東晉太元八年(前秦建元十九年)(383年)，前秦出兵伐晉，於淝水交戰，最終東晉僅以八萬軍力大勝八十多萬前秦軍。擁有絕對優勢的前秦敗給了東晉，國家也因此衰敗滅亡，北方各民族紛紛脫離了前秦的統治，分裂為後秦和後燕為主的幾個政權。而東晉則趁此北伐，把邊界線推進到了黃河，並且此後數十年間東晉再無外族侵略。
天下蒼生望謝安。淝水之戰的巨大勝利，謝安的事先籌劃功不可沒。而且謝安從戰前的“圍棋賭墅”到戰後的“小兒輩大破賊”，自始至終一直採取極為冷靜的態度，對於穩定當時建康的人心起到了關鍵的作用。
統帥的指揮至關重要，參戰的軍隊作戰能力也是戰爭勝利的關鍵所在。在前線擊敗前秦近百萬大軍的東晉軍隊叫做北府兵。一支由南逃的北方農民組成的精銳之師，每個人都與五胡有血海深仇，每個人都把光復河山作為己任。這支軍隊有東晉最著名的戰略家謝安，又有東晉最著名的將領劉牢之，可謂是精銳中的精銳。
太元二年(377)，朝廷因前秦強大，詔求文武良將鎮御北方。朝廷拜謝玄建武將軍、兗州刺史，領廣陵相、監江北諸軍事，鎮廣陵，召募勁勇，徐(治京口)、兗(治廣陵)流民帥軍隊紛紛應募入伍。謝玄以劉牢之為參軍，常領精銳為前鋒，戰無不捷。太元四年，謝玄加領徐州刺史，鎮京口。東晉稱京口為"北府"，所以稱這支軍隊為北府兵。
北府兵的兵源主體是北來的流民，只要北方民族矛盾尖銳的存在，北來流民就會不斷，反之則不然。其實東晉南朝的軍隊主力都是外來的，無論是北府兵，還是青徐豪強和雍州軍。東晉南朝的名將大多都是北來的江淮人群和荊楚集團人員，真正的南方土著人員卻不多。
八王之亂後，晉室南遷，呆在淮泗之間的豪強宗族，比如擊楫中流的祖逖，就是呆在京口一帶的豪強。大部分人都是經歷戰火成長的，意志力，戰鬥力自然強大，關鍵當時的豪強宗族南遷，都有各自小團體的頭頭，這些人稍微一整合，就是軍隊裡的優秀將領，都是生死存亡間活下來的。桓溫說：“京口酒可飲，箕可用，兵可使。
北府兵從謝玄開始組建，淝水之戰擊敗前秦，而後有，劉牢之，劉裕，王鎮惡，檀道濟等。其中在劉裕北伐手中，戰鬥力發揮到最大化，所向無敵。王夫之在《讀通鑑論》裡，對此感慨：劉裕之功，烈於曹操！
淝水一戰，八千“北府兵”大破秦軍主力，擊潰、殲滅前秦軍七十萬人，促使苻堅王朝崩潰。後來“北府兵”又收拾了桓玄“齊臺”偽政權，鎮壓孫恩、盧循農民起義軍，跟隨劉裕殺到建康篡國稱帝，影響了中國政治幾十年。“北府兵”不僅具備強大戰鬥力，而且還具備對政局的強大影響力。
北府兵的軍事實力使它成為各政治集團爭奪的對象，北府將領也成為左右東晉政局的重要力量。“北府兵”有幾個歷史時期，從謝家整合開始，“北府兵”就成為名副其實的精銳部隊。這支部隊擊退了強敵的侵略，保衛了家園，保衛了祖國；這支部隊也成就了諸如劉牢之、劉裕等舉足輕重的人物。誰控制了“北府兵”，誰就控制了江南政權。
元興元年三月，劉牢之投降桓玄，被奪去兵權被迫自殺，北府兵為桓玄併吞，劉牢之子劉敬宣投奔南燕慕容德。北府兵根據地京口和廣陵，分別由桓修和桓弘鎮之，北府兵士眾由諸桓分領，北府兵至此被瓦解。
從東晉太元二年北府兵建立，到太元十二年謝玄解除兵權，共十年。從太元十二年至元興元年十五年時間，北府兵主要掌握在劉牢之手中。
元興三年，劉裕在京口重組北府兵，但這不是北府兵的重建，而是一個新的王朝軍隊的肇始。
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