蒙古帝国中的这两大汗国，为什么始终反对元世祖的统治呢
其实，要说说他们之间的矛盾，还得从元宪宗蒙哥说起，他是成吉思汗四子拖雷的儿子，原本大汗的人选一直在窝阔台系中产生，但是由于当时没有找好继任者，而且他的后人都不团结，相互攻击，所以后来术赤和拖雷的后人联合起来，将大汗的位置转到了宪宗蒙哥的手中。这种做法当然会引起窝阔台系的不满，他们于是停止了内战一致对外。
宪宗继位后，摆了一个多月的酒宴请贵族们过来，以感谢大家的支持。窝阔台系的便觉得这是个好机会，偷偷地将武器运送到宴会地藏起来，准备趁大家酒醉时发动政变。 但是他们的计划很快被大汗手下的人发现了，并立刻报告给大汗，收到报告的大汗大怒，迅速出兵包围了这些叛乱者，并把主谋装到口袋里，扔到水里淹死。其余的窝阔台子孙都被夺去兵权，然后分别软禁在各地，可以说在整个宪宗时期，窝阔台系都忍气吞声。
他们的转机出现在他死后，忽必烈和另一位贵族为了夺权打了起来，窝阔台系发现机会来了，他们中有一个叫海都的，他先是把族群中所有的人都组织起来，然后联合术赤，一起攻打察合台，壮大自己的实力。然后又和忽必烈交战。海都为了这场大战也是做了充分的准备，他联合了术赤和乃颜，计划东西夹攻忽必烈。此时的元世祖已经74岁了，但是仍然亲自参加到这场战争中去，最后大败乃颜，打伤海都，海都战败后不久也抱憾去世。海都去世后，窝阔台系没有了主心骨，又开始分裂不团结，结果很容易地就被忽必烈系各个击破。
那察合台系为什么跟忽必烈的关系也不好呢，这就要说到察合台去世前，他选定了自己的孙子做继承人，他是察合台长子的儿子，这个长子非常英勇，结果在第一次征西时战死了，察合台可能是想弥补一下吧，所以选了他的儿子做继承人。
但是他的这一选择让他的第五子非常不满，他联合刚刚上位的窝阔台系继承人，一起夺了新汗王的位子，这位汗王没法子只好和妻子一起逃到了拖雷系。等到拖雷系的蒙哥当上大汗后，就想帮助他复国，结果他还没回去就先死在了路上，而他的妻子没有放弃，最终在大汗的帮助下，成功地夺回了汗位，并治理了察合台长达十年。后来是她的儿子在她去世后继承了汗位，而大汗派兵来干涉，安排了另一位察合台系的登位，也没过了多久，这个扶植的继承人又在和窝阔台系的战斗中去世。窝阔台系又任命了一位做新任的继承人，这个新汗王由于是在窝阔台系的帮助下才顺利坐上位子的，也就跟着一起反对大汗了。
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