《周易》六十四卦，相传是周文王在被商纣王囚禁于羑里时，潜心研究伏羲八卦，在八卦的基础上推演所创。六十四卦按一定的顺序排列，是为卦序。
在历史上，《周易》的卦序并不只一种。目前我们所能详细了解的有两种，即通行本《周易》卦序和马王堆汉墓帛书本《周易》卦序。
帛书《周易》
通行本《周易》，也就是历史上流行的《周易》版本，其六十四卦排列顺序是以乾卦为首，接着是坤卦，最后是未济卦；1973年12月，湖南长沙马王堆汉墓出土的帛书中有《周易》一书，其卦序与通行本不同，从乾卦开始，而以益卦结束。
我们先来看帛书六十四卦的卦序（帛书六十四卦的卦名与通行本不尽相同，下图中绿色字体为通行本的卦名）：
这个卦序的排列“密码”，已经被后人破解了。简单来说：
1.帛书六十四卦可以分为八组，如上图，而每一组八个卦的上卦（上三爻）都是一样的（八卦由三爻组成，八卦两两相重为六十四卦），依次是乾、艮、坎、震、坤、兑、离、巽。
2.前四组的上卦乾、艮、坎、震，都是男卦或阳卦，以老父（乾）为首，接着依次为少男（艮）、中男（坎）、长男（震）；后四组的上卦坤、兑、离、巽，都是女卦或阴卦，以老母（坤）为首，接着依次为少女（兑）、中女（离）、长女（巽）。
3.每一组八个卦中下卦的排列，也有一定规则，即除每组首卦为本卦自重外，其余都按乾、坤、艮、兑、坎、离、震、巽的顺序展开。其中乾与坤、艮与兑、坎与离、震与巽两两对立，一阳卦一阴卦；从卦象上看，则是三爻完全相反。而各阳卦与各阴卦的排列次序，仍然是按乾、艮、坎、震与坤、兑、离、巽展开，与上卦有共同处。
可见，帛书六十四卦的排列顺序，是比较讲究阴阳规律的，同时也突出了六十四卦是由八卦相重而形成的规则。
再来看通行本六十四卦的卦序：
对这个排列顺序，《易传》 中的《序卦》传认为，六十四卦从乾、坤到既济、未济，乃是一个存在着因果关系的系列，后卦因前卦而来，或者是相承接，或者是相反对。
比如它说先有天地，就是“乾”、“坤”。天地合气，便形成了万物；而“屯”的一个意思是充盈，意即天地间充满了万物，所以乾、坤两卦之后是屯卦。万物初生之时都比较幼稚，所以屯卦之后是蒙卦，“蒙”就是事物幼稚的意思。事物幼稚的时候，需要养育，所以蒙卦之后便是“需”卦……
不难看出，这样来解释六十四卦的排列顺序，多少显得有些牵强附会。
六十四卦覆卦对应图
此外，唐代学者孔颖达在《周易正义》中也提出了一种解释，他认为从卦象上来看，六十四卦的排列是“二二相偶”，即每两卦为一个对子，互相配合；而它们的配合方式有两种：“非覆即变”。
“覆”就是两卦的卦象完全颠倒，如屯卦和蒙卦，泰卦和否卦，同人卦和大有卦等；“变”就是两卦的卦象六爻完全相反，如乾卦和坤卦，坎卦和离卦，中孚卦和小过卦等。其中以“覆”的方式居多。
孔颖达
应该说，孔颖达此说确实道出了六十四卦排列中一些规律性的东西，但并没有完全解释清楚。如“乾坤”对偶卦之后，为什么会排“屯蒙”对偶卦呢？
从目前的研究来看，通行本卦序形成的时间很早，肯定早于帛书本卦序（战国时魏襄王墓中随葬的《易经》，其卦序就已与通行本一致），因此它是渊源于更古远的经文版本。这个卦序是本身就没有严整的规律呢，还是这个规律我们目前仍未破解？还有待进一步的研究！
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