在日本，给小孩接种疫苗是一件非常慎重、严密管理的事情。在日本，孩子疫苗接种时间是从出生2个月到11岁。在《母子健康手帐》里有明确记载疫苗的种类和注射时间表。有小孩的家庭可以从家所在的区役所或市役所领取到这本手账。
医院和保健籍贯还制作了一种打疫苗的日程表，家长可以把这种表贴在家里，随时可以把小孩打疫苗的情况记在心里。
疫苗分两种：一是定期接种，是必须接种的免费疫苗。二是任意接种，是可选接种的自费疫苗。到了一定的时间，可以带小孩到家附近的医院、诊所、保健所等处注射疫苗。
小孩2两个月、1岁、3岁、小学入学前、9岁、11岁之际，每个地方政府的保健所会给有小孩的家庭寄来《疫苗接种通知》。为了方便住在日本的外国人，预防接种手册除了日文的，还有中文版、英文版。
每一次，医生会将疫苗种类、接种时间、接种地点、接种部位在《母子健康手帐》中记录。尤其会记录疫苗生产厂家、批次及使用期限。注射时，会详细说明疫苗批次、注射后有可能出现的情况及护理办法。注射后，需要等15分钟。护士确认孩子没有过敏或异常情况才可以离开。
有相识的在日华人女性说：“在日本，小孩打疫苗、保健方面是不用担心的，区役所、保育园都会提供信息。提醒我们带小孩去打疫苗，到了时间带小孩去就是了。对于疫苗的安全性也没有过任何怀疑。”
日本于1948年制定了《预防接种法》，后来又进行多次的修订，在方方面面对疫苗接种做出了规定。
比如，规定医院或者诊疗所的经营者或者医生，发现接受了定期疫苗接种者出现了某些症状，必须向厚生劳动部门报告。厚生劳动大臣按照规定，及时地通知出现问题的市町村和府县，共同处理问题。
为了让定期的预防接种能够正确地实施，在包括地方公共团体、医院和诊疗所的经营者、医生、疫苗制造贩卖者等都必须取得医药品的制造贩卖业认证许可，才能制造、贩卖、使用疫苗。
1964年，日本曾发生过感冒疫苗产生副作用的事件，引起诉讼，报道一直持续到1980年，后来在1976年预防接种法得以修正，建立了救济制度。
日本流感疫苗的接种是从1962年开始的，1964年发生接种后引起小孩高烧留下重度残疾的事件。当时日本原子能研究所研究员吉原贤二的1岁1个月的儿子因为接种流感疫苗而高烧，留下了重度的麻痹和智能障碍。后来吉原在全国寻找同样遭遇的人，发现到1971年为止至少有21人死亡，16人留下后遗症。于是吉原和其他受害者家属一起向国家提起诉讼。到了90年代，终于与政府达成了和解。
万一发生疫苗事故，因接种疫苗而产生的损害无论过失如何，均采取结果责任原则。发生事故，首先地方政府设立预防接种健康受害调查委员会，收集该事例的疾病状况和诊疗内容资料，而后做出是否属于疫苗问题的判断。
在判定受疫苗之害的情况下，政府部门负担受害者的医疗费、补助费，如果发生导致残疾的情况，对于未满18岁的人员发给残障儿养育年金，对于18岁以上的人员发给残障年金。若发生死亡事故，政府需要负担丧葬费等。
在日本，给小孩使用的疫苗基本上都是国产的，这是日本国内相关部门经过严格检验的。日本的一些诊所使用进口的疫苗，这些疫苗在海外得到安全性和有效性的证明，但是未得到日本政府的承认，不过也可以通过医生个人进口的方式使用海外疫苗。主要用于日本人去海外旅行时注射预防当地疾病的疫苗。
另一种情况是，国产疫苗不够的情况下，才使用进口的疫苗，如风疹，不仅小孩注射，有些大人也希望注射。在这种情况下，定期接种的小孩优先用国产疫苗。大人用进口疫苗。
日本还制定了疫苗的检定制度，有专门的《药事法》来约束。其中规定厚生劳动大臣指定的医药品，要接受厚生劳动大臣所指定机构的检验。对疫苗进行各种检验试验，其中包括异常毒性否认试验，检验有效性、安全性。任何一个疫苗都要经历开发、审查、认可之后才能进入制造贩卖。检验机构主要是政府主管的药事食品卫生审议会、医药品医疗机器综合机构、国立感染症研究所等。
总而言之，在日本，疫苗的制造、管理、销售、注射都是由政府监督进行的，有严格的程序，不会让不良产家钻空子。
日本生产疫苗的医疗企业屈指可数，如北里研究所、武田药品工业、化学及血清疗法研究所、阪大微生物病研究会等，这些机构的共同特点是本身也是医学研究机构。2015年获得诺贝尔生理学、医学奖的大村智博士就是北里研究所的特别名誉教授。（黄文炜）
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