一是要从项目申报真实性入手。项目申报是否符合国家有关政策规定，是否存在有无不符合条件的企业或已关闭停产的企业，用已过期的机构代码证、排放污染物许可证、未年检的工商营业执照等证照或通过伪造、变造、捏造材料、出具虚假证明获取中央财政资金的行为。审计时可查阅企业申报材料、核实企业财务报表、生产数据，延伸调查工商局、环保局、税务局、供电公司、供水公司等部门和单位。
二是要从资金投入流向入手。首先要关注企业发展资金是否拨付到位，有无滞留、截留、挤占挪用专项资金或用专项资金平衡预算或其他不按照规定范围使用资金的现象。审计时可查阅财政年度结算表、指标账及财政系统上下往来账；其次审查下拨资金的实际用途，是否按申报材料中规定的范畴使用，有无先按正常渠道下拨再通过企业“转圈”返回或者虚开发票套取资金的现象，以及是否存在资金审核部门通过下属机构以评估、服务等名义向企业乱收费乱摊派等问题。可通过审计承建企业的项目资金帐与申报资料核对来发现问题，根据资金流向延伸相关部门和个人，必要时还可以向开户银行询证、核实，发现疑点一查到底。
三是要从项目实施绩效情况入手。审计时要调查获取资金的项目承担单位管理、使用专项资金的成效情况，看资金使用和项目实施是否达到预期效果，有无因可行性研究不够、决策不当、管理不力等原因造成损失浪费等问题；有无因配套资金不到位、地方政府和项目承担单位投入不足等原因，造成已列入规划或批准转产的项目难以启动或未按期完工，以及未正常运营等问题；有无不按资金安排顺序使用资金，导致职工安置不到位，引发社会稳定的问题。
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