1644年的中國，正是明清交替。歷史舞臺上有三位主角：明朝皇帝朱由檢、農民起義軍闖王李自成、清朝的攝政王多爾袞，或許還應加上一位，明朝的遼東總兵吳三桂。其實，還有一位主角一直為人們忽略：小小老鼠。
1644年，農曆3月15日，闖王李自成率大順軍抵達北京城北郊的居庸關。這裡是北京城的最後一道天險，然而關隘卻無人防守，明朝總兵唐通出降。3月16日，大順軍到昌平。昌平的巡撫何謙逃走，總兵李守（釒榮）自縊。大順軍乘勢焚燬了明十二陵的享殿。17日，他們已經到達了阜成門外，將北京城包圍。
這時的李自成，令一位投降了自己的明朝太監杜勳入城，要與崇禎皇帝朱由檢談判。在17日的夜裡，杜勳向北京城頭用箭射了一封信，說明他要見皇帝，太監王承恩將他用繩子繫了上來。杜勳告訴崇禎帝，李自成開出的條件是：割西北疆土給他，他另立為王，此後他將不奉詔，不入覲。另外，再給銀兩100萬兩犒軍，他就可以暫退河南。
接下來發生的事，人人皆知：李自成的隊伍勢如破竹，在3月18日攻破北京城，朱由檢倉皇出逃，在故宮後的景山吊死在一棵老槐樹上。
歷史在此留下了疑團：以李自成的實力，打敗眼前的明朝軍隊已經根本不是問題，又何必開出“西北王”的談判條件？如果朱由檢真的答應了他的條件，他還真退兵不成？
就在李自成進軍北京的路上，二月裡，他曾在寧武關與明朝軍隊有過一場激戰。那一仗，明朝守軍不過幾千人，李自成的人馬有幾十萬，但明軍守將周遇吉拼死抵抗，大順軍還曾經中了明軍的計，一下子折損幾千人。最後李自成用人海戰術，前仆後繼以數萬人的代價，才拿下寧武。
慘勝之後，李自成心有餘悸，前面的關隘還有很多，都這樣打還受得了？不如先班師回西安吧。不料就在他們想退之時，忽然又收到明朝大同和宣府的總兵的降表，於是又改變計劃，決定繼續向北京進發。
所以，或許也可以這樣推論，連李自成自己都沒想到，北京城拿下得如此輕易。他在寧武關遇到的只是一員總兵官的部隊，那麼防守京城的，豈不是明朝最精銳的御林軍？
“老鼠‘消滅’了明朝”
然而，1644年3月李自成所面對的北京，實際已是一座疫病蹂躪的鬼城。後人在講到明末清初改朝換代的這段歷史時，往往都注重講政治大勢，軍事攻防，歷史學家們很少有人關注到這場發生在崇禎十六年（1643年）北京城的慘烈大疫。
1997年，上海交通大學歷史系的曹樹基教授在他的論文《鼠疫流行與華北社會的變遷》中，提出了明末華北地區流行的大疫實際就是鼠疫，在2006年他與李玉尚合寫的《鼠疫：戰爭與和平》一書中，又對此觀點進行完善補充，明確提出：“老鼠‘消滅’了明朝”。
曹樹基的史料根據，大部分來自華北一帶清朝末年的地方誌。根據他的勾勒，這場大疫，是從崇禎六年到崇禎十七年間流行，發源地大致在山西的興縣，然後到大同，再到潞安。接著，鼠疫傳到陝西的榆林等地。崇禎十四年時，大疫傳到河北大名府、順天府等地，那裡的地方誌上，都有“瘟疫，人死大半。互相殺食”的記載。崇禎十六年，也就是北京城破的前一年，北京也發生大疫。
為何判定北京的這場大疫是鼠疫？曹樹基查到的地方誌記載和明人當時的筆記，人們稱這場大疫為“疙瘩瘟”、“疙疽病”，這實際是對腺鼠疫患者淋巴結腫大的稱呼，而當時的傳染性之烈，“死亡枕藉，十室九空，甚至戶丁盡絕，無人收斂者。”有一個叫吳彥升的官員，剛準備去溫州赴任，他的一個僕人死了。他命另一僕人去棺材店買棺材，久久不見回來，竟然死在棺材店裡。有一對新婚夫婦，婚禮之後，夫婦坐於帳中很久沒有出來，打開帳子一看，夫婦兩人死於床的兩頭。只有鼠疫才能有如此烈性威力。這場鼠疫，發生在北京城破前一年的二月到九月。
臺灣的著名明史專家邱仲麟，於2004年在《明代北京的瘟疫及帝國醫療體系的應變》一文中，對北京的這場大鼠疫有更詳細的描述。到崇禎十六年四月時，北京每天死人上萬，以至於城門都被運出的棺材堵塞。沿街的小戶居民，十之五六死去，死在門口的最多，街頭連玩耍的孩子都沒有了。有一個統計數字，這場大疫奪走20萬北京人的性命，而北京城當時的人口，估計在80萬到100萬，也就是說，每四到五個北京人中，就死掉一人。“堪稱是一場超級大瘟疫”，邱仲麟寫道。當時的北京城裡盛傳種種白衣人勾魂的流言，一到晚上，民間整夜敲擊銅鐵器驅鬼，“聲達九重”，官方也沒法制止——這是怎樣的一座鬼氣森森的城市！
這時候，政府還能做點什麼？當時的皇帝似乎已經顧不上這事。雖然在崇禎十六年二月疫情就爆發了，直到了七月，駙馬鞏永革上疏說，請皇帝“軫念孓遺，亟賜拯救”，這時朱由檢才下了一道諭旨，撥銀兩萬兩，令五城巡城御史收埋死屍，再撥一千兩銀子給太醫院，醫治病民。然而病人、死人太多，這點銀子杯水車薪，根本不夠用。
即使貴為宮廷官宦，也不能倖免鼠疫的肆虐。當時有位叫張真人的法師來北京，剛出宮不久就被皇帝叫了回去，命他施咒誦經來驅逐病魔，但死亡的人仍不見少。開始宮中每死一人，還能得到四千錢的撫卹，後來，連這個錢也沒了。
可以想象，這時駐在北京的明朝軍隊怎能倖免於瘟疫。邱仲麟寫道，當時在北京的明朝軍隊，名義上說有十來萬，大疫過後，少了一半。他引的一位明朝遺民張怡的說法，當時李自成的隊伍殺過來時，能上京城城牆上防守的軍人，連一萬人都湊不齊。不過，明朝的軍隊向來腐敗，駐京城部隊吃空額的現象由來已久，也就是說，原來到了軍隊發餉的時候，還可以叫許多百姓來頂替領餉，比如，叫來許多小商販或衙門班役來充場面，但現在百姓死得人太多，連頂替點名的人手也找不齊了！
不但是士兵、小販、僱工大批倒斃，北京城連叫花子都找不到了。當時的守城將官低聲下氣求人來守城，“逾五六日尚未集”，朱由檢下令讓太監三四千人上了城牆。到了李自成兵臨城下時，北京內城上五個城垛才有一個士兵，而且都是老弱病殘，“鳩形鵠面，充數而已”，三月十七日李自成已經到了西直門時，京城還沒什麼像樣的防禦，而士兵們每天只有百餘文錢去買粥充飢，怎能抵擋李自成的精銳之師？
有史料說，當時的明朝軍隊打仗時，士兵躺在地上不肯動，軍官“鞭一人則一人起”，可是這個起了那個又趴下，說他們是軍心渙散也罷，全無鬥志也罷，或許，這都是一群半死的病人。
邱仲麟在這裡也同意曹樹基的看法：崇禎十六年的大鼠疫，間接造成了北京的淪陷與明朝的滅亡。
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