20世纪60年代，再一次被伊拉克当权者欺骗后，为了争取自治地位，库尔德人爆发了大规模的武装斗争，从1961年9月开始，战斗一直持续到1970年3月停火，历时9年，被称为“第一次库尔德-伊拉克战争”。
1961年9月11日，一支伊拉克军队遭到库尔德武装伏击，23名政府军士兵被打死，伟大的9月革命开始。随后政府军开始大举进攻库尔德地区，并取缔库尔德民主党。
战争开始之后，库尔德武装四处攻击警察局和边界哨所，驱赶政府机构人员，伏击警察和政府军，很快控制了大部分库尔德地区。配合政府军一期开展进攻的，还有亲政府库尔德武装绰号“小驴子”的贾什。
到10月10日，卡赛姆宣布军事行动结束，军队已经完全控制局势，大批库尔德人被打死，大量村庄被毁，数万人流离失所。
1962年3月，毛拉穆斯塔法发动春季攻势，打击政府军和支持政府的库尔德部落，宣称打死打伤伊拉克军队、亲政府的库尔德部落武装成员3000多人。4月20日，毛拉穆斯塔法，要求，如果赋予库尔德人自治权利，建立新的民主政府，并取代卡塞姆政府，将实行停火。
1962年7月，毛拉穆斯塔法的兄长谢赫艾哈迈德与卡塞姆进行秘密谈判，卡塞姆不同意库尔德自治，谈判破裂。
到1962年9月，库尔德武装“自由战士”，规模已达到1.5万人，再加上其他力量，毛拉穆斯塔法控制的武装，已经达到4万人，接近伊拉克军队的一半，库尔德人控制区也扩大到13500平方公里，并建立了政府，颁布了一系列法律。
在这期间，伊拉克总统卡塞姆采取亲苏政策，导致与西方，伊朗，土耳其关系恶化。
毛拉穆斯塔法获得了伊朗巴列维政权的大力支持，获得了伊朗提供的武器。
就在战争僵持不下时，伊拉克政府内部爆发危机，卡塞姆军事上遭挫，引发了政治危机，军方日益不满，并秘密成立了反卡塞姆的自由军官组织，与阿拉伯复兴党秘密接触，1963年2月8日，在阿里·萨利赫·萨阿迪领导下，反卡塞姆力量发动政变，逮捕并处死了卡塞姆，成立了革命指挥委员会。阿卜杜勒·萨拉姆·穆罕默德·阿里夫出任总统，复兴党军官艾哈迈德·哈桑·贝克尔为总理，复兴党控制的全国革命指挥委员会成为最高权力机构。
政变前，复兴党寻求库尔德人支持推翻卡塞姆政权，并以推翻卡塞姆后允许库尔德人自治为条件取得库尔德民主党支持。政变成功后，政府军呼吁库尔德人停止叛乱，并开始解除对库尔德地区的封锁，毛拉穆斯塔法和库尔德民主党宣布停火。但是新政府却否认政变前的协议，不允许库尔德人自治。
5月，阿里夫总统开始向北方调集军队，5月底，伊拉克军队的3/4兵力已调到库尔德周边，并开始封锁交通要道，修筑要塞，准备军事行动。6月10日，伊拉克政府动员12个旅，从多个方向发动军事进攻，并悬赏10万英镑捉拿毛拉穆斯塔法，政府，下令组建紧急法庭，可判处支持叛乱者死刑，摧毁任何帮助或窝藏叛乱者的村庄。但是政府军的进攻很快遭到失败，1964年2月双方达成停火协议。
双方宣布停火协议规定，永久宪法中，将写入库尔德人的民族权利，没有提及自治。毛拉穆斯塔法未将该协议向库尔德民主党政治局派通报，为此造成库尔德民主党发生分裂。
1965年3月，战火又起，政府军对库尔德人发动春季攻势，双方进行了拉锯战。5月，库尔德武装在汉德林地区彻底打败伊拉克军队，一次性歼灭伊军一个旅。随后双方进行谈判，达成停火协议，承认伊拉克共和国的双重民族属性。伊拉克政府承诺给予库尔德人充分的自治权利，并在宪法中承认库尔德语为库尔德地区的官方语言，增加对北方投资。
但没多久，内阁改组，坚持强硬政策的军方主导内阁，双方战火又起，1968年7月17日，以艾哈迈德·哈桑·贝克尔为首的阿拉伯复兴社会党军官发动政变，结束了阿里夫政权，政变后，贝克尔任总统，萨达姆·侯赛因任副总统，成立拥有最高权力的革命指挥委员会，并大力清除异己，确立复兴党绝对权威，伊拉克进入持续35年的复兴党一党执政时代。双方暂时达成停火。
1968年秋季双方开始发生冲突，12月，双方冲突加剧，政府军轰炸了库尔德地区，伊朗支持库尔德武装，并派两个师进入伊拉克。1968年底至1969年初，阿拉伯复兴社会党第七次地区大会上通过了一系列决议，承认库尔德民族存在。1970年3月11日，伊拉克政府与库尔德民主党终于达成协议，伊拉克政府同意给予库尔德人广泛自治权，并在库尔德人占多数地区设立特别行政区，库尔德武装并入伊拉克军队，库尔德人中止与伊朗的关系。
根据规定，库尔德斯坦自治政策于1974年3月11日施行，伊拉克革命委员会发表公报称，两党已一致同意协议各条款，并决心付诸实施，该协议被称为3月协议。贝克尔总统公开宣称：我们民族，阿拉伯人和库尔德人已经恢复了统一，我们的兄弟关系，因而基础更加坚实，不再被削弱。1970年7月，伊拉克政府颁布宪法，规定，伊拉克共和国由阿拉伯民族和库尔德民族共同组成，提出要实现阿拉伯统一和社会主义。7月1日，库尔德民主党举行八大，也称“和平与国家团结大会”。
第一次库尔德-伊拉克战争以库尔德人争取到广泛自治权利而结束。
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