20世紀60年代，再一次被伊拉克當權者欺騙後，為了爭取自治地位，庫爾德人爆發了大規模的武裝鬥爭，從1961年9月開始，戰鬥一直持續到1970年3月停火，歷時9年，被稱為“第一次庫爾德-伊拉克戰爭”。
1961年9月11日，一支伊拉克軍隊遭到庫爾德武裝伏擊，23名政府軍士兵被打死，偉大的9月革命開始。隨後政府軍開始大舉進攻庫爾德地區，並取締庫爾德民主黨。
戰爭開始之後，庫爾德武裝四處攻擊警察局和邊界哨所，驅趕政府機構人員，伏擊警察和政府軍，很快控制了大部分庫爾德地區。配合政府軍一期開展進攻的，還有親政府庫爾德武裝綽號“小驢子”的賈什。
到10月10日，卡賽姆宣佈軍事行動結束，軍隊已經完全控制局勢，大批庫爾德人被打死，大量村莊被毀，數萬人流離失所。
1962年3月，毛拉穆斯塔法發動春季攻勢，打擊政府軍和支持政府的庫爾德部落，宣稱打死打傷伊拉克軍隊、親政府的庫爾德部落武裝成員3000多人。4月20日，毛拉穆斯塔法，要求，如果賦予庫爾德人自治權利，建立新的民主政府，並取代卡塞姆政府，將實行停火。
1962年7月，毛拉穆斯塔法的兄長謝赫艾哈邁德與卡塞姆進行秘密談判，卡塞姆不同意庫爾德自治，談判破裂。
到1962年9月，庫爾德武裝“自由戰士”，規模已達到1.5萬人，再加上其他力量，毛拉穆斯塔法控制的武裝，已經達到4萬人，接近伊拉克軍隊的一半，庫爾德人控制區也擴大到13500平方公里，並建立了政府，頒佈了一系列法律。
在這期間，伊拉克總統卡塞姆採取親蘇政策，導致與西方，伊朗，土耳其關係惡化。
毛拉穆斯塔法獲得了伊朗巴列維政權的大力支持，獲得了伊朗提供的武器。
就在戰爭僵持不下時，伊拉克政府內部爆發危機，卡塞姆軍事上遭挫，引發了政治危機，軍方日益不滿，並秘密成立了反卡塞姆的自由軍官組織，與阿拉伯復興黨秘密接觸，1963年2月8日，在阿里·薩利赫·薩阿迪領導下，反卡塞姆力量發動政變，逮捕並處死了卡塞姆，成立了革命指揮委員會。阿卜杜勒·薩拉姆·穆罕默德·阿里夫出任總統，復興黨軍官艾哈邁德·哈桑·貝克爾為總理，復興黨控制的全國革命指揮委員會成為最高權力機構。
政變前，復興黨尋求庫爾德人支持推翻卡塞姆政權，並以推翻卡塞姆後允許庫爾德人自治為條件取得庫爾德民主黨支持。政變成功後，政府軍呼籲庫爾德人停止叛亂，並開始解除對庫爾德地區的封鎖，毛拉穆斯塔法和庫爾德民主黨宣佈停火。但是新政府卻否認政變前的協議，不允許庫爾德人自治。
5月，阿里夫總統開始向北方調集軍隊，5月底，伊拉克軍隊的3/4兵力已調到庫爾德周邊，並開始封鎖交通要道，修築要塞，準備軍事行動。6月10日，伊拉克政府動員12個旅，從多個方向發動軍事進攻，並懸賞10萬英鎊捉拿毛拉穆斯塔法，政府，下令組建緊急法庭，可判處支持叛亂者死刑，摧毀任何幫助或窩藏叛亂者的村莊。但是政府軍的進攻很快遭到失敗，1964年2月雙方達成停火協議。
雙方宣佈停火協議規定，永久憲法中，將寫入庫爾德人的民族權利，沒有提及自治。毛拉穆斯塔法未將該協議向庫爾德民主黨政治局派通報，為此造成庫爾德民主黨發生分裂。
1965年3月，戰火又起，政府軍對庫爾德人發動春季攻勢，雙方進行了拉鋸戰。5月，庫爾德武裝在漢德林地區徹底打敗伊拉克軍隊，一次性殲滅伊軍一個旅。隨後雙方進行談判，達成停火協議，承認伊拉克共和國的雙重民族屬性。伊拉克政府承諾給予庫爾德人充分的自治權利，並在憲法中承認庫爾德語為庫爾德地區的官方語言，增加對北方投資。
但沒多久，內閣改組，堅持強硬政策的軍方主導內閣，雙方戰火又起，1968年7月17日，以艾哈邁德·哈桑·貝克爾為首的阿拉伯復興社會黨軍官發動政變，結束了阿里夫政權，政變後，貝克爾任總統，薩達姆·侯賽因任副總統，成立擁有最高權力的革命指揮委員會，並大力清除異己，確立復興黨絕對權威，伊拉克進入持續35年的復興黨一黨執政時代。雙方暫時達成停火。
1968年秋季雙方開始發生衝突，12月，雙方衝突加劇，政府軍轟炸了庫爾德地區，伊朗支持庫爾德武裝，並派兩個師進入伊拉克。1968年底至1969年初，阿拉伯復興社會黨第七次地區大會上通過了一系列決議，承認庫爾德民族存在。1970年3月11日，伊拉克政府與庫爾德民主黨終於達成協議，伊拉克政府同意給予庫爾德人廣泛自治權，並在庫爾德人佔多數地區設立特別行政區，庫爾德武裝併入伊拉克軍隊，庫爾德人中止與伊朗的關係。
根據規定，庫爾德斯坦自治政策於1974年3月11日施行，伊拉克革命委員會發表公報稱，兩黨已一致同意協議各條款，並決心付諸實施，該協議被稱為3月協議。貝克爾總統公開宣稱：我們民族，阿拉伯人和庫爾德人已經恢復了統一，我們的兄弟關係，因而基礎更加堅實，不再被削弱。1970年7月，伊拉克政府頒佈憲法，規定，伊拉克共和國由阿拉伯民族和庫爾德民族共同組成，提出要實現阿拉伯統一和社會主義。7月1日，庫爾德民主黨舉行八大，也稱“和平與國家團結大會”。
第一次庫爾德-伊拉克戰爭以庫爾德人爭取到廣泛自治權利而結束。
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