必须承认，方舟子对科普有着重要的贡献，但也不能否认，方舟子因为个人性格上的缺陷和其他原因，也是一个有着学术硬伤和逻辑硬伤的人。甚至可以说，方舟子说过正确的科学的话，但并不可以做一个真正的科普作家。
方舟子人气最高的一次质疑，是关于韩寒代笔的质疑。韩寒在此事中甚至气急败坏的喊出了千万赏金。最终，方韩大战日渐平淡，但因此产生的韩寒代笔的质疑却开始了。
方舟子在质疑韩寒的过程中，用的最著名的逻辑就是：没人证明，你就无法证明。自证，不存在。
更著名的是方舟子和罗永浩的对战：方舟子称罗永浩“非法办学，没有办学资质，还涉嫌偷税漏税，做虚假广告”。罗永浩则坦率的去自首。最终此事没有进入司法程序，但自此，质疑罗永浩的人多了起来。
方舟子的安保基金：从最初到现在，一直被方舟子沉默对待，毫无提及，甚至罗永浩愤怒的带着摄像团队围追堵截，但方舟子表现的依然沉默。
很多人不知道的是，方舟子也抄袭，并且自己承认了一半：说自己和对应的教授提过。但网友指出Root Bernstein教授并未接受方舟子的道歉，反而写邮件对方舟子给予重责，认为方舟子除了自定规则不遵守他人规则，并认为方舟子是一个监督中国造假行为却不受制约亦不承担指控的角色，并试图同时扮演指控者、法官、与陪审团的角色。
更羞耻的是：2011年4月起，方舟子之妻刘菊花的硕士毕业论文卷入涉嫌抄袭的丑闻，但方舟子开启了护妻模式。
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