以基因檢測來解讀歷史，難免會出現一些和傳統觀點相反的結論。例如殷商的Y染可能是C系的，不是漢族主體的O系；多個外來異族參與了華夏文明的形成進程，外來文化對華夏有一定的影響；血統只有相對純正、沒有絕對的；同一姓氏可能有N多個不同的祖先；有些少數民族祖上曾經輝煌過。。等等
按照分子人類學的理論，“人類是起源於非洲的”，這個就已經有很多中國人接受不了，他們堅持認為人類起源於中國。雖然“人類起源於非洲”還不是終極定論，但卻是目前的主流意見。首先，為什麼說起源非洲，他是有一套科學的、可檢驗的系統。簡單來說，因為非洲人的Y染色體具備的多樣性最廣，可見其他地方的人都是非洲人遷徙而成的。而中國的山頂洞人等智人，他們的Y和現代人不同，所以不是現代人的祖先。
基因是不會說謊的，他能真實的反映祖先來源，有人認為基因檢測可以造假，但是你要想下，做基因檢測可不止一家結構，你的數據和別人不一樣或者結論偏差很大，一個重新檢驗就能辨別真偽。
通過基因檢測來解讀歷史，第一是會發現上古歷史和傳統記載的不一樣。其實一切歷史都是政治史，尤其是在中國，歷史很大程度上要為政治服務，所以史官就不可能有完全的秉筆直書。尤其是當儒家成為主流學派之後，偽造上古歷史、託古改制的例子多不勝數。有時把上古的禪讓制吹得完美一些，厚古薄今，可以讓當權者按照儒家的意思去改變；有時用春秋筆法來避諱，對當朝隱惡揚善，可以獲得當權者的歡心；這些都是出於政治的需要。
大一統之後，很多異議文化被打壓，只保留一種主流聲音，這種聲音會不斷洗腦，讓人們以為中國歷史一開始就是統一的。所以當還原出上古的多元文化時，一些傳統學者會難以接受，甚至破口大罵。歷史的發展進程是，每個大民族肯定都是由小變大的，沒有一開始就是龐然大物的說法；中國的上古也是如此，是從“滿天星斗”慢慢發展成“定於一尊”；是從歐洲般的小國林立，逐漸被一個牛逼的勢力所統一；是從百家爭鳴變成一體化，而不是從統一到統一。所以，現在官方有一個形容詞叫多元一體，是很貼切的。
Q系、N系、R系、C系的族群曾經參與華夏的形成？是的，這些非O系在先秦的文化骸骨上，都留下了痕跡。N系還好說，和O系本來就是兄弟血緣，其他R、Q則比較難解釋。R1a是雅利安，雅利安摧毀了好幾個文明古國，Q系鬼方族群可能是跟隨雅利安過來的。C系和O系的確有一定的區別，但C2系南支則很早就在中國生活了，孔子和山西司馬氏都是南支，殷商王族也很大概率是這個。如果把南支開除出去，那孔子也不能算中國人了。在秦漢大一統之前，多個族群都參與了華夏文明的建設，正是由於多元文化在中原的碰撞，產生了火花，在黃河領域孕育出了璀璨的華夏文明。
6000年前西亞就已經產生了青銅技術，華夏的青銅技術比較晚起，所以學界的主流觀點是，華夏的青銅技術來自於西亞。偏有一些傳統學者，認為青銅技術是華夏原創的。他們大概認為使用別人發明的技術，是一種恥辱。說直白點就是，使用別人發明的技術，會打擊他們的民族自豪感。這種固步自封的民族情感，大可不必。舉個簡單的例子，現在最流行的騰訊工具QQ，其實早期是抄襲ICQ的。微軟操作系統的最原始版本，也不是比爾蓋茨編寫的。可樂的配方也不是可口可樂公司發明的。。很多技術的創始人，都不是發揚光大的那個。真正能夠將華夏文明延續下來的，只有中國了，其他古國的文明大多斷絕過。
從血統上來說，中國的主體民族——漢族，的確是大民族裡面相對純的。注意，是相對純，但不是百分百絕對。世界上不存在絕對純的民族，每個民族都會一定程度受到外來的影響，正如文化也一樣，每一種文化都會或多或少受到外來影響，比例不同而已。就算你躲進與世隔絕的地方，都不可能有百分百的。
我們不應該提倡唯血統論，唯血統論必然會走上納粹式的種族主義道路。而且，唯血統論也和華夏文化格格不入。漢族雖然以O2（舊O3）為主，但我們不能說只有O2才算漢族人，小編雖然也是漢族，但不贊成這種自我孤立的劃分。首先，漢族的基本盤肯定是大O系，包括O1、O2，由於C2系南支對華夏做過貢獻，也可以列入基本盤之一。而且，南方的少數民族，很多和漢族都有淵源。要知道，在血統相近的情況下，文化的歸屬感更大於血統，例如抗日時期出現的漢奸，他們很多也是漢族血統的人。
有很多家譜裡自稱是炎黃世系的人，一檢測基因，會發現其實不是。有些人身份證是漢族，但會測出是N系什麼的，他們自少和漢人無異，按理也應該算是漢人。這就是我們所說的，文化認同的凝聚力要大於血統。漢文化本身有一種同化別人的特殊張力，我們不應該低估。
還有一個問題就是，有些少數民族可能和某個文化遺址有關，例如彝族可能和三星堆文化有關，當然這只是可能。問：努力追求歷史真相，萬一發現某個少民祖上真的曾經闊綽過，會不會加強了對方的民族自豪，從而導致每個少民都大力追溯自己的祖先文化之根？
答：退一步來說，就算每個少民都去追溯自己的民族文化，也影響不了漢族的主體地位。漢文化還沒虛弱到這種地步，不要杞人憂天哈。少民如果能證明出祖先曾經闊綽過，的確會增加一些民族自豪感。但漢文化應該內心更強大一些，因為四五千年來中國都是漢文化為主體，如果隨便拿一個少民文化就能把漢文化打敗，那是不可能的。
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