新城疫從腸道上找典型的解剖變化點，第一個是十二指腸位置，有島嶼狀的隆起，這是很關鍵的解剖變化，對比流感，是沒有這個解剖變化的，如果有出血，往往代表著新城疫的嚴重程度。
從十二指腸往下，卵黃蒂後2--5釐米範圍內，有圓長型的隆起，這個不是新城疫的專利，流感也會有。
迴腸內，從盲腸扁桃體往盲腸端4釐米內,有棗核樣的突起,並且出血，這個位置也很關鍵，但流感，也會導致突起，突起的大小和出血說明嚴重的程度。
盲腸扁桃體，有突起並且出血，嚴重的病例，突起很明顯，出血也更重,如果是強毒的，會在突起上形成一層黃綠色的很粘的滲出物，輕微的新城疫表現，在這個位置，有的並不出血,只是輕微有幾個出血點。
直腸洩殖腔也會有出血，類似刷狀，有的病死雞外肛門外翻，顏色暗紅，但此處，也非新城疫的解剖重點，流感也會有這樣的表現。
病程長的發病雞，能觀察到腺胃和腸道內容物發綠，這都是發燒引起的，膽囊功能亢進，紊亂，膽汁迴流，造成的腺胃內容物發綠，腸道內容物發綠是由於雞發燒，不採食，但膽汁照常進入腸道形成的。雞嗉囊裡有很多酸臭液體。倒提雞時有時會流出酸臭液體。
得了新城疫的雞通常會伴隨精神問題，怪叫，縮頭呆立。
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