1644年，李自成的军队正在攻打山西，没有遇到什么像样的抵抗。用不了多久，就会兵临北京城下。这一年的2月10日，崇祯私下召见了大臣李明睿、李邦华和吕大器三人商讨今后的策略时，第一次谈到了迁都的问题。
当时的翰林学士李明睿直接地说，如今危急存亡之秋，唯一的选择就是迁都南京。崇祯帝大惊道：“此事重，未可易言。”崇祯确认周围没有其他人偷听之后又说，这个事情我早就想做了，但因为外面没有人赞成，所以至今也没有实现，此事重大，先不要对外说，你如果泄露就治你的罪！
之后，崇祯单独召见李明睿问南迁的路线以及一路的安全如何保障，各种细节如何处理。很多事情都谈得差不多了，但在一件事情上君臣之间产生了分歧。当时明朝的军队不是在抗击起义军就是在抵御清军，在京城只有少量的兵。如果南下的话，也不能调走京城的兵，毕竟得保护留下来的人。这样一来，就得征兵，征兵就得要钱，而且为了保证南下过程的顺利也得准备一大笔钱用于赏赐之类的。钱从哪来呢？
李明睿认为应该从皇帝自己的私人内库出。崇祯皇帝不同意这个做法，他认为应该由户部专项拔一笔款用于南迁。李明睿认为户部国库里的钱不多了，这点钱还得用于北方前线抵御清兵，如果动用了国库里仅剩的钱就意味着要完全放弃北方了。在此事上，两人没有达成结果，只好搁置争议，来日再说。
3月6日，崇祯皇帝下令让群臣献计献策。早就希望南迁的官员这个时候提出一项方案，那就是皇帝率众南迁南京，由太子留守北京。一旦崇祯皇帝到达了勤王力量最强的江南地区，那么就可以沿长江建立第二道防线。最不济也能像南宋一样守住半壁江山。但此项建议被很多北方籍的官员反对，尽管他们也可以跟皇帝到南京，然而他们在河北、山东、山西的田产并不能跟着走。此事又没达成结果。
不久，太原陷落的消息传来，李自成的军队离北京更近了。主张南迁的大臣总结上次的教训，提出了一项折中的方案，那就是建议派太子南下，皇帝留下来保卫北京。哪怕守不住北京，在南方至少也有一位合法的继承者。
崇祯把这个方案让群臣商讨，他想看看大臣们是什么样的想法。大部分大臣听到这份方案后，一个个表现赞同。然而，轮到崇祯不乐意了，或许他没有预料到是这个结果，没有想这些大臣竟然没有为他考虑。因为这份方案意味着他崇祯要做出自我牺牲！在众臣面前，崇祯皇帝也不好说什么，只好说了一句听起来非常霸气的话：“国君死社稷，恒理也”。这也是“天子守国门，君王死社稷”后半句的出处，崇祯后来也的确死在了北京。停顿了一会，他又怨恨地补了一句让他走向亡国的话：“言迁者欲使朕抱头鼠窜耶！”
皇帝不开心了。底下有大臣立刻改变了刚才赞成南迁的意见。兵科给事中光时亨站了出来，他强烈谴责南迁的方案，认为不能放弃北京，一定要固守北京。在这样的状况下，在场27位大臣竟有19位说要放弃南迁。风向又变了。崇祯此时更加愤怒了，双方的意见都没能符合崇祯想要的，他一边说“光时亨阻朕南行”，另一面又说李明睿等人结党欺君。相对来说，崇祯更倾向于最初那一个方案，也就是他南下，太子留守北京。没想到，越讨论离他的想法越远。
后来，一位带兵去山西抵抗起义军的将领李建泰写了一封信回来。说山西的明军毫无希望了，望皇上采取一切可能的自救措施，并提出了南迁的问题。他并不知道朝中之前已经就南迁问题已经讨论过。崇祯在接到这封信之后，第二天就发出了勤王令，让吴三桂、刘泽清和唐通入京救援，这一天是4月10日。这三人最后只有唐通及时赶到。
希望南迁的官员看到这封信之后，再次提出送太子到南京。然而光时亨又站了出来质问这些大臣意欲何为？是不是想重复唐肃宗灵武的故事？也就是说，这些大臣是不是想拥立太子，逼崇祯退位。
这些大臣听到这样的质问，谁也不敢再说话。至此，大家都意识到任何建议都可能被解释成不忠。只听到崇祯大骂：“朕非亡国之君，诸臣尽亡国之臣尔！”没有人再敢说什么，崇祯一直期盼有人帮他说出他想做的，但最终也没有人再说话了。
崇祯留守北京，最终导致整个政府被一锅端了。那些大臣先降了李自成，后来又降了满清，满清正是依靠这些人才得以征服天下的。同时，南方没有一个公认的嗣君，各派势力后来一直在内斗。还有一个，那就是南方因此很少有北方大臣，导致真正想北伐恢复故土的人少了很多。崇祯的自我牺牲，直接牺牲了自己的江山。
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