元末時期，元朝統治者變本加厲向漢人收取各種名目繁雜的賦稅，民族壓迫十分嚴重，漢人被掠奪更為常見。元朝壓榨百姓，民分為四等 ，蒙古人統治下的漢人、南人是賤民。蒙古人無需勞動就可以享有漢人和其他民族的所有財產，再加上災荒不斷，廣大民眾在死亡線上掙扎。時天下大亂，群雄紛起，增城朱光卿，惠州聶秀卿，淮陽榛胡，四川合江韓法師，河北韓林兒父子，安徽穎人劉福通，羅田人徐壽輝，定遠人郭子興、張士誠，鈣陽人陳友諒，隨縣人明玉珍，黃嚴人方國珍、安徽鳳陽人朱元璋，皆相繼而起，各守一方，稱帝稱王，與元廷分庭抗禮。
元朝末期，貪汙剝削愈來愈嚴重。政府賣官鬻爵，賄賂公行。官吏斂括 的花樣無奇不有。甚至連肅政廉訪官吏也是“所至州縣，各帶庫子檢鈔稱銀，殆同市道”。到了元順帝（元惠宗）時，一切腐敗現象達到極點，蒙古貴族和喇嘛僧的跋扈，官吏的貪汙，地主豪強的專橫，與日俱增。以元順帝為首的蒙古皇室，也是“醜聲穢行，著聞於外”。元朝的統治已經走上了崩潰的道路。
元順帝執政前期，勵精圖治，任用名相脫脫，遂有至正之治。然元順帝執政後期，內部權鬥不止，以致名相脫脫被殺。元順帝開始受佞臣哈麻蠱惑，聲色犬馬，沉溺密宗，修煉所謂“男女雙修之術”，並在宮中建清寧殿，繞殿一週建百花宮，每五日一移宮，朝政則交給皇太子打理。史載“是時天下多故日已甚，外則軍旅煩興，疆宇日蹙；內則帑藏空虛，用度不給；而帝方溺於娛樂，不恤政務”。
當時元朝已義軍蜂起，紅巾遍地，半壁江山淪落。至正十八年（1358年）十二月，元朝陪都上都（今內蒙古錫林郭勒盟正藍旗草原）被紅巾軍攻破，宮闕被焚。至正十八、十九年，由於農民起義導致漕運斷絕，大都發生饑荒，餓死數十萬人。至正二十年（1360年）十二月，漠北陽翟王阿魯輝帖木兒起兵作亂，直逼上都，並遣使告訴順帝：“祖宗以天下付汝，汝何故失其太半？盍以國璽授我，我當自為之！”。此時奇皇后與皇太子漸萌異心，企圖讓順帝禪位。他們害死了反對內禪陰謀的左丞相賀惟一，又以宦官樸不花、丞相搠思監為倚靠，趕走直言進諫的陳祖仁、李國鳳等大臣，逐漸控制了朝廷。
外部則是元朝廷倚賴鎮壓紅巾軍的察罕帖木兒（即王保保）與孛羅帖木兒兩支軍閥相互爭搶地盤。而後，元順帝又封擴廓帖木兒為河南王，南下肅清江淮，不料卻引發了擴廓帖木兒與李思齊、張良弼等諸多軍閥在河南、山西、陝西等地混戰亂局。順帝懷疑擴廓帖木兒有異志，命皇太子總領天下兵馬，開大撫軍院，討伐擴廓帖木兒。這場軍閥混戰一直持續到大都失守前夕，極大損耗了元朝有生力量。
在元朝內亂期間，朱元璋遂坐大於南方，將陳友諒、張士誠、方國珍等群雄次第削平，並於至正二十七年（1367年）開始北伐，在大將徐達、常遇春等的協助下，於至正二十八年（1368年）八月攻克通州，元順帝於七月二十八日，倉惶北逃，徐達率軍攻陷元朝的首都元大都（北京），元作為一個全國性質的統治結束。元順帝北遁，朱元璋認為他順天明命，給他上諡號為“順帝”。
元順帝退至上都，隔年又至應昌。他繼續使用“大元”國號，史稱北元。當時北方除了元順帝據有漠南漠北，關中還有元將擴廓帖木兒（王保保）駐守甘肅定西，此外元廷還領有東北地區與雲南地區。朱元璋為了佔領北方，採取兵分二路，各個擊破的方式，此即第一次北伐。元順帝戰敗後於1370年在應昌去世，元昭宗即位後北逃至漠北和林。明將馮勝奪取了甘肅地區。然而元將擴廓帖木兒仍然在漠北多次與明將徐達等人作戰。朱元璋曾多次寫信招降，但擴廓帖木兒從不理會，被朱元璋稱為“當世奇男子”。1378年四月，元昭宗去世，繼位的元天元帝繼續和明朝對抗，屢次侵犯明境。
朱元璋為了徹底掃除北元勢力，於1388年5月命藍玉率領明軍十五萬發動第六次北伐。明軍橫跨戈壁至捕魚兒海（蒙古國貝爾湖）擊潰元軍，俘虜八萬餘人，元天元帝和他的長子天保奴逃走，但是幼子地保奴被明軍擒住，至此北元國勢大衰。1388年元天元帝及長子天保奴被阿里不哥後裔也速迭爾殺害，北元不再使用年號及大元國號。
元朝起於廣漠草原，曾以鐵騎縱橫天下，昔時何其壯哉！然其一旦取得天下，便為奢華所腐蝕同化，為江南之風月所迷惑，為權力內鬥所虛耗，順帝一朝，前英而後昏，實整個元朝統治（所有朝代亦如此）的縮影。由此可以看出，再強大的軍隊，再強悍的民族，一旦國無外患，內無隱憂，便會消磨心性，自絕於歷史。元朝的滅亡，再次驗證歷史運行的一大鐵律：在中央專制集權統治之下，單靠一人之英，一族之勇，始終難挽治亂循環、興衰更替的歷史大勢。
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