司馬懿在發動高平陵之變不久便去世了，權力自然就交接到了司馬師和司馬昭兩兄弟手上。司馬師和司馬昭在執政期間也不是高枕無憂，他們遭遇了六次動亂，最終費盡九牛二虎之力才將這些動亂平定。
一、東吳之亂
嘉平五年（253年）五月，吳國太傅諸葛恪派遣二十萬大軍包圍合肥新城，朝廷紛紛議論，擔心分兵攻打淮泗。司馬師說道：“諸葛恪剛得到吳國的權力，欲使用一時的權利，合兵於合肥新城，希望再次成功，沒有空餘時間攻擊青州和徐州。況且水路口岸不單隻一個，多防的地方則用多兵，少防的地方則不足以抵禦。”諸葛恪把兵力全都集中在合肥新城，就如司馬師所料，並派司馬孚督諸軍二十萬防禦，鎮東將軍毌丘儉與揚州刺史文欽等請戰。司馬師說：“諸葛恪軍隊輕裝深入，投兵於絕境，兵力的鋒芒難以抵禦。況且新城小而堅固，攻擊也未能馬上攻克下來。”命令諸將以高壘來對待，諸葛恪相持數月，攻城兵力力竭，死傷過半。不久，諸葛恪懼怕而遁逃，文欽上前大敗敵軍，斬首萬餘人。
二、曹芳政變
嘉平六年（254年），曹芳打算令中書令李豐、太常夏侯玄、光祿大夫張緝等人慾發動政變。廢除司馬師，欲改立太常夏侯玄為大將軍，可惜計劃洩露，三人被司馬師誅殺，夷滅三族，廢張皇后，魏國一時陷於混亂。同年，司馬師對曹芳有所猜疑，廢曹芳為齊王，司馬師本打算立彭城王曹據為帝，但郭太后要求立高貴鄉公曹髦為帝，在郭太后的堅持下，司馬師爭執不過，於是派使者迎立曹髦到洛陽登基，司馬師和司馬昭兄弟繼續掌握大權。
三、淮南二叛
正元二年（255年），鎮東將軍毌丘儉及揚州刺史文欽起兵反司馬師，並把自己兒子當成人質送到東吳，向孫亮討好，卻並未得到東吳的大力支援。春一月，毌丘儉、文欽渡過淮河由壽春向西進發，沒有辦法搗洛陽佔許昌。司馬師吩咐監軍王基帶領前鋒部隊紮在“南頓”，另派諸葛誕帶領豫州的兵，進攻壽春；派胡遵帶領青州、徐州的兵斷絕毌丘儉、文欽從項縣迴歸壽春的路。司馬師自己親率主力，屯聚在汝陽。另外，司馬師又叫鄧艾帶一萬多名“泰山諸軍”部隊到樂嘉縣，做出不堪一擊的樣子，引誘毌丘儉、文欽出擊。毌丘儉果然就叫文欽來打鄧艾，司馬師就指揮大股騎兵，從後面襲擊文欽，文欽大敗。毌丘儉後被老百姓射死。文欽一口氣逃往了東吳。
毌丘氏與文氏兩家的人，凡是留在魏國的，都一齊被斬殺。但司馬師也在這次戰爭中驚嚇過度，再加上本來眼睛上就有瘤疾，經常流膿，致使眼睛震出眼眶，痛死於許昌，終年四十八歲。
四、淮南三叛
甘露二年（257年），鎮東將軍諸葛誕殺揚州刺史樂綝，佔據淮南起兵，送兒子諸葛靚作人質請求吳國援救。同年七月，司馬昭攜曹髦與郭太后一起東征，徵發青、徐、荊、豫四州兵馬，並從關中分部分軍隊，共同會師淮北。甘露三年，諸葛誕、文欽等出來攻擊圍城軍，被諸軍擊退。當初，諸葛誕與文欽內部不和，到緊急的時候，二人相互猜疑。遇到文欽計議軍事時與諸葛誕的意見相牴觸，諸葛誕便親手殺了文欽。文欽之子文鴦進攻諸葛誕，不能取勝，跳下城牆投降魏軍，魏任他為將軍，封為侯，並讓他繞城喊話勸降。司馬昭看到城上守軍持弓而不發箭，對諸將說：“可以攻城了。”二月二十日，魏軍攻城，當天城被攻破，殺了諸葛誕，夷滅三族。
五、曹髦政變
甘露五年（260年）四月，曹髦見威權日去，國家政事自己不能作主，心中不安，又常憂慮被廢受辱，打算在殿上召集百官廢黜司馬昭。五月初六夜裡，使冗從僕射李昭等在陵雲臺部署甲士，召侍中王沈、散騎常侍王業、尚書王經，憤慨說道：“司馬昭之心，路人皆知啊！我不能坐受被廢之辱，如今親自率領你們去討伐他。”王沈、王業急速將此事告知司馬昭，司馬昭召護軍賈充等作戒備。曹髦知道事情洩露，率領左右進攻司馬昭所在的府邸，聲稱要討伐有罪之人，敢有騷動抵抗者滅族。相府中的兵將都不敢迎戰，賈充呵斥諸將說：“司馬公平時養活你們，正是為了今天啊！”太子舍人成濟拿起戈向曹髦車駕進攻，刺中曹髦，戈刃從背上穿出，曹髦在車中駕崩。
六、鄧艾鍾會叛亂
蜀主劉禪投降，鍾會暗地謀劃叛逆，因而秘密派使者誣陷鄧艾。 鹹熙元年，用運囚犯的檻車召鄧艾入京。初四，司馬昭西征，駐軍長安。當時，曹魏的宗室都在鄴城，命從事中郎山濤兼管軍司事，鎮守鄴城，派遣護軍賈充持節、督諸軍，據守漢中。不久鍾會在蜀中謀反，監軍衛瓘、右將軍胡烈攻鍾會，並殺了他。
當初，鍾會將要伐蜀，西曹屬邵悌對司馬昭說：“鍾會很難讓人放心，不能使他伐蜀。”司馬昭笑道：“取蜀易如反掌，而眾人都說不可，只有鍾會與我意見一致。滅蜀之後，中原將士人人思歸，蜀之遺民尚有恐懼之心，鍾會即使有叛逆之心，也不會實現的。”事情最後果如司馬昭所料。
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