊重信教自由的政策，以純宗教的姿態維護靖國神社。為此，他提出了將靖國神社由國家神社變為宗教廟宇的方案，至於名字則無所謂，改稱廟也好，宮也罷，或者乾脆改稱靖國廟宮。為誘使盟總接受該方案，橫井甚至提出，可以考慮將靖國神社一帶變成以學生為主要服務對象的娛樂一條街，設立劇場、音樂廳、美術館等。此外，日本軍國主義分子還煽動由戰爭遺孤組成遺族會向盟總遞交請願書，希望盟總保留靖國神社。
就在橫井等人積極遊說盟總的同時，日本陸海軍省也在緊鑼密鼓地策劃靖國神社臨時大祭，為死掉的日本侵略軍招魂。儘管此事遭到一些美軍軍官的強烈反對，但最後大家還是統一了意見，允許日本人舉行大祭，並視大祭的情況來決定如何處置靖國神社。
1945年11月20日，在盟總的監視下，靖國神社舉行了大祭，這是日本戰敗後的第一次，也是最後一次由國家主持的大祭。裕仁天皇和幣原首相為首的政府各級官員以及日軍代表參加了大祭，參拜人數達到3萬人。為了給盟總留下良好的印象，軍人們穿著西服入列參拜。
日本人的偽裝終於有了收穫，1945年12月15日，盟總髮布了麥克阿瑟第448號指令，即所謂的“神道指令”，宣佈廢止國家神道，實行政教分離。但這道命令卻同意靖國神社脫離國家管理成為宗教法人，並與其他宗教團體享受同等待遇，靖國神社終於逃過了滅頂之災。
美為冷戰考慮保留靖國神社
1946年4月，靖國神社接到盟總的新通告，禁止天皇參拜靖國神社。接著，在中國、蘇聯等國的強烈要求下，美軍用水泥將靖國神社內紀念日軍侵略戰爭的13米高的大石燈籠抹平，但神社中供奉的戰爭亡靈的靈位並沒有撤除。
隨著1952年美軍佔領時代的結束，各種祭拜靖國神社的活動相繼“死灰復燃”。靖國神社搖身一變成為少數右翼勢力為軍國主義招魂、為侵略戰爭翻案的政治舞臺。
至於當年美軍為何沒有燒燬靖國神社，有人說是羅馬天主教教廷駐日代表勸阻了麥克阿瑟，然而僅靠一人之力就能保住靖國神社麼？
幾十年後，盟總的一份名為“關於靖國神社的將來的見解”的解密文件指出了沒有廢止靖國神社的理由——美國人擔心這不利於美國對日本的佔領。正如時任盟總宗教科科長的巴斯後來在接受日本NHK電視臺採訪時回憶說：“繼續制裁日本，不是我們的願望，那時的日本，正按照我們的期望在行動。”隨著冷戰的激化，美國大幅度改變了佔領政策，不但停止清算日本的戰爭罪行，而且打算將日本建造成“共產主義的防波堤”。
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