一、主瘻管未敞開
二、內口定位錯誤
內口是肛瘻的感染源，腸腔的致病菌正是從內口進入肛周才引起肛周膿腫，而後形成肛瘻的，一般位於肛門內3～4cm處的直腸和肛管交界處。外口是感染病灶的潰破口，多數在肛緣外，也有少數在肛內。肛瘻手術的成敗最重要的因素在於準確定位內口和充分切開內口。
肛瘻外口多是顯性的，內口則90％以上是隱性的。臨床上尋找內口的最主要方法是從瘻管內探查、美蘭染色或指診觸摸。由於很多肛瘻遷延日久，瘻管內反覆感染形成粘連而堵塞不通，就無法通過探查或造影的方法來尋找。對於瘻管彎曲、多外口的複雜肛門瘻管同樣也無法探查。如果在術中只切開了部分瘻管，真正的內口未能找到，仍然存在，從而導致術後復發。
三、人為製造內口
無論是切除還是掛線，其方法都是將探針從肛瘻外口穿入瘻管，然後從內口拉出。如果瘻管暢通，從內口準確拉出，瘻管壁被完整打開而獲得治癒，但如果瘻管中間粘連或內口閉合，在穿入過程中就很有可能穿出管壁進入瘻管外組織，然後從人為的穿破口出來，這樣，部分關鍵的瘻管和內口就被遺漏而沒有打開，從而造成手術失敗，術後復發。
四、支管遺漏
肛瘻手術時主瘻管切開重要，支管引流同樣重要，如果在術中遺漏支管而沒有處理，同樣會造成手術失敗，這種情況多發生在複雜性肛瘻和病程較長反覆發作的肛瘻。複雜性肛瘻支管多，瘻管彎曲，反覆發作的肛瘻瘢痕重，這都給尋找支管造成困難，術中極易遺漏而形成殘存竇道，術後會反覆感染不愈。
五、引流不暢
六、術後假癒合
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